用于評估rna斷裂的試驗(yàn)、方法和設(shè)備的制造方法
【專利說明】用于評估RNA斷裂的試驗(yàn)、方法和設(shè)備 發(fā)明領(lǐng)域
[0001] 本文描述的各種實(shí)施方案大體涉及用于評估任選地響應(yīng)于細(xì)胞毒性治療的RNA 斷裂的試驗(yàn)、方法和設(shè)備，所述細(xì)胞毒性治療任選為化學(xué)治療和/或放射治療。
【背景技術(shù)】
[0002] 核醣核酸（RNA)是生物聚合物，其編碼遺傳信息且在細(xì)胞中發(fā)揮各種作用，包括 編碼蛋白質(zhì)。例如，通過微陣列實(shí)驗(yàn)、RT-PCR和許多其他方法將RNA制劑用于基因表達(dá)的 研究。采用RNA制劑的實(shí)驗(yàn)結(jié)果以及通過這類實(shí)驗(yàn)獲得的結(jié)果的顯著性，很大程度上取決 于所采用的RNA的完整性。可用不同的方法來測量樣品的RNA完整性。通常，所述方法將 熱降解或RNA酶降解的樣品與具有完整RNA的樣品在特定降解水平上的RNA能力是否足夠 完整的以允許諸如"管家基因"的具體mRNA進(jìn)行PCR擴(kuò)增進(jìn)行比較。
[0003] 例如，Schroeder, A.，0? Mueller等人（2006)描述了 一種方法，該方法自動(dòng)從信號 測量值選擇特征，并且基于貝葉斯（Bayesian)學(xué)習(xí)方法構(gòu)建了回歸模型。在貝葉斯框架 中比較不同的維度的特征空間，這允許選擇與具有高后驗(yàn)概率的模型相對應(yīng)的最終特征組 合。將該方法應(yīng)用于由Agilent 2100生物分析儀所記錄的一大批電泳RNA測量值，，以開 發(fā)一種描述RNA完整性的算法。所得算法是一種用于RNA質(zhì)量控制標(biāo)準(zhǔn)化、用戶獨(dú)立的、自 動(dòng)的、可靠的過程，所述RNA質(zhì)量控制標(biāo)準(zhǔn)化允許在某些條件下和/或?qū)δ承悠酚?jì)算RNA 完整性指數(shù)（RNA integrity number，RIN)。
[0004] 提交于2008年9月5日的PCT/CA2008/001561中公開了一種使用腫瘤RNA完整 性來測量癌癥患者對化學(xué)治療的響應(yīng)的方法。
[0005] 發(fā)明概沭
[0006] -方面，在本文所述的至少一個(gè)實(shí)施方案中，提供了一種用于進(jìn)行細(xì)胞RNA的RNA 斷裂試驗(yàn)（RNA Disruption Assay，RDA)的方法，所述細(xì)胞RNA任選地響應(yīng)于細(xì)胞毒性治 療，任選為增生性疾病的治療，任選為化學(xué)治療、輔助治療或放射治療。該方法包括獲得與 任選地在治療之前、期間或之后的時(shí)間點(diǎn)上包含細(xì)胞RNA的特有生物樣品相對應(yīng)的至少一 個(gè)電泳圖譜數(shù)據(jù)集；從所述至少一個(gè)電泳圖譜數(shù)據(jù)集中確定特征值，所述確定如下進(jìn)行： 利用兩個(gè)識別范圍以容納18S峰和28S峰的可能偏移，檢測18S峰和28S峰，并至少部分基 于經(jīng)定位的18S峰和28S峰計(jì)算得出的特征；和基于所述特征值的組合任選地確定RDA分 數(shù)。
[0007] -方面，在本文所描述的至少一個(gè)實(shí)施方案中，提供了一種用于進(jìn)行細(xì)胞RNA的 RNA斷裂試驗(yàn)（RDA)的方法，所述細(xì)胞RNA響應(yīng)于細(xì)胞毒性治療，任選為化學(xué)治療和/或 放射治療。該方法包括獲得與在治療之前、期間或之后時(shí)間點(diǎn)上包含細(xì)胞RNA的特有生物 樣品相對應(yīng)的至少一個(gè)電泳圖譜數(shù)據(jù)集；從所述至少一個(gè)電泳圖譜數(shù)據(jù)集的至少兩個(gè)偏移 區(qū)中確定特征值，所述偏移是由所述治療導(dǎo)致的；以及任選地在特征值組合的基礎(chǔ)上確定 RDA分?jǐn)?shù)。
[0008] 另一方面，在本文所描述的至少一個(gè)實(shí)施方案中，提供了一種包括以下的試驗(yàn)：采 用根據(jù)本文所述的進(jìn)行RDA的方法而進(jìn)行的RNA斷裂試驗(yàn)（RDA)，對細(xì)胞毒性治療之前、期 間或之后的時(shí)間點(diǎn)上包含細(xì)胞RNA的生物樣品中的RNA斷裂量進(jìn)行量化，所述細(xì)胞毒性治 療任選為癌癥治療，所述癌癥治療任選為化學(xué)治療、輔助治療和/或放射治療；以及，確定 細(xì)胞RNA的RNA斷裂量是增加還是不增加。
[0009] 另一方面，在本文所描述的至少一個(gè)實(shí)施方案中，提供了一種用于確定對任選為 癌癥治療的細(xì)胞毒性治療的敏感性的體外試驗(yàn)，例如，細(xì)胞對化學(xué)治療的化學(xué)敏感性，和/ 或細(xì)胞對放射治療的放射敏感性。該試驗(yàn)包括：采用根據(jù)本文所述的進(jìn)行RDA的方法而進(jìn) 行的RNA斷裂試驗(yàn)（RDA)，對治療之前、期間或之后的時(shí)間點(diǎn)上包含細(xì)胞RNA的生物樣品中 的RNA斷裂量進(jìn)行量化；以及，將量化的RNA斷裂量與閾值或參考值進(jìn)行比較，并且若RNA 斷裂量相對于參考值增加，則將所述細(xì)胞鑒定為對治療敏感（例如，化學(xué)敏感和/或放射敏 感），若不增加，則將所述細(xì)胞鑒定為對治療有抗性。
[0010] 另一方面，在本文所描述的至少一個(gè)實(shí)施方案中，提供了一種用于確定受試者是 否對細(xì)胞毒性治療響應(yīng)的試驗(yàn)，所述細(xì)胞毒性治療任選為癌癥治療，任選為化學(xué)治療藥物 治療和/或放射治療，該試驗(yàn)包括：采用根據(jù)本文所述的進(jìn)行RDA的方法而進(jìn)行的RNA斷裂 試驗(yàn)（RDA)，分析在受試者接受治療例如化學(xué)治療和/或放射治療之前、期間和/或之后所 獲得的生物樣品的RNA斷裂量，其中，如果RNA斷裂量相對于閾值或參考值有所增加，那么 所述受試者被鑒定為對該治療響應(yīng)。
[0011] 另一方面，在本文所描述的至少一個(gè)實(shí)施方案中，提供了一種治療需要癌癥治療 的受試者的方法，其包括：施用癌癥治療，任選為化學(xué)治療藥物治療、輔助治療和/或放射 治療；根據(jù)本文所述的RDA方法，確定受試者是否對所述治療響應(yīng)；以及，若受試者響應(yīng)，則 繼續(xù)施用所述治療；和/或若受試者不響應(yīng)，則改變和/或中止施用所述治療。
[0012] 另一方面，在本文所描述的至少一個(gè)實(shí)施方案中，提供了一種非臨時(shí)性的計(jì)算機(jī) 可讀介質(zhì)，其包含多個(gè)在設(shè)備的微處理器上可執(zhí)行的指令，以調(diào)整設(shè)備使其適于實(shí)施一種 對任選地增生性疾病治療的細(xì)胞RNA進(jìn)行RNA斷裂試驗(yàn)（RDA)的方法，所述增生性疾病治 療任選地為癌癥治療，所述癌癥治療任選地為化學(xué)治療、輔助治療或放射治療。該方法包 括：訪問與治療之前、期間或之后的時(shí)間點(diǎn)上包含細(xì)胞RNA的特有生物樣品相對應(yīng)的至少 一個(gè)電泳圖譜數(shù)據(jù)集；從所述至少一個(gè)電泳圖譜數(shù)據(jù)集中確定特征值，所述確定如下進(jìn)行： 利用兩個(gè)識別范圍以容納18S峰和28S峰的可能偏移，檢測18S峰和28S峰，并至少部分基 于經(jīng)定位的18S峰和28S峰計(jì)算得出的特征；以及，基于特征值的組合任選地確定RDA分 數(shù)。
[0013]另一方面，在本文所描述的至少一個(gè)實(shí)施方案中，提供了一種對任選地增生性疾 病治療的細(xì)胞RNA進(jìn)行RNA斷裂試驗(yàn)（RDA)的設(shè)備，所述增生性疾病治療任選地為癌癥治 療，所述癌癥治療任選地為化學(xué)治療、輔助治療或放射治療。該設(shè)備包括：數(shù)據(jù)輸入端，用于 接收與治療之前、期間或之后的時(shí)間點(diǎn)上包含細(xì)胞RNA的特有生物樣品相對應(yīng)的至少一個(gè) 電泳圖譜數(shù)據(jù)集；與數(shù)據(jù)輸入端耦合的處理單元，該處理單元被配置成能從所述至少一個(gè) 電泳圖譜數(shù)據(jù)集中確定特征值，所述確定如下進(jìn)行：利用兩個(gè)識別范圍以容納18S峰和28S 峰的可能偏移，檢測18S峰和28S峰，并至少部分基于經(jīng)定位的18S峰和28S峰計(jì)算得出的 特征；和與處理單元耦合的數(shù)據(jù)輸出端，以傳達(dá)RDA分?jǐn)?shù)的指示。
[0014]另一方面，在本文所描述的至少一個(gè)實(shí)施方案中，提供了一種對任選地增生性疾 病治療的細(xì)胞RNA進(jìn)行RNA斷裂試驗(yàn)（RDA)的設(shè)備，所述增生性疾病治療任選地為癌癥治 療，所述癌癥治療任選地為化學(xué)治療、輔助治療或放射治療。該設(shè)備包括：用于獲得與治療 之前、期間或之后時(shí)間點(diǎn)上包含細(xì)胞RNA的特有生物樣品相對應(yīng)的至少一個(gè)電泳圖譜數(shù)據(jù) 集的工具；用于從所述至少一個(gè)電泳圖譜數(shù)據(jù)集中確定特征值的工具，所述確定如下進(jìn)行： 利用兩個(gè)識別范圍以容納18S峰和28S峰的可能偏移，檢測18S峰和28S峰，并至少部分基 于經(jīng)定位的18S峰和28S峰計(jì)算得出的特征；和基于特征值組合，確定RDA分?jǐn)?shù)的工具。
[0015] 另一方面，在本文所描述的至少一個(gè)實(shí)施方案中，提供了一種用于對細(xì)胞RNA進(jìn) 行RNA斷裂試驗(yàn)（RDA)的方法。該方法包括：獲得與一個(gè)時(shí)間點(diǎn)上包含細(xì)胞RNA的獨(dú)特生 物樣品相對應(yīng)的至少一個(gè)電泳圖譜數(shù)據(jù)集；從所述至少一個(gè)電泳圖譜數(shù)據(jù)集中限定18S峰 和28S峰；確定針對18S峰和28S峰二者的至少一個(gè)參數(shù)值；當(dāng)需要時(shí)，根據(jù)應(yīng)用于所述至 少一個(gè)參數(shù)值的一個(gè)或多個(gè)規(guī)則，重新限定18S峰和28S峰中的至少一個(gè)；確定18S峰面積 和28S峰面積；和基于18S峰面積和28S峰面積中的至少一個(gè)來確定RDA分?jǐn)?shù)。
[0016] 另一方面，在本文所描述的至少一個(gè)實(shí)施方案中，提供了一種對細(xì)胞RNA進(jìn)行RNA 斷裂試驗(yàn)（RDA)的方法。該方法包括獲取與與一個(gè)時(shí)間點(diǎn)上包含細(xì)胞RNA的獨(dú)特生物樣品 相對應(yīng)的至少一個(gè)電泳圖譜數(shù)據(jù)集；從所述至少一個(gè)電泳圖譜數(shù)據(jù)集中限定18S峰和28S 峰；確定針對18S峰和28S峰二者的至少一個(gè)參數(shù)值；以及，當(dāng)需要時(shí)，根據(jù)應(yīng)用于所述至 少一個(gè)參數(shù)值的一個(gè)或多個(gè)規(guī)則，重新限定18S峰和28S峰中的至少一個(gè)。
[0017] 另一方面，在本文所描述的至少一個(gè)實(shí)施方案中，提供了一種非臨時(shí)性的計(jì)算機(jī) 可讀介質(zhì)，其包含多個(gè)在設(shè)備的微處理器上可執(zhí)行的指令，以調(diào)整設(shè)備使其適于實(shí)施一種 對細(xì)胞RNA進(jìn)行RNA斷裂試驗(yàn)（RDA)的方法。該方法包括：獲取與與一個(gè)時(shí)間點(diǎn)上包含細(xì) 胞RNA的獨(dú)特生物樣品相對應(yīng)的至少一個(gè)電泳圖譜數(shù)據(jù)集；從所述至少一個(gè)電泳圖譜數(shù)據(jù) 集中限定18S峰和28S峰；確定針對18S峰和28S峰二者的至少一個(gè)參數(shù)值；以及，當(dāng)需要 時(shí)，根據(jù)應(yīng)用于所述至少一個(gè)參數(shù)值的一個(gè)或多個(gè)規(guī)則，重新限定18S峰和28S峰中的至少 一個(gè)。
[0018] 另一方面，在本文所描述的至少一個(gè)實(shí)施方案中，提供了一種對細(xì)胞RNA進(jìn)行RNA 斷裂試驗(yàn)（RDA)的設(shè)備。該設(shè)備包括：數(shù)據(jù)輸入端，用于接收與一個(gè)時(shí)間點(diǎn)上包含細(xì)胞RNA 的特有生物樣品的至少一個(gè)電泳圖譜數(shù)據(jù)集；與數(shù)據(jù)輸入端耦合的處理單元，該處理單元 被設(shè)配置成能從所述至少一個(gè)電泳圖譜數(shù)據(jù)集中限定18S峰和28S峰，確定針對18S峰和 28S峰二者的至少一個(gè)參數(shù)值，以及當(dāng)需要時(shí)，根據(jù)應(yīng)用于所述至少一個(gè)參數(shù)值的一個(gè)或多 個(gè)規(guī)則，重新限定18S峰和28S峰中的至少一個(gè)；和與處理單元耦合的數(shù)據(jù)輸出端，以傳達(dá) RDA分?jǐn)?shù)的指示。
[0019] 本公開的其它特征和優(yōu)點(diǎn)從在以下的詳細(xì)描述中將變得顯而易見。然而，應(yīng)理解， 詳細(xì)的描述和指征本公開的優(yōu)選實(shí)施方案的具體實(shí)施例僅以舉例說明的方式給出，是因?yàn)?從該詳細(xì)描述中，本公開的精神和范圍內(nèi)的各種改變和修正對于本領(lǐng)域技術(shù)人員而言是顯 而易見的。
[0020] 附圖簡沭
[0021] 為了更好地理解本文所描述的各種實(shí)施方案，并且更清楚地示出這些不同的實(shí)施 方案可能是如何實(shí)施的，將以舉例的方式作出對至少一個(gè)示例性實(shí)施方案的附圖參考，其 中：
[0022] 圖1是從MCF-7腫瘤異種移植物的鉆取活檢樣品中分離的RNA的電泳圖譜跡線 圖，所述MCF-7腫瘤異種移植物已在室溫下在鹽水中保存24小時(shí)，其中發(fā)生自溶降解；
[0023] 圖2是從人A2780卵巢癌細(xì)胞中分離的RNA的電泳圖譜跡線圖，所述人A2780卵 巢癌細(xì)胞已用化學(xué)治療劑多西他賽（docetaxel) (10iiM，在用磷酸鹽緩沖鹽水以1比2稀釋 的培養(yǎng)基（50%培養(yǎng)基）中）在37°C下處理24小時(shí)；
[0024] 圖3是A2780細(xì)胞中分離的RNA的電泳圖譜跡線圖，所述A2780細(xì)胞用化學(xué)治療 劑表柔比星（印irubicin) (20iiM，在50%培養(yǎng)基中）在37°C下處理24小時(shí)；
[0025] 圖4是一種設(shè)備的示例性實(shí)施方案的框圖，所述設(shè)備可用于評估RNA斷裂的；
[0026] 圖5A是一種方法的示例性實(shí)施方案的流程圖，所述方法可用于評估RNA斷裂；
[0027] 圖5B是一種方法的不例性實(shí)施方案的流程圖，所述方法可用于確定與18S和28S 偏移區(qū)中的18S峰和28S峰分別相關(guān)的特征；
[0028] 圖5C是一個(gè)限定18S峰、28S峰、中間條帶區(qū)、低條帶區(qū)和標(biāo)記物區(qū)的示例性電泳 圖譜的曲線圖；
[0029] 圖6A是一個(gè)log (最大中間A28S+18S))這一特征對log RNA濃度的雙對數(shù)曲 線.
[0030] 圖6B是樣品研究的最小中間A28S+18S)這一特征對log RNA濃度的半對數(shù)曲線 圖；
[0031] 圖6C是樣品研究的最大中間/總面積這一特征對log RNA濃度的半對數(shù)曲線圖；
[0032] 圖6D是樣品研究的低條帶/總面積最小值這一特征對log RNA濃度的半對數(shù)曲 線圖；
[0033] 圖6E是樣品研究的低條帶與總面積之比這一特征對中間條帶面積與總面積的最 大比率的曲線圖；
[0034] 圖6F是樣品研究的最大28S/總面積這一特征對log RNA濃度的半對數(shù)曲線圖；
[0035] 圖6G是樣品研究的最小28S/總面積這一特征對log RNA濃度的半對數(shù)曲線圖；
[0036] 圖6H是樣品研究的最大18S/總面積對這一特征log RNA濃度的半對數(shù)曲線圖；
[0037] 圖61是樣品研究的最小18S/總面積這一特征對log RNA濃度的半對數(shù)曲線圖；
[0038] 圖6J是樣品研究的最大中間/28S這一特征對log RNA濃度的半對數(shù)曲線圖；
[0039] 圖6K是樣品研究的最小中間/28S這一特征對log RNA濃度的半對數(shù)曲線圖；
[0040] 圖7A是RDA區(qū)中患者分布的曲線圖。
[0041] 圖7B是與圖6A相對應(yīng)的R0C曲線；
[0042] 圖8A是電泳分離的異種移植瘤RNA樣品的凝膠圖像；
[0043] 圖8B是圖8A中凝膠泳道1的電泳圖譜跡線圖；
[0044] 圖8C是與圖8A中凝膠泳道2相對應(yīng)的電泳圖譜跡線圖；
[0045] 圖8D是與圖8A中凝膠泳道3相對應(yīng)的電泳圖譜跡線圖；
[0046] 圖8E是與圖8A中凝膠泳道4相對應(yīng)的電泳圖譜跡線圖；
[0047] 圖8F是與圖8A中凝膠泳道5相對應(yīng)的電泳圖譜跡線圖；
[0048] 圖8G是與圖8A中凝膠泳道6相對應(yīng)的電泳圖譜跡線圖；
[0049] 圖8H是與圖8A中凝膠泳道7相對應(yīng)的電泳圖譜跡線圖；
[0050] 圖81是與圖8A中凝膠泳道8相對應(yīng)的電泳圖譜跡線圖；
[0051] 圖8J是與圖8A中凝膠泳道9相對應(yīng)的電泳圖譜跡線圖；
[0052] 圖8K是與圖8A中凝膠泳道10相對應(yīng)的電泳圖譜跡線圖；
[0053] 圖8L是與圖8A中凝膠泳道11相對應(yīng)的電泳圖譜跡線圖；和
[0054] 圖8M是與圖8A中凝膠泳道12相對應(yīng)的電泳圖譜跡線圖；
[0055] 圖9A是表明用不同濃度的多西他賽處理了不同時(shí)間段后，培養(yǎng)物中A2780卵巢癌 細(xì)胞數(shù)的曲線圖；
[0056] 圖9B是用不同濃度的多西他賽處理了不同時(shí)間段的A2780卵巢癌細(xì)胞中每個(gè)細(xì) 胞的RNA量的曲線圖；
[0057] 圖9C是對用0. 2微摩爾多西他賽處理的細(xì)胞在不同時(shí)間點(diǎn)上的細(xì)胞計(jì)數(shù)所繪制 的曲線圖；
[0058] 圖9D是電泳分離的、用不同濃度的多西他賽處理了 24小時(shí)的A2780卵巢癌細(xì)胞 RNA樣品的凝膠圖像；
[0059] 圖9E是與圖9D中0. 005微摩爾泳道和0. 2微摩爾泳道相對應(yīng)的電泳圖譜跡線 圖；
[0060] 圖9F是由圖9E的跡線計(jì)算出的中間面積A28S+18S)的曲線圖；
[0061] 圖9G是由圖9E的跡線計(jì)算出的低面積八285+185)的曲線圖；
[0062] 圖9H是電泳分離的、用不同濃度的多西他賽處理了不同時(shí)間段的A2780卵巢癌細(xì) 胞RNA樣品的凝膠圖像；
[0063] 圖91是電泳分離的A2780敏感性和抗性細(xì)胞RNA樣品的一系列凝膠圖像；
[0064] 圖9J是電泳分離的A2780卵巢癌細(xì)胞RNA樣品的凝膠圖像，所述A2780卵巢癌細(xì) 胞RNA樣品是在存在或不存在胱天蛋白酶抑制劑下，用不同濃度的多西他賽處理了不同時(shí) 間段的；
[0065] 圖10A是輻射處理了不同時(shí)間段的A2780卵巢癌細(xì)胞的、所計(jì)算出的中間面積/ (28S+18S)的曲線圖；
[0066] 圖10B是電泳分離的、以不同劑量放射處理了不同時(shí)間段的A2780卵巢癌細(xì)胞RNA 樣品的凝膠圖像；
[0067]圖11A是用FEC、輻射和多西他賽治療的患者的、所計(jì)算出的中間面積八285+18幻 對濃度的曲線圖；
[0068] 圖11B是用FEC、輻射和多西他賽治療的患者的低面積A28S+18S)的曲線圖；
[0069] 圖12A是可用于確定特征的方法的另一示例性實(shí)施方案的流程圖，該特征與18S 和28S偏移區(qū)中的18S峰和28S峰分別相關(guān)；
[0070] 圖12B是一個(gè)示例性電泳圖譜的曲線圖，其中限定了 18S峰、28S峰、中間條帶區(qū)、 低C條帶區(qū)、低B條帶區(qū)、低A條帶區(qū)和標(biāo)記物區(qū)；
[0071]圖12C是示出如何采用圖12A的方法確定峰的曲線圖；
[0072] 圖13是針對采用修飾峰鑒定法研究樣品的log(中間A28S+18S))對log RNA濃 度的所述特征的雙對數(shù)曲線圖；
[0073] 圖14A是采用修飾峰鑒定法的、RDA區(qū)患者分布的曲線圖；
[0074] 圖14B是與圖14A相對應(yīng)的R0C曲線；
[0075] 圖14C是采用修飾峰鑒定法的樣品研究中，log(低CV(28S+18S))對log RNA濃 度的所述特征的雙對數(shù)曲線圖；
[0076] 圖14D是采用修飾峰鑒定法的樣品研究中，log(中間+低CV(28S+18S)對log RNA濃度的所述特征的雙對數(shù)曲線圖；
[0077] 圖15A是采用修飾峰鑒定法的樣品研究中，（28S峰寬+18S峰寬）對（28S+18S)的 特征的曲線圖；
[0078] 圖15B是進(jìn)一步包含線性判別分析（Linear Discriminant Analysis，LDA)所確 定的分割線的圖15A的曲線圖；
[0079] 圖15C是進(jìn)一步包含LDA所確定的另一對示例性分割線的圖15A的曲線圖；
[0080]圖 1? 是進(jìn)一步包含二次判別分析（Quadratic Discriminant Analysis，QDA)所 確定的分割線的圖15A的曲線圖；
[0081] 圖16A是采用修飾峰鑒定法的體外研究中，特征低(V (28S+18S)對多西他賽劑量 的曲線圖；
[0082] 圖16B是采用修飾峰鑒定法的體外研究中，特征（中間+低CV(28S+18S)對在多 西他賽劑量的曲線圖；
[0083] 圖17A是對接受使用曲妥單抗（trastuzumab)的新輔助療法的患者的樣品研究 中，特征最大中間八285+185)對RNA濃度的曲線圖；
[0084] 圖17B是對接受使用曲妥單抗的新輔助療法的患者的樣品研究中，特征性最大中 間八285+185)對RNA濃度作為樣品研究曲線圖；
[0085] 圖17C是對接受使用擇泰（Zometa)的新輔助療法的患者的樣品研究中，特征性最 大中間A28S+18S)對RNA濃度的曲線圖；
[0086] 圖17D是對接受使用擇泰的新輔助療法的患者的樣品研究中，特征性最大中間/ (28S+18S)對RNA濃度的曲線圖；
[0087] 圖18A-18F是每一個(gè)都具有計(jì)算出的RIN和RDI值的一系列電泳圖譜跡線圖；
[0088] 圖19是電泳分離的RNA樣品的凝膠圖像，和每個(gè)樣品對應(yīng)的RIN和RDI值；
[0089] 圖20A是用舒尼替尼（Sunitinib)溫育的結(jié)腸腺癌細(xì)胞的特征性中間面積/ (28S+18S面積）的曲線圖；
[0090] 圖20B是用馬磷酰胺（Mafosfamide)溫育的結(jié)腸腺癌細(xì)胞的特征性中間面積/ (28S+18S面積）的曲線圖；和
[0091] 圖20C是用表柔比星溫育的結(jié)腸腺癌細(xì)胞的特征性中間面積A28S+18S面積）的 曲線圖。
[0092] 具體實(shí)施方案詳沭
[0093] 下文將描述各種試驗(yàn)、方法或設(shè)備，以提供每個(gè)要求保護(hù)的發(fā)明的實(shí)施方案實(shí)例。 下文所描述的實(shí)施方案并不限制任何要求保護(hù)的發(fā)明，任何要求保護(hù)的發(fā)明可以涵蓋與下 文描述的那些有所不同的過程或設(shè)備。要求保護(hù)的發(fā)明并不限于具有下文所述任一設(shè)備或 過程的所有特征的設(shè)備或過程，或不限于與下文所述設(shè)備或過程的多個(gè)或所有特征相同的 特征。下文所描述的設(shè)備或過程有可能不是任何要求保護(hù)的發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方案。下文所 描述的設(shè)備或過程中所公開的、但未在本文件中要求保護(hù)的任何發(fā)明可能是另一個(gè)受保護(hù) 的儀器（例如，延續(xù)專利申請）的主題，且本申請人、發(fā)明人或所有人并不打算通過本文件 中對其的公開而放棄、要求不保護(hù)任何這樣的發(fā)明或?qū)⑵浍I(xiàn)予公眾。
[0094] 此外，應(yīng)當(dāng)理解，為了簡單和清楚地說明，在認(rèn)為合適的情況下，可在各圖中重復(fù) 指代數(shù)字以表示相應(yīng)或類似的元件。另外，闡述了大量的具體細(xì)節(jié)以便提供本文所描述的 實(shí)施方案的深入理解。然而，本領(lǐng)域技術(shù)人員將會(huì)理解，本文所描述的實(shí)施方案可以不以這 些具體細(xì)節(jié)實(shí)施。在其它實(shí)例中，沒有詳細(xì)描述公知的方法、過程和組分，以免模糊本文描 述的實(shí)施方案。同樣地，本說明書不應(yīng)被認(rèn)為限制本文所描述的實(shí)施方案的范圍。
[0095] I ?定義
[0096] 本文所使用的術(shù)語"耦合"表明兩個(gè)元件可以直接彼此耦合或通過一個(gè)或多個(gè)中 間元件彼此耦合。
[0097] 本文所使用的術(shù)語"自溶型RNA降解"是指自溶細(xì)胞破裂過程中發(fā)生的RNA降解。 自溶是通過例如細(xì)胞溶酶體將消化酶釋放到細(xì)胞質(zhì)中啟動(dòng)的，這是由于細(xì)胞中活躍進(jìn)程的 停止，而不是由于活躍的生理或病理生理過程。樣品中的自溶型RNA降解可通過將細(xì)胞從 生理環(huán)境去除一段延長的時(shí)間段（例如，在鹽水中溫育），和/或通過生理過程的非特異性 停止，例如熱處理，來誘導(dǎo)。
[0098] 本文所使用的術(shù)語"RNA斷裂"是指響應(yīng)于細(xì)胞毒性治療的信號誘導(dǎo)型離散式片段 化和/或降解的RNA,所述細(xì)胞毒性治療諸如藥物治療,例如化學(xué)治療、放射治療、和/或細(xì) 胞毒性抗體治療（例如：曲妥單抗）。細(xì)胞毒素信號誘導(dǎo)型RNA斷裂可以包括具有一些類 似于自溶降解，例如尤其是較晚期的特征的RNA降解。
[0099] 本文所使用的術(shù)語"受試者"是指動(dòng)物界的任何成員，優(yōu)選人類，例如，包括患有或 疑似患有增生性病癥諸如癌癥的受試者。
[0100] 本文所使用的術(shù)語"對照"是指一個(gè)比較物，諸如完整的RNA，取自具有已知效果 的受試者或個(gè)體組的處理前樣品，和/或?qū)?yīng)于或源于這類樣品的值。關(guān)于評估治療效果 的方法，對照可以是一個(gè)參考值，諸如特定細(xì)胞或癌性腫瘤的