046] 如本文所用的術(shù)語(yǔ)"嗜甲燒菌"、"嗜甲燒細(xì)菌（methanotrophic bacterium ; methanotrophic bacteria) "是指能夠利用(^底物諸如甲燒或非常規(guī)天然氣作為主要的或 僅有的碳和能量來(lái)源的甲基營(yíng)養(yǎng)菌。如本文所用的"嗜甲烷細(xì)菌"包括可以?xún)H僅利用（^底 物作為碳和能量來(lái)源的"專(zhuān)性嗜甲烷細(xì)菌"，以及除了 Q底物之外還天然地能夠使用多-碳 底物諸如乙酸鹽、丙酮酸鹽、琥珀酸鹽、蘋(píng)果酸鹽或乙醇作為它們的主要的或僅有的碳和能 量來(lái)源的"兼性嗜甲烷細(xì)菌"。兼性嗜甲烷菌包括甲基細(xì)胞菌屬、甲基孢囊菌屬和甲基帽 菌屬中的一些物種（例如，Methylocella silvestris、沼澤甲基細(xì)胞菌、凍原甲基細(xì)胞菌、 Methylocystis daltona SB2、Methylocystis bryophila 和金黃甲基帽菌 KYG)，以及嗜有 機(jī)物甲基桿菌（ATCC 27,886)。
[0047] 如本文所用的術(shù)語(yǔ)"C1底物"或"C1原料"是指缺少碳-碳鍵的任何含碳的分子。 實(shí)例包括：甲烷、甲醇、甲醛、甲酸、甲酸鹽、甲基化胺（例如，單甲基胺、二甲基胺和三甲基 胺）、甲基化硫醇和二氧化碳。
[0048]如本文所用的術(shù)語(yǔ)"低碳烷烴"是指甲烷、乙烷、丙烷或丁烷，或它們的任何組合。 低碳烷烴可以包括基本上純化的組合物，諸如為95-98%甲烷的"管道質(zhì)量天然氣"或"干天 然氣"，或未純化的組合物，諸如"濕天然氣"，其中其它烴（例如，乙烷、丙烷和丁烷）尚未被 除去并且甲烷占該組合物的大于60%。低碳烷烴還可以"天然氣液體"（也稱(chēng)為"天然氣關(guān) 聯(lián)的烴"）提供，其是指在加工以生產(chǎn)管道質(zhì)量干天然氣期間從濕天然氣分離的各種烴（例 如，乙烷、丙烷、丁烷）。"濕天然氣的部分分離的衍生物"包括天然氣液體。
[0049]如本文所用的術(shù)語(yǔ)"天然氣"是指主要由甲烷組成的天然存在的烴氣體混合物，其 可以具有一種或多種其它烴（例如，乙烷、丙烷和丁烷）、二氧化碳、氮?dú)夂土蚧瘹?。天然?包括常規(guī)天然氣和非常規(guī)天然氣（例如，致密砂巖氣、氣巖頁(yè)、天然氣水合物和煤層甲烷）。 天然氣包括干天然氣（或管道質(zhì)量天然氣）或濕（未經(jīng)加工的）天然氣。
[0050] 如本文所用的術(shù)語(yǔ)"非天然存在的"，也稱(chēng)為"重組的"或"轉(zhuǎn)基因的"，在提及微生 物使用時(shí)，意指具有至少一個(gè)在參考物種的天然存在的菌株（包括該參考物種的野生型菌 株）中通常不存在的遺傳學(xué)改變的微生物。遺傳學(xué)改變包括：例如，導(dǎo)入編碼蛋白的可表達(dá) 的核酸分子的修飾、其它核酸添加、核酸缺失、核酸取代，或細(xì)菌的遺傳物質(zhì)的其它功能性 破壞。此類(lèi)修飾包括，例如，對(duì)于參考物種的對(duì)異源性或同源性多肽的編碼區(qū)及它們的功能 性片段。附加的修飾包括，例如，其中該修飾改變基因或操縱子的表達(dá)的非編碼調(diào)控區(qū)。示 例性蛋白包括在異戊二烯途徑（例如，IspS)內(nèi)的蛋白。對(duì)編碼酶的核酸分子或其功能性 片段的基因修飾可以將生物化學(xué)反應(yīng)能力或代謝途徑能力或此類(lèi)能力的改進(jìn)賦予從它的 天然存在的狀態(tài)改變的非天然存在的微生物。
[0051] 如本文所用的"外源性"意指將提及的分子（例如，核酸）或提及的活性（例如， 異戊二烯合成酶活性）導(dǎo)入宿主微生物中。該分子可以例如，通過(guò)將核酸導(dǎo)入宿主遺傳物 質(zhì)中，諸如通過(guò)整合入宿主染色體中或通過(guò)將核酸作為非染色體遺傳物質(zhì)導(dǎo)入諸如在質(zhì)粒 上，進(jìn)行導(dǎo)入。在提及編碼核酸的表達(dá)使用該術(shù)語(yǔ)時(shí)，它是指將該編碼核酸以可表達(dá)的形式 導(dǎo)入宿主微生物中。在提及酶活性或蛋白活性使用時(shí)，該術(shù)語(yǔ)是指被導(dǎo)入宿主參考微生物 中的活性。因此，術(shù)語(yǔ)"內(nèi)源性"或"原生的"是指存在于宿主微生物中的提及的分子或活 性。在提及核酸使用時(shí)，術(shù)語(yǔ)"嵌合"是指非內(nèi)源性的包括自然界中不共同存在的序列的任 何核酸。例如，嵌合核酸可以包括源于不同來(lái)源的調(diào)控序列和編碼序列，或源于相同來(lái)源但 以不同于自然界中存在的形式排列的調(diào)控序列和編碼序列。術(shù)語(yǔ)"異源性"是指源于不同 于參考物種或菌株的來(lái)源的分子或活性，而"同源性"是指源于宿主微生物的分子或活性。 因此，包括如本公開(kāi)中提供的外源性核酸的微生物可以使用異源性核酸或同源性核酸或二 者兼有。
[0052] 應(yīng)當(dāng)理解的是當(dāng)外源性核酸被包括在微生物中時(shí)，該外源性核酸是指如上所討論 提及的編碼核酸或蛋白活性。還應(yīng)當(dāng)理解的是可以將此類(lèi)外源性核酸導(dǎo)入宿主微生物的獨(dú) 立的核酸分子上，多順?lè)醋雍怂岱肿由希幋a融合蛋白的單個(gè)核酸分子上，或其組合，并且 仍然被視為多于一種外源性核酸。例如，如本文公開(kāi)的，可以修飾微生物以表達(dá)一種或多種 編碼來(lái)自異戊二烯途徑的酶（例如，異戊二烯合成酶）的外源性核酸。在將兩種編碼來(lái)自 異戊二烯途徑的酶的外源性核酸導(dǎo)入宿主微生物的情況中，應(yīng)當(dāng)理解的是可將這兩種外源 性核酸以單個(gè)核酸分子導(dǎo)入在例如單個(gè)質(zhì)粒上，在獨(dú)立的質(zhì)粒上，可整合入宿主染色體的 單個(gè)位點(diǎn)或多個(gè)位點(diǎn)處，并且仍然被視為兩種外源性核酸。相似地，應(yīng)當(dāng)理解的是多于兩種 外源性核酸分子可以以任何期望的組合被導(dǎo)入宿主微生物中，例如，在單個(gè)質(zhì)粒上，在獨(dú)立 的質(zhì)粒上，可以被整合入宿主染色體中在單個(gè)位點(diǎn)或多個(gè)位點(diǎn)處，并且仍然被視為兩種或 多種外源性核酸。因此，提及的外源性核酸或酶活性的數(shù)量是指編碼核酸的數(shù)量或蛋白活 性的數(shù)量，不是被導(dǎo)入宿主微生物中的獨(dú)立的核酸分子的數(shù)量。
[0053] 如本文所用的"核酸"，也稱(chēng)為多聚核苷酸，是指由共價(jià)連接的稱(chēng)為核苷酸的亞單 位構(gòu)成的聚合化合物。核酸包括多聚核糖核酸（RNA)、多聚脫氧核糖核酸（DNA)，二者可以 是單鏈或雙鏈。DNA包括cDNA、基因組DNA、合成DNA和半合成DNA。
[0054] 如本文所用的"過(guò)表達(dá)的"在提及基因或蛋白使用時(shí)是指基因或蛋白的表達(dá)或活 性增高。增高的表達(dá)或活性包括當(dāng)基因或蛋白的表達(dá)或活性增高超出野生型（非基因工程 的）對(duì)照或參考微生物中的水平時(shí)。若該表達(dá)或活性是在它的通常非表達(dá)或活性的微生物 中，則基因或蛋白被過(guò)表達(dá)。若該表達(dá)或活性在該微生物中存在時(shí)間段比在野生型對(duì)照或 參考微生物中更長(zhǎng)，則基因或蛋白被過(guò)表達(dá)。
[0055] 宿主嗜甲烷細(xì)菌
[0056] 轉(zhuǎn)化是指核酸（例如，外源性核酸）轉(zhuǎn)移入宿主微生物的基因組中，導(dǎo)致遺傳上穩(wěn) 定的遺傳。包含轉(zhuǎn)化的核酸的宿主微生物稱(chēng)為"非天然存在的"或"重組的"或"轉(zhuǎn)化的"或 "轉(zhuǎn)基因的"微生物。宿主微生物可以選自嗜甲烷細(xì)菌，或非天然存在的微生物從嗜甲烷細(xì) 菌生成，嗜甲烷細(xì)菌通常包括具有氧化作為碳和能量來(lái)源的甲烷的能力的細(xì)菌。
[0057] 嗜甲烷細(xì)菌根據(jù)它們的碳同化途徑及內(nèi)部膜結(jié)構(gòu)被分類(lèi)成三組：1型（丫變形桿 菌（proteobacteria))、II型（a變形桿菌，和X型（y變形桿菌）。為了碳同化，I型嗜 甲烷菌使用單磷酸核酮糖（RuMP)途徑而II型嗜甲烷菌使用絲氨酸途徑。X型嗜甲烷菌使 用RuMP途徑但也表達(dá)低水平的絲氨酸途徑的酶。嗜甲烷細(xì)菌被劃分成若干屬：甲基單胞菌 屬、甲基桿菌屬、甲基球菌屬、甲基孢囊菌屬、甲基彎曲菌屬、甲基微菌屬、甲烷單胞菌屬和 甲基細(xì)胞菌屬。
[0058] 嗜甲烷細(xì)菌包括專(zhuān)性嗜甲烷菌和兼性嗜甲烷菌，其天然地具有使用一些多-碳 底物作為僅有的碳和能量來(lái)源的能力。兼性嗜甲烷菌包括甲基細(xì)胞菌屬、甲基孢囊菌屬 和甲基帽菌屬中的一些物種（例如，Methylocella silvestris、沼澤甲基細(xì)胞菌、凍原甲 基細(xì)胞菌、Methylocystis daltona 菌株 SB2、Methylocystis bryophila 和金黃甲基帽 菌KYG)。示例性嗜甲烷細(xì)菌物種包括：莢膜甲基球菌Bath菌株、甲基單胞菌16a(ATCC PTA 2402)、發(fā)孢甲基彎曲菌0B3b(NRRL B-ll，196)、生孢甲基彎曲菌（NRRL B-ll，197)、小 甲基孢囊菌（NRRL B-ll，198)、甲烷甲基單胞菌（NRRL B-ll，199)、白色甲基單胞菌（NRRL B-11，200)、莢膜甲基桿菌（NRRL B-11，201)、嗜有機(jī)物甲基桿菌（ATCC27, 886)、甲基單胞菌 sp AJ-3670(FERM P-2400)、Methylocella silvestris、沼澤甲基細(xì)胞菌（ATCC 700799)、 凍原甲基細(xì)胞菌、Methylocystis daltona 菌株 SB2、Methylocystis bryophila、金黃 甲基帽菌 KYG、極端嗜酸甲燒氧化菌、Methylacidiphilum fumariolicum、Methyloacida kamchatkensis、甲基叔丁基醚降解菌和嗜堿甲基微菌。
[0059] 選定的嗜甲烷宿主細(xì)菌還可以經(jīng)受在選擇條件下菌株適應(yīng)以鑒定具有用于生產(chǎn) 的改進(jìn)的性質(zhì)的變異體。改進(jìn)的性質(zhì)可以包括：增加的生長(zhǎng)率、期望產(chǎn)品的產(chǎn)率以及對(duì)可能 的工藝污染物的耐受性（參見(jiàn)，例如，美國(guó)6, 689, 601)。在具體的實(shí)施方案中，高生長(zhǎng)變異 體嗜甲烷細(xì)菌是一種能夠在作為僅有的碳和能量來(lái)源的甲烷上生長(zhǎng)，并且具有與它的親代 細(xì)菌、參考細(xì)菌或野生型細(xì)菌相比更快的指數(shù)期生長(zhǎng)率（即，較短的倍增時(shí)間）的生物體。
[0060] 異戊二燔合成涂徑、核酸和多肽
[0061] 本公開(kāi)提供已經(jīng)工程改造而具有生產(chǎn)異戊二烯的能力的嗜甲烷細(xì)菌。包括DXP途 徑的上部分的酶存在于許多嗜甲烷細(xì)菌中。然而，在（E)-4-羥基-3-甲基丁-2-烯基-二 磷酸（HMBPP)轉(zhuǎn)化成異戊烯基二磷酸（IPP)和二甲基烯丙基二磷酸（DMAPP)之后，目前已 知的嗜甲烷菌缺少用于將DMAPP轉(zhuǎn)化成異戊二烯的異戊二烯合成酶（例如，IspS)。相反， 嗜甲烷菌通過(guò)香葉基轉(zhuǎn)移酶和法尼基二磷酸合成酶（IspA)將DMAPP轉(zhuǎn)化成法尼基二磷酸， 其隨后被轉(zhuǎn)化成類(lèi)胡蘿卜素（參見(jiàn)，例如，美國(guó)專(zhuān)利7, 105, 634)。
[0062] 在某些實(shí)施方案中，本公開(kāi)提供包括編碼異戊二烯合成酶（例如，IspS)的外源性 核酸的非天然存在的嗜甲烷細(xì)菌，其中該嗜甲烷細(xì)菌能夠?qū)⑻荚限D(zhuǎn)化成異戊二烯。用編 碼異戊二烯合成酶的外源性核酸轉(zhuǎn)化的嗜甲烷細(xì)菌通常能夠利用如圖1中所示的DXP途徑 將丙酮酸和甘油醛-3-磷酸轉(zhuǎn)化成異戊二烯。
[0063] 異戊二烯合成酶核酸和多肽序列是本領(lǐng)域中已知的，并且可以從天然具有異戊二 烯合成酶的任何生物體獲得。IspS基因已從多種植物（包括例如楊樹(shù)、山楊和野葛）中分離 出并克隆。雖然多種細(xì)菌具有DXP途徑，但在目前的任何數(shù)據(jù)庫(kù)中不能獲得來(lái)自原核生物 的 ispS 基因的序列（參見(jiàn)，例如，Xue 等，2011，Appl. Environ. Microbiol. 77:2399-2405)。 在某些實(shí)施方案中，編碼異戊二烯合成酶的核酸源于銀白楊、毛果楊、美洲山楊、黑楊、 銀白楊x歐洲山楊、銀灰楊、山葛、葛根、夏櫟、蝶形花亞科、褪色柳、無(wú)毛柳、五蕊柳或百 里香葉柳。在NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)中可獲得的異戊二烯合成酶的核酸序列的實(shí)例包括：登錄號(hào) AB198180 (銀白楊）、AY341431 (美洲山楊）、AJ294819 (銀白楊x歐洲山楊）、AY316691 (葛 麻姆（Montana var. lobata))、HQ684728 (黑楊）和 EU693027 (毛果楊）。在表 1 中提供異 戊二烯合成酶多肽的實(shí)例。帶下劃線的序列代表N-末端質(zhì)體靶向序列，其在截短形式中被 除去。在某些實(shí)施方案中，該外源性核酸編碼具有如SEQ ID N0:1-6中任一項(xiàng)闡述的氨基 酸序列的異戊二烯合成酶多肽。
[0064] 表1.異戊二烯合成酶多肽的實(shí)例
[0065] CN105008514A 說(shuō)明書(shū) 10/43 頁(yè)
[0066]
[0067]
[0068] 用于本文所述的組合物和方法中的異戊二烯合成酶核酸和多肽序列包括具有改 進(jìn)的溶解性、表達(dá)、穩(wěn)定性、催化活性和轉(zhuǎn)換率的變異體。例如，美國(guó)專(zhuān)利8, 173, 410 (在此 通過(guò)引用整體并入）公開(kāi)了具有增強(qiáng)的溶解性、表達(dá)和活性的特定的異戊二烯合成酶氨基 酸取代。
[0069] 在某些實(shí)施方案中，可以期望的是過(guò)表達(dá)內(nèi)源性DXP途徑酶或?qū)⑼庠葱訢XP途徑 基因?qū)胨拗魇燃淄榫幸栽黾覫PP和DMAPP產(chǎn)量和異戊二烯產(chǎn)率。在某些實(shí)施方案中， 如本文提供的包括編碼異戊二烯合成酶（例如，IspS)的外源性核酸的非天然存在的嗜甲 烷細(xì)菌，與內(nèi)源性DXP途徑酶的正常表達(dá)水平相比進(jìn)一步過(guò)表達(dá)內(nèi)源性DXP途徑酶，用編 碼DXP途徑酶的外源性核酸進(jìn)行轉(zhuǎn)化，或二者兼具。"內(nèi)源性"或"原生的"是指存在于宿 主嗜甲烷細(xì)菌中的提及的分子或活性。在其它實(shí)施方案中，如本文提供的包括編碼異戊二 烯合成酶（例如，IspS)的外源性核酸的非天然存在的嗜甲烷細(xì)菌，與兩種、三種、四種、五 種、六種、七種、八種或更多種內(nèi)源性DXP途徑酶的正常表達(dá)水平相比，過(guò)表達(dá)所述的兩種、 三種、四種、五種、六種、七種、八種或更多種內(nèi)源性DXP途徑酶；用編碼兩種、三種、四種、五 種、六種、七種、八種或更多種DXP途徑酶的外源性核酸進(jìn)行轉(zhuǎn)化；或其任何組合。來(lái)自DXP 途徑的內(nèi)源性酶諸如DXS的過(guò)表達(dá)，可以增加異戊二烯產(chǎn)量（Xue和Ahring，2011，Applied Environ. Microbiol. 77:2399-2405)。不希望受理論的束縛，可認(rèn)為增加DXS的量使經(jīng)過(guò) DXP途徑的碳的流量增大，從而導(dǎo)致異戊二烯產(chǎn)量增加。在某些實(shí)施方案中，采用液相色譜 法-質(zhì)譜法的代謝物譜分析（metabolite profiling)用來(lái)鑒定異戊二稀合成途徑中的瓶 頸和待過(guò)表達(dá)的酶（參見(jiàn)，例如，Pitera 等，2007, Metabolic Engineering 9:193-207)。
[0070] 用于在宿主生物體中過(guò)表達(dá)核酸的方法是本領(lǐng)域中已知的。過(guò)表達(dá)可以通過(guò)將編 碼內(nèi)源性DXP途徑酶的核酸或編碼DXP途徑酶的外源性（例如，異源性）核酸的拷貝導(dǎo)入 宿主嗜甲烷細(xì)菌中來(lái)實(shí)現(xiàn)。作為實(shí)例，可以將編碼內(nèi)源性DXS酶的核酸與編碼異戊二烯合 成酶（例如，IspS)的外源性核酸一起轉(zhuǎn)化入宿主嗜甲烷細(xì)菌中，或可以將源于非-宿主嗜 甲烷物種的編碼DXS酶的外源性核酸與編碼異戊二烯合成酶（例如，IspS)的外源性核酸 一起轉(zhuǎn)化入宿主嗜甲烷細(xì)菌中。內(nèi)源性DXP途徑酶的過(guò)表達(dá)還可以通過(guò)用導(dǎo)致增強(qiáng)的轉(zhuǎn)錄 的啟動(dòng)子或調(diào)控區(qū)替換內(nèi)源性啟動(dòng)子或調(diào)控區(qū)來(lái)實(shí)現(xiàn)。
[0071] 在某些實(shí)施方案中，在宿主嗜甲烷細(xì)菌中過(guò)表達(dá)的DXP途徑酶是DXS、DXR、IDI、 IspD、IspE、IspF、IspG、IspH或它們的組合。在一些實(shí)施方案中，在宿主嗜甲烷菌中過(guò)表達(dá) 的DXP途徑酶是DXS、IDI、IspD、IspF或它們的組合。
[0072] DXP途徑酶的來(lái)源是本領(lǐng)域中已知的，并且可以來(lái)自天然具有DXP途徑的任何 生物體，包括多種植物和細(xì)菌物種。例如，DXP途徑酶可以存在于炭疽桿菌（Bacillus anthracis)、幽門(mén)螺旋桿菌（Helicobacter pylori)、鼠疫桿菌（Yersinia pestis)、結(jié) 核分枝桿菌（Mycobacterium tuberculosis)、惡性癥原蟲(chóng)（Plasmodium falciparum)、 海分枝桿菌（Mycobacterium marinum)、枯草芽抱桿菌（Bacillus subtilis)、大腸桿菌 (Escherichia coli)、超嗜熱菌（Aquifex aeolicus)、鼠衣原體（Chlamydia muridarum)、 空腸彎曲桿菌（Campylobacter jejuni)、沙眼衣原體（Chlamydia trachomatis)、肺炎嗜 衣原體（Chlamydophila pneumoniae)、流感嗜血桿菌（Haemophilus influenzae)、腦膜 炎奈瑟菌（Neisseria meningitidis)、集胞藻屬（Synechocystis)、極端嗜酸甲燒氧化 菌V4、甲基孢囊菌sp. SC2、甲基單胞菌菌株16A、莢膜甲基球菌Bath菌株、一些單細(xì)胞藻 類(lèi)，包括斜生柵藻（Scenedesmus oliquus)，以及在大多數(shù)植物物種的質(zhì)體中，包括擬南芥 (Arabidopsis thaliana)、銀白楊、毛果楊、美洲山楊、黑楊、銀白楊x歐洲山楊、銀灰楊、山 葛、葛根、夏櫟、蝶形花亞科、褪色柳、無(wú)毛柳、五蕊柳或百里香葉柳中。
[0073] 在NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)中可獲得的DXS的核酸序列的實(shí)例包括登錄號(hào)：AF035440(大腸 桿菌）；Y18874(聚球藻（Synechococcus)PCC6301) ;AB026631 (鏈霉菌（Streptomyces sp.)CL190) ;AB042821(灰抱鏈霉菌（Streptomyces griseolosporeus)) ;AF11814(惡性 癥原蟲(chóng)）；AF143812(番前（Lycopersicon esculentum)) ;AJ279019(假水仙（Narcissus pseudonarcissus)) ;AJ291721 (煙草（Nicotiana tabacum)) ;AX398484.1(甲基單胞菌 菌株16A) ;NC_010794. 1(區(qū)1435594. . 1437486,補(bǔ)體）（極端嗜酸甲烷氧化菌V4);和 NC_018485. 1 (區(qū) 2374620. ? 2376548)(甲基孢囊菌 sp. SC2)。
[0074] 在NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)中可獲得的DXR的核酸序列的實(shí)例包括登錄號(hào)：AB013300(大腸 桿菌）；AB04 9187(灰抱鏈霉菌（Strepomyces griseolosporeus)) ;AF111813(惡性癥原 蟲(chóng)）；AF116825(胡椒薄荷（Mentha x piperita)) ;AF148852(擬南芥）；AF182287(黃花 蒿（Artemisia annua)) ;AF250235(長(zhǎng)春花（Catharanthus roseus)) ;AF282879(銅綠假 單胞菌（Pseudomonas aeruginosa)) ;AJ242588(擬南芥）；AJ250714(運(yùn)動(dòng)發(fā)酵單胞菌 (Zymomonas mobilis)菌株ZM4) ;AJ292312(肺炎克雷伯桿菌（Klebsiella penumoniae)); AJ297566(玉米（Zea mays));和AX398486.1(甲基單胞菌菌株16A)。在NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)中 可獲得的IspD的核酸序列的實(shí)例包括登錄號(hào)：AB037876(擬南芥）；AF109075(難辨梭狀 芽胞桿菌（Clostridium difficile)) ;AF230736(大腸桿菌）；AF230737(擬南芥）；和 AX398490. 1 (甲基單胞菌菌株16A)。
[0075] 在NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)中可獲得的IspE的核酸序列的實(shí)例包括登錄號(hào)：AF216300(大腸 桿菌）；AF263101 (番茄）；AF288615 (擬南芥）；和AX398496. 1 (甲基單胞菌菌株16A)。
[0076] 在NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)中可獲得的IspF的核酸序列的實(shí)例包括登錄號(hào)：AF230738(大腸 桿菌）；AB038256(大腸桿菌）；AF250236(長(zhǎng)春花）；AF279661(惡性瘧原蟲(chóng)）；AF321531 (擬 南芥）；和AX398488. 1 (甲基單胞菌菌株16A)。
[0077] 在NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)中可獲得的IspG的核酸序列的實(shí)例包括登錄號(hào)：AY033515(大 腸桿菌）YP_005646(嗜熱棲熱菌（Thermus thermopilus))和 YP_475776. 1(聚球藻）。 在NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)中可獲得的IspH的核酸序列的實(shí)例包括登錄號(hào)：AY062212(大腸桿菌）、 YP_233819. 1 (丁香假單胞菌（Pseudomonas syringae))和 YP_729527. 1 (聚球藻）。在 NCBI 數(shù)據(jù)庫(kù)中可獲得的IDI的核酸序列的實(shí)例包括登錄號(hào)：AF119715(大腸桿菌）、P61615(芝 田硫化葉菌（Sulfolobus shibatae))和 042641(紅發(fā)夫酵母（Phaffia rhodozyme))。
[0078] 在表2中提供可用于各種實(shí)施方案中的來(lái)自莢膜甲基球菌Bath菌株（ATCC 33009)的DXP途徑酶的氨基酸序列。
[0079] 表2.莢膜甲基球菌Bath菌株的DXP途徑酶
[0080]
[0081]
[0082]
[0083]本領(lǐng)域技術(shù)人員應(yīng)該理解的是被導(dǎo)入宿主嗜甲烷細(xì)菌中的每種DXP途徑酶的來(lái) 源可以是相同的，被導(dǎo)入宿主嗜甲烷細(xì)菌中的兩種或多種D