樹的沒有它們的N-末端質(zhì)體-靶向序列的截短的IspS序列。SEQ ID N0:14、16和18 是分別來自銀白楊、山葛和柳樹的全長IspS序列（具有N-末端質(zhì)體-靶向序列）。
[0103] 表3.為在莢膜甲基球菌Bath菌株中表達(dá)而密碼子-優(yōu)化的IspS多聚核苷酸序 列
[0104]
[0105]
[0106]
[0107]
[0108]
[0109]
[0110] 嗜甲烷菌的示例件培養(yǎng)
[0111] 利用本領(lǐng)域中公知的材料和方法可以培養(yǎng)如本文所述的非天然存在的嗜甲烷細(xì) 菌。在某些實(shí)施方案中，在允許表達(dá)被導(dǎo)入宿主嗜甲烷菌細(xì)胞中的一種或多種核酸（例如， IspS)的條件下培養(yǎng)非天然存在的嗜甲烷細(xì)菌。
[0112] 經(jīng)典的分批培養(yǎng)方法是封閉的系統(tǒng)，其中培養(yǎng)基的組成在培養(yǎng)開始時設(shè)定并且在 培養(yǎng)過程期間不受外部改變。因此，在培養(yǎng)過程開始時，使培養(yǎng)基接種期望的生物體或生物 體，并且在不向該系統(tǒng)添加任何物質(zhì)的情況下允許發(fā)生生長或代謝活動。然而，通常"分批" 培養(yǎng)是相對于添加碳源而言的分批，并且通常試圖控制諸如pH和氧濃度之類的因素。在分 批系統(tǒng)中，該系統(tǒng)的代謝物和生物質(zhì)組成不斷變化直至培養(yǎng)終止之時。在分批培養(yǎng)物內(nèi)，細(xì) 胞經(jīng)由靜滯期至高對數(shù)生長期并最終至靜止期變緩和，在靜止期中生長速率減小或停止。 若不處理，處于靜止期的細(xì)胞最終將死亡。處于對數(shù)期的細(xì)胞通常負(fù)責(zé)一些系統(tǒng)中的最終 產(chǎn)品或中間體的批量生產(chǎn)。在其它系統(tǒng)中可以獲得靜止期或指數(shù)期后的生產(chǎn)。
[0113] 補(bǔ)料分批系統(tǒng)是對標(biāo)準(zhǔn)分批系統(tǒng)的變型。補(bǔ)料分批培養(yǎng)過程包括具有隨著培養(yǎng) 進(jìn)程遞增地添加底物的修改的典型分批系統(tǒng)。當(dāng)分解代謝物阻遏作用傾向于抑制細(xì)胞的 代謝時以及在期望在培養(yǎng)基中具有有限量的底物的情況中，補(bǔ)料分批系統(tǒng)是有用的。在 補(bǔ)料分批系統(tǒng)中實(shí)際底物濃度的測量是困難的，并因此根據(jù)可測量因素諸如PH、溶解氧 和廢氣諸如C02的分壓的變化進(jìn)行估計。分批培養(yǎng)方法和補(bǔ)料分批培養(yǎng)方法在本領(lǐng)域 中是普遍的并且已知的（參見，例如，Thomas D.Brock，Biotechnology:A Textbook of Industrial Microbiology,第 2 版(1989)Sinauer Associates, Inc. , Sunderland, MA ； Deshpande, 1992, Appl. Biochem. Biotechnol. 36:227,其通過引用整體并入）。
[0114] 連續(xù)培養(yǎng)是"開放"系統(tǒng)，其中將限定的培養(yǎng)基連續(xù)地添加到生物反應(yīng)器并同時為 了加工除去等量的條件培養(yǎng)基。連續(xù)培養(yǎng)通常使細(xì)胞維持在恒定的高液相密度，其中細(xì)胞 主要處于對數(shù)期生長?；蛘?，可以用固定化細(xì)胞實(shí)施連續(xù)培養(yǎng)，其中連續(xù)地添加碳和營養(yǎng)物 并從細(xì)胞群連續(xù)地除去有價值的產(chǎn)品、副產(chǎn)物和廢品。利用由天然材料或合成材料構(gòu)成的 各種固體支持體可以執(zhí)行細(xì)胞固定化。
[0115] 連續(xù)培養(yǎng)或半連續(xù)培養(yǎng)允許調(diào)節(jié)影響細(xì)胞生長或最終產(chǎn)品濃度的一個因素或任 何數(shù)量的因素。例如，一種方法可使有限的營養(yǎng)物諸如碳源或氮水平維持在固定比率并允 許調(diào)節(jié)所有其它參數(shù)。在其它系統(tǒng)中，可以連續(xù)地改變影響生長的多種因素同時使通過培 養(yǎng)基濁度測得的細(xì)胞濃度保持恒定。連續(xù)系統(tǒng)力求維持穩(wěn)定的狀態(tài)生長條件，因此必須使 因培養(yǎng)基被取出所致的細(xì)胞損失與培養(yǎng)物中細(xì)胞生長速率保持平衡。調(diào)節(jié)用于連續(xù)培養(yǎng)過 程的營養(yǎng)物和生長因素的方法以及用于最大化產(chǎn)品形成的速率的技術(shù)是本領(lǐng)域中公知的， 并且Brock詳述了各種方法，參見同上。
[0116] 還可以將嗜甲烷細(xì)菌固定化在固體底物上作為全細(xì)胞催化劑并經(jīng)受用于異戊二 烯生產(chǎn)的發(fā)酵條件。
[0117] 本公開中提供的嗜甲烷細(xì)菌可以作為分離的純培養(yǎng)物生長，可以與可輔助生長的 異源性非嗜甲烷生物體或嗜甲烷細(xì)菌的一種或多種不同的菌株/或物種合并以產(chǎn)生混合 的培養(yǎng)物。
[0118] 任何碳源，能夠被嗜甲烷細(xì)菌代謝的含碳化合物（也稱為碳原料），可以用來培養(yǎng) 本文所述的非天然存在的嗜甲烷細(xì)菌。碳原料可以用于維持活力，使嗜甲烷細(xì)菌生長，或被 轉(zhuǎn)化成異戊二烯。
[0119] 在某些實(shí)施方案中，如本文所述用一種或多種異戊二烯途徑酶基因工程改造的 非天然存在的嗜甲烷細(xì)菌能夠?qū)⑻荚限D(zhuǎn)化成異戊二烯，其中該碳原料是C1底物。C1底 物包括但不限于甲烷、甲醇、天然氣和非常規(guī)天然氣。非天然存在的嗜甲烷細(xì)菌還可以將 非-ci底物諸如多-碳底物轉(zhuǎn)化成異戊二烯。一旦已經(jīng)將異戊二烯生物合成能力導(dǎo)入細(xì) 菌中，則非天然存在的嗜甲烷細(xì)菌可以內(nèi)源性地具有將多-碳底物諸如低碳烷烴（乙烷、 丙烷和丁烷）轉(zhuǎn)化成異戊二烯的能力（參見圖3)。或者，非天然存在的嗜甲烷細(xì)菌可以需 要附加的基因工程以使用替代碳原料（參見，例如，2012年10月24日提交的美國臨時申 請 61/718,024,"Engineering of Multi-Carbon Substrate Utilization Pathways in Methanotrophic Bacteria"，其通過引用整體并入），然后可以根據(jù)本公開將其轉(zhuǎn)化成異戊 二烯?？梢韵蚴燃淄榧?xì)菌提供純的或相對純的主要由單碳底物諸如甲烷或干天然氣組成的 碳原料。還可以向嗜甲烷細(xì)菌提供混合的碳原料諸如濕天然氣，其包括甲烷和低碳烷烴。
[0120] 非天然存在的嗜甲烷細(xì)菌的構(gòu)律
[0121] 本文使用的重組DNA和分子克隆技術(shù)是本領(lǐng)域中公知的，在Sambrook等， Molecular Cloning:A Laboratory Manual,第3版，Cold Spring Harbor Laboratory, New York(2001);和 Ausubel 等，Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley and Sons, Baltimore, MD (1999)中有描述。
[0122] 用于將異源性核酸導(dǎo)入嗜甲烷細(xì)菌中的重組方法是本領(lǐng)域中已知的。用于在嗜甲 烷細(xì)菌中表達(dá)異源性核酸的表達(dá)系統(tǒng)和表達(dá)載體是已知的。用于轉(zhuǎn)化嗜甲烷細(xì)菌的載體或 盒是已知的。
[0123] 代謝C1細(xì)菌的電穿孔之前已經(jīng)在Toyama等，1998, FEMS Microbiol. Lett. 166:1-7 (扭脫甲基桿菌（Methylobacterium extorquens)) ;Kim和 Wood, 1997, Appl. Microbiol. Biotechnol. 48:105-108 (甲基營養(yǎng)型嗜甲基菌（Methylophilus methylotrophus)ASl) ;Yoshida 等，2001，Biotechnol.Lett.23:787_791(甲基桿菌 (Methylobacillus sp.)菌株 12S)，和 US2008/0026005(扭脫甲基桿菌）中有描述。
[0124] 細(xì)菌接合，其是指涉及供體細(xì)胞與受體細(xì)胞的直接接觸的特定類型的轉(zhuǎn)化，更 頻繁地用于將核酸轉(zhuǎn)移入嗜甲烷細(xì)菌中。細(xì)菌接合涉及將"供體"細(xì)胞與"受體"細(xì)胞 以彼此緊密接觸方式混合在一起。通過在供體細(xì)菌與受體細(xì)菌之間形成細(xì)胞質(zhì)連接發(fā) 生接合，并且新合成的供體核酸單向轉(zhuǎn)移入受體細(xì)胞中。在接合反應(yīng)中受體是可以通過 水平轉(zhuǎn)移從供體細(xì)菌接受核酸的任何細(xì)胞。在接合反應(yīng)中供體是包含接合質(zhì)粒、接合轉(zhuǎn) 座子或移動的質(zhì)粒的細(xì)菌。通過自我轉(zhuǎn)移性（self-transmissible)質(zhì)?；蚪柚?輔 助"質(zhì)?？梢园l(fā)生供體質(zhì)粒的物理轉(zhuǎn)移。涉及代謝C1的細(xì)菌包括嗜甲烷細(xì)菌的接合之 前已經(jīng)在 Stolyar 等，1995, Mikrobiologiya 64:686-691 ;Martin 和 Murrell, 1995, FEMS Microbiol. Lett. 127:243-248 ;Motoyama 等，1994, Appl. Micro. Biotech. 42:67-72 ;Lloyd 等，1999，Archives of Microbiology 171:364-370;和Odom等，PCT公布TO 02/18617 ;Ali 等，2006，Microbiol. 152:2931-2942 中有描述。
[0125] 如本文所述，可以期望的是過表達(dá)各種上游異戊二烯途徑基因以增大產(chǎn)量。利 用本領(lǐng)域中已知的方法，諸如多拷貝質(zhì)?；驈?qiáng)啟動子，可以實(shí)現(xiàn)內(nèi)源性核酸或異源性 核酸的過表達(dá)。在嗜甲烷菌中使用多拷貝表達(dá)系統(tǒng)是本領(lǐng)域中已知的（參見，例如， Cardy 和 Murrell, 1990J.Gen.Microbiol. 136:343-352 ;Sharpe 等，2007，Appl. Environ. Microbiol. 73:1721-1728)。例如，在甲基桿菌中異源性基因的基于轉(zhuǎn)座子的多拷貝表達(dá) 已有描述（參見，例如美國專利公布2008/0026005)。還可以使用對外源性核酸的高表達(dá) 而言適合的同源性啟動子或異源性啟動子。例如，美國專利7, 098, 005描述在甲烷或甲醇 的存在下高度表達(dá)的啟動子用于在嗜甲烷細(xì)菌中異源性基因表達(dá)?？梢允褂玫母郊拥膯?動子包括：脫氧-木酮糖磷酸合成酶甲醇脫氫酶操縱子啟動子（Springer等，1998, FEMS Microbiol. Lett. 160:119-124);用于 PHA 合成的啟動子（Foellner 等 1993, Appl. Microbiol. Biotechnol. 40:284-291);或從甲基營養(yǎng)生物（methylotroph)中的原生質(zhì)粒 鑒定的啟動子（EP296484)。可以使用的非-原生的啟動子包括：lac操縱子Plac啟動 子（Toyama 等，1997，Microbiology 143:595-602)或雜合啟動子諸如 Ptrc(Brosius 等， 1984, Gene 27:161-172)?？梢允褂玫母郊拥膯幼影B漏型啟動子或誘導(dǎo)型啟動子系 統(tǒng)。例如，在甲基營養(yǎng)型細(xì)菌和嗜甲烷細(xì)菌中重組蛋白表達(dá)的阻遏物/操縱基因系統(tǒng)在美 國專利8, 216, 821中已有描述。
[0126] 或者，某些基因的中斷可以適合于消除競爭能量或碳匯，增加異戊二烯途徑前體 的累積，或防止異戊二烯的進(jìn)一步代謝。用于中斷的基因的選擇可以根據(jù)經(jīng)驗(yàn)證據(jù)進(jìn)行確 定。用于中斷的候選基因可以包括IspA。已知嗜甲烷細(xì)菌具有可以為異戊二烯前體DMAPP 和0^而競爭的類胡蘿卜素生物合成途徑（參見，美國專利6,969,595)。1叩4是指催化 三個異戊二烯基轉(zhuǎn)移酶反應(yīng)的序列的香葉基轉(zhuǎn)移酶或法尼基二磷酸合成酶，其中從DMAPP 和IPP形成香葉基二磷酸（GPP)、法尼基二磷酸（FPP)和香葉基香葉基二磷酸（GGPP)。用 于在嗜甲烷細(xì)菌中將內(nèi)源性基因功能下調(diào)、失活、敲除或缺失的各種方法是本領(lǐng)域中已知 的。例如，靶向基因中斷是一種用于基因下調(diào)的有效方法，其中將外源DNA插入結(jié)構(gòu)基因 中以中斷轉(zhuǎn)錄。將基因盒導(dǎo)入宿主嗜甲烷細(xì)菌中，該基因盒包括側(cè)接與要被中斷的靶宿主 基因的部分具有高度同源性的序列的外源插入DNA(通常遺傳標(biāo)記）。外源DNA通過原生 DNA復(fù)制機(jī)制中斷靶宿主基因。等位交換從而在代謝(；的細(xì)菌（包括嗜甲烷細(xì)菌）中構(gòu) 建缺失 / 插入突變型已經(jīng)在 Toyama 和 Lidstrom, 1998, Microbiol. 144:183-191 ;Stolyar 等，1999,Microbiol. 145:1235-1244 ;Ali 等，2006,Microbiology 152:2931-2942 ;Van Dien 等，2003, Microbiol. 149:6(U-609;Martin 和 Murrell, 2006, FEMS Microbiol. Lett. 127:243-248 中有描述。
[0127] 被轉(zhuǎn)化入宿主嗜甲烷細(xì)菌中的核酸，諸如編碼IspS、DXP途徑酶、甲羥戊酸途徑酶 或蕃前紅素途徑酶的核酸，可以作為獨(dú)立的核酸分子被導(dǎo)入在多順反子核酸分子上，在編 碼融合蛋白的單個核酸分子上，或其組合。若將多于一種核酸分子導(dǎo)入宿主嗜甲烷細(xì)菌中， 可以根據(jù)相關(guān)的代謝途徑將它們以各種順序（包括隨機(jī)的順序或相繼的順序）導(dǎo)入。在某 些實(shí)施方案中，在將編碼來自選定生物合成途徑的多種酶的多種核酸轉(zhuǎn)化入宿主嗜甲烷細(xì) 菌中時，以保留與選定的生物合成途徑一致的相繼的順序的方式將它們轉(zhuǎn)化。
[0128] 牛產(chǎn)異戊二燔的方法
[0129] 本文提供用于生產(chǎn)異戊二烯的方法，其包括：在碳原料存在下在足以生產(chǎn)異戊二 烯的條件下培養(yǎng)包含編碼異戊二烯合成酶的外源性核酸的非天然存在的嗜甲烷細(xì)菌。用于 生長和維持嗜甲烷細(xì)菌培養(yǎng)物的方法是本領(lǐng)域中公知的。本文所述的非天然存在的嗜甲烷 細(xì)菌的各種實(shí)施方案可以用于生產(chǎn)異戊二烯的方法中。
[0130] 在某些實(shí)施方案中，在細(xì)胞生長的特定時期（例如，延滯期、對數(shù)期、靜止期或死 亡期）期間生產(chǎn)異戊二烯?？梢云谕氖莵碜栽系奶急晦D(zhuǎn)化成異戊二烯而不是嗜甲烷細(xì) 菌的生長和維持。在一些實(shí)施方案中，將本文提供的非天然存在的嗜甲烷細(xì)菌培養(yǎng)為低至 中等的細(xì)胞密度（〇D6J，然后開始異戊二烯的生產(chǎn)。在一些實(shí)施方案中，生產(chǎn)異戊二烯同時 嗜甲烷細(xì)菌不再分裂或非常緩慢地分裂。在一些實(shí)施方案中，僅在靜止期期間生產(chǎn)異戊二 烯。在一些實(shí)施方案中，在對數(shù)期和靜止期期間生產(chǎn)異戊二烯。
[0131] 包括由本文提供的非天然存在的嗜甲烷細(xì)菌生產(chǎn)的異戊二烯的發(fā)酵器廢氣還可 以包括與生物發(fā)酵過程關(guān)聯(lián)的其它有機(jī)化合物。例如，發(fā)酵的生物副產(chǎn)物可以包括下列中 的一種或多種：醇類、環(huán)氧化物類、醛類、酮類和酯類。在某些實(shí)施方案中，發(fā)酵器廢氣可以 包含以下醇類中的一種或多種：甲醇、乙醇、丁醇或丙醇。在某些實(shí)施方案中，發(fā)酵器廢氣可 以包含以下環(huán)氧化物類中的一種或多種：環(huán)氧乙烷、環(huán)氧丙烷或環(huán)氧丁烷。其它化合物諸如 H 20、C0、C02、CO N2、H2、02以及未使用的碳原料諸如甲燒、乙烷、丙烷和丁烷也可以存在于發(fā) 酵器廢氣中。
[0132] 在某些實(shí)施方案中，本文提供的非天然存在的嗜甲烷細(xì)菌以約0. 001g/L的培養(yǎng) 物至約500g/L的培養(yǎng)物生產(chǎn)異戊二烯。在一些實(shí)施方案中，生產(chǎn)的異戊二烯的量是約lg/L 的培養(yǎng)物至約l〇〇g/L的培養(yǎng)物。在一些實(shí)施方案中，生產(chǎn)的異戊二烯的量是約0. 001g/L、 0?01g/L、0.025g/L、0.05g/L、0.Ig/L、0.15g/L、0.2g/L、0. 25g/L、0. 3g/L、0.4g/L、0. 5g/L、 0?6g/L、0. 7g/L、0. 8g/L、0. 9g/L、lg/L、2. 5g/L、5g/L、7. 5g/L、10g/L、12. 5g/L、15g/L、20g/ L、25g/L、30g/L、35g/L、40g/L、45g/L、50g/L、60g/L、70g/L、80g/L、90g/L、100g/L、125g/L、 150g/L、175g/L、200g/L、225g/L、250g/L、275g/L、300g/L、325g/L、350g/L、375g/L、400g/L、 425g/L、450g/L、475g/L 或 500g/L。
[0133] 通過碳指紋圖譜，可以將利用本文提供的組合物和方法生產(chǎn)的異戊二烯與由石 油化學(xué)品生產(chǎn)的異戊二烯或由非嗜甲烷細(xì)菌生物合成的異戊二烯區(qū)分開。作為背景，穩(wěn) 定的同位素測量法和質(zhì)量平衡方法廣泛用來評價甲烷的全球來源和吸收匯（sink)(參見 Whiticar 和 Faber, Org. Geochem. 10:759, 1986 ;Whiticar, Org. Geochem. 16:531，1990)。由 甲烷的微生物氧化所致的碳同位素分餾的程度的測量可以通過測量殘余甲烷的同位素特 征值（isotopic signature) ( 即，穩(wěn)定的同位素之比13C:12C)進(jìn)行確定。例如，需氧嗜甲燒菌 可以通過特定的酶，甲烷單加氧酶（monoxygenase) (MM0)代謝甲烷。嗜甲烷菌將甲烷轉(zhuǎn)化 成甲醇并隨后轉(zhuǎn)化為甲醛?？梢詫⒓兹┻M(jìn)一步氧化成〇)2從而以還原當(dāng)量（NADH)的形式向 細(xì)胞提供能量，或通過RuMP或絲氨酸循環(huán)被并入生物質(zhì)中（Hanson和1^118〇11，]\1;[01'013；[01. Rev. 60:439, 1996)，其與光合生物體中的碳同化途徑直接類似。更具體地，I型嗜甲烷 菌使用RuMP途徑用于生物質(zhì)合成并完全從CH 4產(chǎn)生生物質(zhì)，而II型嗜甲烷菌使用絲氨 酸途徑，同化來自CH4的細(xì)胞碳的50-70 %和來自C02的細(xì)胞碳的30-50% (Hanson和 Hanson, 1996)。用于測量碳同位素組成的方法在例如，Templeton等（Geochim.Cosmochim. Acta 70:1739,2006)中提供，其方法在此通過引用整體并入。異戊二烯的13C/12C穩(wěn)定的碳 同位素比（以千分比％報告為S 13C值）隨著所用的Q底物的來源和純度而改變（參見， 例如，圖4)。
[0134] 例如，源于石油的異戊二烯具有約-22%。至約-24%。的S 13C分布。主要從玉米衍生 的葡萄糖（s 13c-10. 73%。）生物合成的異戊二烯具有約-14. 66%。至-14. 85%。的s 13c。從 可再生的碳源生物合成的異戊二烯預(yù)期具有與源于石油的異戊二烯相比較小負(fù)值的S 13C 值。然而，來自天然氣的甲烷的S13C分布有別于大多數(shù)碳源，并具有比原油更大負(fù)值的 S 13C分布。嗜甲烷細(xì)菌表現(xiàn)出在過量甲烷的條件下優(yōu)選使用12C并減少它們攝取的13C，從 而導(dǎo)致S 13C值進(jìn)一步負(fù)迀移。如本文所述的嗜甲烷細(xì)菌生產(chǎn)的異戊二烯具有與來自原油 或可再生的碳源的異戊二烯相比更大負(fù)值的S 13C分布，介于約-30%。至約-50%。的范圍內(nèi)。 在某些實(shí)施方案中，異戊二烯組合物具有小于約-30%。、-40%。或-50%。的S13C分布。在某 些實(shí)施方案中，異戊二烯組合物具有約-30%。至約-40%?；蚣s-40%。至約-50%。的S 13C分 布。
[0135] 在某些實(shí)施方案中，異戊二烯組合物具有小于約-30%。、-40%?；?50%。的S 13C分 布。在某些實(shí)施方案中，異戊二烯組合物具有約-30%。至約-40%。，或約-40%。至約-50%。的 S 13C分布。在其它實(shí)施方案中，異戊二烯組合物具有小于-30%。、小于-31%。、小于-32%。、 小于 -33 %。、小于-34 %。、小于-35 %。、小于-36 %。、小于-37 %。、小于-38 %。、小于-39 %。、小 于-40%。、小于-41%。、小于-42%。、小于-43%。、小于-44%。、小于-45%。、小于-46%。、小 于 -47 %。、小于-48 %。、小于-49 %。、小于-50 %。、小于-51 %。、小于-52 %。、小于-53 %。、小 于-54 %。、小于-55 %。、小于-56 %。、小于-57 %。、小于-58 %。、小于-59 %。、小于-60 %。、小 于1 %。、小于-62 %。、小于-63 %。、小于-64 %。、小于-65 %。、小于-66 %。、小于-67 %。、小 于-68%。、小于-69%?；蛐∮?70%。的5 13C分布。
[0136] 測量異戊二燔產(chǎn)量
[0137] 利用本領(lǐng)域中已知的方法可以測量異戊二烯產(chǎn)量。例如，來自發(fā)酵器氣體的廢氣 的樣品可以通過配有火焰離子化檢測器和為檢測短鏈烴而選擇的柱的氣相色譜進(jìn)行分析 (Lindberg等，2010，Metabolic Eng. 12:70-79)。生產(chǎn)的異戊二稀的量可以通過與純的異戊 二烯標(biāo)準(zhǔn)比較進(jìn)行估計。Silver 等，J. Biol. Chem. 270:13010, 1995,美國專利 5, 849, 970 以及其中引用的文獻(xiàn)描述了利用配有氧化汞氣體檢測器的氣相色譜測量異戊二烯產(chǎn)量的 方法，該方法在此通過引用整體并入。
[0138] 異戊二燔的回收和純化
[0139] 在某些實(shí)施方案中，本文所述的方法中的任一種方法還可以包括回收或純化由宿 主嗜甲烷細(xì)菌生產(chǎn)的異戊二烯。雖然以下描述的示例性回收和純化方法是指異戊二烯，但 是它們也可以應(yīng)用于類異戊二烯或源于異戊二烯的其它化合物。
[0140] 利用本公開中提供的組合物和方法生產(chǎn)的異戊二烯可以通過使氣流（例如，氮 氣、空氣）起泡經(jīng)過生產(chǎn)異戊二烯的嗜甲烷菌的培養(yǎng)物從發(fā)酵系統(tǒng)進(jìn)行回收。改變發(fā)酵 培養(yǎng)基的氣體鼓泡速率以使異戊二烯在發(fā)酵廢氣中的濃度增加的方法是本領(lǐng)域中已知 的。利用本領(lǐng)域中已知的技術(shù)，諸如氣提（gas stripping)、蒸