任一項(xiàng)所述的方法，其中，所述基因選自由DNMT1、CFD、⑶93、 MMP13、ARPC1B、CD44、PIK3R1、GNG12、CCL2、PLAUR、LAMA4、C0L3A1、VCL、CAV2、FZDl、CALDl、 EDNRA、TGFBR2、PDGFRA、FGFRl、HGF、P0LR2D、P0LR2J、CDK4、CHEKI、CCT2、CDC6、TUBB、NCAPD2、 NCAPG2、P0LA2、MCM2、TCP1、NCAPH、CBX3 和 MIS12 構(gòu)成的組。
12. 根據(jù)權(quán)利要求9-11任一項(xiàng)所述的方法，其中，let_7b的表達(dá)水平、與let_7b有關(guān) 的微RNA的表達(dá)水平和/或與let-7b有關(guān)的基因的表達(dá)水平將對(duì)照組分層為具有不同結(jié) 果預(yù)后的多個(gè)亞組。
13. 根據(jù)權(quán)利要求12所述的方法，其中，所述多個(gè)亞組至少包括：低風(fēng)險(xiǎn)（5年生存率 為65-72% )、中風(fēng)險(xiǎn)（5年生存率為20-35% )和高風(fēng)險(xiǎn)（5年生存率為0-10% )。
14. 根據(jù)前述任一項(xiàng)權(quán)利要求所述的方法，其中所述樣本選自由體液、宮頸涂片、黏膜 刮片、輸卵管活檢切片和組織活檢切片構(gòu)成的組。
15. 根據(jù)前述任一項(xiàng)權(quán)利要求所述的方法，其中，所述方法為體外方法。
16. 根據(jù)前述任一項(xiàng)權(quán)利要求所述的方法，其中，所述治療結(jié)果為化療結(jié)果。
17. -種用于實(shí)施根據(jù)權(quán)利要求1-16任一項(xiàng)所述方法的試劑盒，所述試劑盒包括： -至少一個(gè)與let-7b的mRNA互補(bǔ)的核酸探針；和 -書面說(shuō)明，用于指示：從患者的樣本中提取核酸并將所述核酸雜交到DNA微陣列上； 然后獲得患者的總生存預(yù)后或治療結(jié)果預(yù)測(cè)。
18. 根據(jù)權(quán)利要求17所述的試劑盒，所述試劑盒進(jìn)一步包括與至少一個(gè)選自由DNMTl、 CFD、CD93、MMP13、ARPC1B、CD44、PIK3R1、GNG12、CCL2、PLAUR、LAMA4、C0L3A1、VCL、CAV2、 FZDI、CALDI、EDNRA、TGFBR2、PDGFRA、FGFRl、HGF、P0LR2D、P0LR2J、CDK4、CHEKI、CCT2、CDC6、 TUBB、NCAPD2、NCAPG2、P0LA2、MCM2、TCP1、NCAPH、CBX3 和 MIS12 構(gòu)成的組的基因的 mRNA 互 補(bǔ)的核酸探針。
19. 一種治療患者的上皮性卵巢癌（EOC)的方法，所述方法包括基于根據(jù)權(quán)利要求 1-16任一項(xiàng)所述方法的結(jié)果，給藥至少一種能夠調(diào)節(jié)let_7b的表達(dá)和/或至少一個(gè)與 let_7b有關(guān)的基因的表達(dá)的試劑。
20. 根據(jù)權(quán)利要求19所述的方法，其中，所述基因選自由DNMT1、CFD、CD93、MMP13、 ARPC1B、CD44、PIK3R1、GNG12、CCL2、PLAUR、LAMA4、C0L3A1、VCL、CAV2、FZDl、CALDl、EDNRA、 TGFBR2、PDGFRA、FGFR1、HGF、P0LR2D、P0LR2J、CDK4、CHEK1、CCT2、CDC6、TUBB、NCAPD2、 NCAPG2、P0LA2、MCM2、TCP1、NCAPH、CBX3 和 MIS12 構(gòu)成的組。
21. 根據(jù)權(quán)利要求19或20所述的方法，其中，所述試劑為能夠提高或降低let-7b和/ 或與let-7b有關(guān)的基因的表達(dá)的多核苷酸和/或多肽。
22. 根據(jù)權(quán)利要求21所述的方法，其中，所述試劑選自由mRNA、DNA、siRNA和抗體構(gòu)成 的組。
23. -種用于為患有上皮性卵巢癌（EOC)的患者的結(jié)果預(yù)后或風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估識(shí)別候選基因 的方法，所述方法包括： a、 提供來(lái)自患有上皮性卵巢癌（EOC)的患者的樣本；和 b、 確定樣本中候選基因的一個(gè)或多個(gè)閾值水平以將患者劃分為具有不同結(jié)果預(yù)后的 多個(gè)亞組。
24. 根據(jù)權(quán)利要求23所述的方法，其中，在步驟b中使用數(shù)據(jù)驅(qū)動(dòng)分組（DDg)分析和/ 或 SWVg0
25. -種用于為患有上皮性卵巢癌（EOC)的患者預(yù)后總生存或預(yù)測(cè)治療結(jié)果的方法， 所述方法包括： a、 提供來(lái)自患者的樣本， b、 確定樣本中至少一個(gè)選自由 DNMT1、CFD、CD93、MMP13、ARPC1B、CD44、PIK3R1、GNG12、 CCL2、PLAUR、LAMA4、C0L3A1、VCL、CAV2、FZDl、CALDl、EDNRA、TGFBR2、PDGFRA、FGFRl、HGF、 P0LR2D、P0LR2J、CDK4、CHEKI、CCT2、CDC6、TUBB、NCAPD2、NCAPG2、P0LA2、MCM2、TCPI、NCAPH、 CBX3和MIS12構(gòu)成的組的基因的表達(dá)水平， c、 使用所述基因的表達(dá)水平獲得患者的總生存預(yù)后或治療結(jié)果預(yù)測(cè)。
26. -種用于為患有上皮性卵巢癌（EOC)的患者預(yù)后總生存或預(yù)測(cè)治療結(jié)果的方法， 所述方法包括： a、 提供來(lái)自患者的樣本， b、 確定樣本中基因 DNMT1、CFD、CD93、MMP13、ARPC1B、CD44、PIK3R1、GNG12、CCL2、PLAUR、 LAMA4、C0L3AI、VCL、CAV2、FZDI、CALDI、EDNRA、TGFBR2、PDGFRA、FGFRI、HGF、P0LR2D、P0LR2J、 CDK4、CHEKl、CCT2、CDC6、TUBB、NCAPD2、NCAPG2、P0LA2, MCM2、TCPl、NCAPH、CBX3 和 MIS12 的表達(dá)水平； c、使用所述基因的表達(dá)水平獲得患者的總生存預(yù)后和治療結(jié)果預(yù)測(cè)。
27. 根據(jù)權(quán)利要求25或26所述的方法，其中，所述上皮性卵巢癌為高級(jí)別上皮性卵巢 癌（HG-EOC)。
28. 根據(jù)權(quán)利要求25-27任一項(xiàng)所述的方法，其中，將所述基因或每一個(gè)基因的表達(dá)水 平與對(duì)照組中EOC患者中的所述基因或每一個(gè)基因的表達(dá)水平相對(duì)比，以獲得總生存預(yù)后 或治療結(jié)果預(yù)測(cè)。
29. 根據(jù)權(quán)利要求28所述的方法，所述方法包括：提供閾值數(shù)據(jù)，所述閾值數(shù)據(jù)對(duì)每 一個(gè)基因來(lái)說(shuō)均代表一個(gè)或多個(gè)表達(dá)水平閾值，所述表達(dá)水平閾值將對(duì)照組分層為多個(gè)亞 組；然后將患者的所述基因或每一個(gè)基因的表達(dá)水平與各自基因的一個(gè)或多個(gè)表達(dá)水平閾 值相對(duì)比，以將患者分類到亞組中的一組，從而獲得總生存預(yù)后或治療結(jié)果預(yù)測(cè)。
30. 根據(jù)權(quán)利要求29所述的方法，其中，為成組基因中多個(gè)基因的每一個(gè)確定預(yù)后或 預(yù)測(cè)，然后進(jìn)一步包括由各個(gè)預(yù)后或預(yù)測(cè)生成一致性的預(yù)后或預(yù)測(cè)。
31. 根據(jù)權(quán)利要求29或30所述的方法，其中，所述多個(gè)亞組至少包括：低風(fēng)險(xiǎn)（5年生 存率為65-72% )、中風(fēng)險(xiǎn)（5年生存率為20-35% )和高風(fēng)險(xiǎn)（5年生存率為0-10% )。
32. -種用于為患有上皮性卵巢癌（EOC)的患者預(yù)后總生存或預(yù)測(cè)治療結(jié)果的方法， 所述方法包括： a、 提供來(lái)自患者的樣本， b、 確定基因PDGFRA、CAV2、FZDl、EDNRA、MMP13、HGF、PLAUR和C0L3Al的表達(dá)水平， c、 使用所述基因的表達(dá)水平以獲得患者的總生存預(yù)后和治療結(jié)果預(yù)測(cè)。
33. 根據(jù)權(quán)利要求32所述的方法，其中，所述上皮性卵巢癌為高級(jí)別上皮性卵巢癌 (HG-EOC)〇
34. 根據(jù)權(quán)利要求32-33任一項(xiàng)所述的方法，其中，將所述基因或每一個(gè)基因的表達(dá)水 平與對(duì)照組中EOC患者的所述基因或每一個(gè)基因的表達(dá)水平相對(duì)比以獲得總生存預(yù)后或 治療結(jié)果預(yù)測(cè)。
35. 根據(jù)權(quán)利要求34所述的方法，所述方法包括：提供閾值數(shù)據(jù)，所述閾值數(shù)據(jù)對(duì)每 一個(gè)基因來(lái)說(shuō)均代表一個(gè)或多個(gè)表達(dá)水平閾值，所述表達(dá)水平閾值將對(duì)照組分層為多個(gè)亞 組；然后將患者的所述基因或每一個(gè)基因的表達(dá)水平與各自基因的一個(gè)或多個(gè)表達(dá)水平閾 值相對(duì)比，以將患者分類到亞組中的一組，從而獲得總生存預(yù)后或治療結(jié)果預(yù)測(cè)。
36. 根據(jù)權(quán)利要求35所述的方法，其中，為成組基因中多個(gè)基因的每一個(gè)確定預(yù)后或 預(yù)測(cè)，然后進(jìn)一步包括由各個(gè)預(yù)后或預(yù)測(cè)生成一致性的預(yù)后或預(yù)測(cè)。
37. -種用于為患有上皮性卵巢癌（EOC)的患者預(yù)后總生存或預(yù)測(cè)治療結(jié)果的方法， 所述方法包括： a、 提供來(lái)自患者的樣本， b、 確定樣本中至少一個(gè)選自由 miR-17_5p、miR_20b、miR_18a、miR-183、miR-96、 miR-107、miR-106b、miR-25、miR-324-5p、miR-517c、miR-103、miR-429、miR-200b、 miR-200a、miR-362、miR-127、miR-214、miR-136、miR-22、miR-320 和 miR-486 構(gòu)成的組的 微RNA的表達(dá)水平， c、使用所述微RNA的表達(dá)水平以獲得總生存預(yù)后或治療結(jié)果預(yù)測(cè)。
38. -種用于為患有上皮性卵巢癌（EOC)的患者預(yù)后總生存或預(yù)測(cè)治療結(jié)果的方法， 所述方法包括： a、 提供來(lái)自患者的樣本， b、 確定樣本中微 RNA miR-17-5p、miR-20b、miR-18a、miR-183、miR-96、miR-107、 miR_106b、miR-25、miR-324_5p、miR_517c、miR-103、miR-429、miR_200b、miR_200a、 miR-362、miR-127、miR-214、miR-136、miR-22、miR-320 和 miR-486 的表達(dá)水平， c、 使用所述微RNA的表達(dá)水平以獲得總生存預(yù)后或治療結(jié)果預(yù)測(cè)。
39. 根據(jù)權(quán)利要求37或38所述的方法，其中所述上皮性卵巢癌為高級(jí)別上皮性卵巢癌 (HG-EOC)〇
40. 根據(jù)權(quán)利要求37-39任一項(xiàng)所述的方法，其中，將所述微RNA或每一個(gè)微RNA的表 達(dá)水平與對(duì)照組中EOC患者的所述微RNA或每一個(gè)微RNA的表達(dá)水平相對(duì)比以獲得總生存 預(yù)后或治療結(jié)果預(yù)測(cè)。
41. 根據(jù)權(quán)利要求40所述的方法，所述方法包括：提供閾值數(shù)據(jù)，所述閾值數(shù)據(jù)對(duì)每一 個(gè)微RNA來(lái)說(shuō)均代表一個(gè)或多個(gè)表達(dá)水平閾值，所述表達(dá)水平閾值將對(duì)照組分層為多個(gè)亞 組；然后將患者的所述微RNA或每一個(gè)微RNA的表達(dá)水平與各自微RNA的一個(gè)或多個(gè)表達(dá) 水平閾值相對(duì)比，以將患者分類到亞組中的一組，從而獲得總生存預(yù)后或治療結(jié)果預(yù)測(cè)。
42. 根據(jù)權(quán)利要求41所述的方法，其中，為成組微RNA中多個(gè)微RNA中的每一個(gè)確定預(yù) 后或預(yù)測(cè)，然后進(jìn)一步包括由各個(gè)預(yù)后或預(yù)測(cè)生成一致性的預(yù)后或預(yù)測(cè)。
43. 根據(jù)權(quán)利要求41或42所述的方法，其中，所述多個(gè)亞組至少包括：低風(fēng)險(xiǎn)（5年生 存率為53% )、中風(fēng)險(xiǎn)（5年生存率為22% )和高風(fēng)險(xiǎn)（5年生存率為8% )。
44. 根據(jù)權(quán)利要求25-43任一項(xiàng)所述的方法，其中，所述治療結(jié)果為化療結(jié)果。
【專利摘要】一種用于患有上皮性卵巢癌(EOC)的患者的總生存預(yù)后或治療結(jié)果預(yù)測(cè)的方法，包括：a、提供來(lái)自患者的樣本，b、確定樣本中微RNA家族致死因子-7b(let-7b)的表達(dá)水平，c、使用let-7b的表達(dá)水平獲得患者的總生存預(yù)后或治療結(jié)果預(yù)測(cè)。
【IPC分類】A61K39-395, C12Q1-68, A61K48-00, G01N33-48
【公開(kāi)號(hào)】CN104854247
【申請(qǐng)?zhí)枴緾N201380065419
【發(fā)明人】弗拉基米爾·安德烈耶維奇·庫(kù)茲涅佐夫, 唐志群, 歐錦祥, 安娜·弗拉基米羅芙娜·艾弗史娜
【申請(qǐng)人】新加坡科技研究局
【公開(kāi)日】2015年8月19日
【申請(qǐng)日】2013年10月11日
【公告號(hào)】EP2906724A1, WO2014058394A1