Snp標(biāo)記及其應(yīng)用
【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001] 本發(fā)明涉及SNP標(biāo)記及其應(yīng)用。具體地，本發(fā)明涉及一組山羊角型性狀相關(guān)的SNP 標(biāo)記，用于檢測(cè)前述一組SNP標(biāo)記的引物對(duì)和試劑盒，前述一組SNP標(biāo)記、一組引物對(duì)、試劑 盒在山羊選育中的用途，以及檢測(cè)山羊角型性狀的方法。
【背景技術(shù)】
[0002] 山羊是最早馴化的家畜之一，它為人類提供了豐富的畜產(chǎn)品。山羊能夠在生態(tài)條 件較差的環(huán)境中生存，在世界范圍內(nèi)有著廣泛的分布，對(duì)世界農(nóng)村和牧區(qū)的發(fā)展做出了重 要貢獻(xiàn)。在山羊養(yǎng)殖過(guò)程中，許多養(yǎng)殖者往往更偏好飼養(yǎng)無(wú)角羊，因?yàn)?，山羊鋒利的角可能 會(huì)對(duì)飼養(yǎng)員造成傷害，并且有角山羊之間的打斗會(huì)造成畜體受傷，從而影響經(jīng)濟(jì)價(jià)值，同時(shí) 也有一些養(yǎng)殖者更偏好飼養(yǎng)有角羊，因?yàn)檠蚪强梢杂脕?lái)制作精美的工藝品，一些還具有特 殊的藥用價(jià)值。但角型是復(fù)雜的數(shù)量性狀，涉及多個(gè)基因、位點(diǎn)以及位點(diǎn)間的相互作用，極 易受到環(huán)境的影響。傳統(tǒng)的選擇手段難以取得有效進(jìn)展。分子標(biāo)記輔助選擇，可以通過(guò)影 響選擇時(shí)間、選擇強(qiáng)度以及準(zhǔn)確性而極大地提高這類性狀的選擇效果。
[0003] 目前應(yīng)用較廣泛的分子遺傳標(biāo)記技術(shù)有：限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)分析技術(shù) (RestrictionFragmentLengthPolymorphism，RFLP)、隨機(jī)引物擴(kuò)增多態(tài)性DNA技術(shù) (RandomAmplifiedPolymorphismDNA，RAPD)、擴(kuò)增片段長(zhǎng)度多態(tài)性分析技術(shù)（Amplified FragmentLengthPolymorphism，AFLP)、單核苷酸多態(tài)性標(biāo)記（singlenucleotide polymorphism,SNP)等。其中，SNP標(biāo)記具有遺傳穩(wěn)定、突變率低、便于自動(dòng)化檢測(cè)等優(yōu)點(diǎn)， 因此開(kāi)發(fā)與山羊角型相關(guān)的SNP遺傳標(biāo)記將對(duì)培育符合養(yǎng)殖需求的有角或無(wú)角山羊新品 種（系）產(chǎn)生重大影響。但是，目前可用于山羊角型選擇的分子標(biāo)記報(bào)道的不多，因此，開(kāi) 發(fā)與角型相關(guān)的分子標(biāo)記，對(duì)于提高山羊角型選擇效率，培育所需角型山羊具有非常重要 的意義。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0004] 本發(fā)明旨在至少解決現(xiàn)有技術(shù)中存在的技術(shù)問(wèn)題之一。為此，本發(fā)明的一個(gè)目的 在于提出一組與山羊角型性狀相關(guān)，能夠有效用于山羊選育的SNP標(biāo)記。
[0005] 其中，需要說(shuō)明的是，SNP(singlenucleotidepolymorphism，SNP，即單核苷酸多 態(tài)性）是1996年由美國(guó)麻省理工學(xué)院的人類基因組研究中心學(xué)者Lander提出的一類分子 遺傳標(biāo)記，主要是指基因組水平上由單個(gè)核苷酸的變異所引起的DNA序列多態(tài)性。SNP表現(xiàn) 出的多態(tài)性僅涉及到單個(gè)堿基的變異，表現(xiàn)是有轉(zhuǎn)換、顛換、插入和缺失等。
[0006] 根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，本發(fā)明提供了一組山羊角型性狀相關(guān)的SNP標(biāo)記。根 據(jù)本發(fā)明的實(shí)施例，該組SNP標(biāo)記包含：第一SNP標(biāo)記，所述第一SNP標(biāo)記為山羊1號(hào)染 色體148054417位置的堿基T或G;第二SNP標(biāo)記，所述第二SNP標(biāo)記為山羊1號(hào)染色 體148417531位置的堿基T或C;第三SNP標(biāo)記，所述第三SNP標(biāo)記為山羊1號(hào)染色體 148431198位置的堿基T或C。
[0007] 根據(jù)本發(fā)明的實(shí)施例，所述第一SNP標(biāo)記位于SEQIDNO:1所示核苷酸序列的方 框標(biāo)記處：
[0008] GATACAAGCGGGAGGGGAGCTTGCTCTGTGCGCCTCAAGGAGGAGGCAGCGCTGTGGAAGGGGGCAGAT TTGAGCCCAGACACCTTGCTCTTTGCTGCCACGGAGGTGGCTTCCTGCCGTCAGTTTTACCGACCAGGGAAAGCCTA TGGTGGCCAGAAGCAGTAGCTCCAGAAGTGGCAGGCCCTCCCACAGCTAAAGGAGCAAAGGGCAGCCTGCTTTGCCA CCTGGAGTGGAGAATTGAGAGAAGAGAAAAATAACTTAGAATCTAGAAGCAAATGTCCCGGGAAAGAAGCTTTATTT GCTAAATGTGACTTTGTTAAGATGAAAGGAGAAAAGCGAGCACATACTCATTCCTGGTGAAAGACAAAACAAGATAA GGGAGCCTGGGGGGCGTCCCTGGTGGCCCAGTGGTTGAGATTTCATCCTTCCAATGCAGGGGGCCTGGGTTCGATCC CTGATTGGGGAACTAAGATCCTACATGCCCTGCAGCATGGCCAAAAgiGACGTTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTTTAA AGTGGGGGAGGCTGAGAATCTGCCCTCCCTGCAAAATGCTGGTTGAGTCAACGCAGGCAGTGATGTGGGCAATTTTG CTCACAATGCAGCTGAGTGCACACAGAGGTTCCCACCGTATCCCCAAGGCTTTTCAGCCAAAAACATTTCTGCTCTT CTCATAAACAAGGTCAGAGCTTGTGAGGAGCCTGTGTGCTTGAGTTCCCTTCAGCTGGTACTGTGAATCGACTGGTG CTGCTGCTGCTGCTGCTGAG(SEQIDΝ0：1)〇
[0009] 所述第二SNP標(biāo)記位于SEQIDNO:2所示核苷酸序列的方框標(biāo)記處：
[0010] GGAGACAGTGGAGGATAGAGAAGCCTGGTGTGCTGAAGTCCATGGGGTTGCAGAGTCAGACACAACTCA GCAACTAAACAACGGCGACGTGGATGGTGCTGTCATCCTCCAAACCAGACCAGCTAAGAAGCAACAGCCCCAAAGCC CAGGAGGTGGCAGCTCTATCACCTTCCCCACTGTCTCTTCCCTTCACAAACACCCTCAACTGTCTTTGCAGTCACTT AGTGTCTGTTCTTCCTGCCATTTGAGAGGGTTTATGGATTTTTTAAAAGCTCTTCTAATTCACTTTTGTGTTTCCAA TGAGCATTTCTCAAATATTTAGTCGTTGATGAATGACCTGATGCTTCAATATCCCTGTAGGAGCCTTTTATTTTCTC CTTTACTTGCCCTTGAACCCTTGCAAAACTTGGATTTGTGTTGTCTAAAAAGCCTTTCTCGACTACATACTTCTTGC AGTAATTTCCTTGGGTAATGTATATGTTTATGACTTTGGATTTCAA@GACCCAGTGTTCTTTTATTATTGGGTATCT TGAAAACTGAAACGATCCCTTCTTCATCCCTGTTTTGAAAACACCAATGCTTACTACACAGGAACAAATATTTGATT TGAGTTGCTTTAGATAACACTGCATCAAGTACGGACTGGCACACGGGGCCAAAAGGAAGATAAGCGTTGTGTAATTA GGGAGGCACTGCGGTCAAATGGTTAAGAGGAACCACAGCACG(SEQIDNO：2)〇
[0011] 所述第三SNP標(biāo)記位于SEQIDNO:3所示核苷酸序列的方框標(biāo)記處：
[0012] TTGACACTGTTGGCAACTCATAAGGTGACGGCAAGGATCTGCGAAGCTCAGCCAGACAGCTGCTCTGCC AGCAGCTGAGCCCCGGTGACCTCTCCCTGTGGGCAGGGCAGACACTCGGGACGTGGGGCTGCAGACCGAGCAGCCGC CTCAGCACTCTGCAACGGCGCCTGCATCAGCTCTGCTGCTTCCTCAATCTGCCCGCTATCCAAATTGCTCGTTGTTGT TGCTCAGCTGTGTCCAGCTCTTTGTGACCCCATGGACTGCAGCCCACCAGGCTCT^JCTGTCCACGGACTTCTCCAGG CAAGAACGCTGGAGTGGGTTGCTGCTCCCTTCTCCAGGGCATCTTCCCAACCCAGGGATCAAAGCCGGGTGTCCCTC GTTGCAGGCAAATTCTCTACTGTCTGAGCCACCAGGGAAGCCCGTAGTGTGTATATATGTATTATATATATATGTCA ATCTCGAGCTCCCAATCCATCCCCTACCCGCCTCTTCTTGGTTTT0TTTTTAAATTATTATTCCTGAGAAGAGAACA AAATGAATGTAGACAGCAATATTCCTTTGGAGCCCATGATATTCTAGGAGGAGTCAGCACTGGGCCTTTCTCTCCCC CAGGCCTGGCCATGTGCATGTGAAAGCTGATCAAGCTGCCTGCACAGAGGGCTCAGTGGGTACCCCTCCCACCAGCC CCCAAACAGCTCACCGCCCCTCGGGCTGGGGACCAT(SEQIDNO：3)〇
[0013] 根據(jù)本發(fā)明的實(shí)施例，當(dāng)所述第一SNP標(biāo)記基因型為T(mén)T時(shí)，山羊表現(xiàn)為有角的概 率為96. 20% ;當(dāng)所述第二SNP標(biāo)記基因型為CC時(shí)，山羊表現(xiàn)為有角的概率為96. 79% ;當(dāng) 所述第三SNP標(biāo)記基因型為ΤΤ時(shí)，山羊表現(xiàn)為有角的概率為96. 25% ;當(dāng)所述第一SNP標(biāo) 記基因型為T(mén)T，所述第二SNP標(biāo)記基因型為CC，且所述第三SNP標(biāo)記基因型為T(mén)T時(shí)，山羊 表現(xiàn)為有角的概率為96. 68%。
[0014] 由此，發(fā)明人確定，本發(fā)明的一組SNP標(biāo)記與山羊的角型性狀緊密相關(guān)，能夠有效 用于山羊的分子標(biāo)記輔助育種。進(jìn)而能夠根據(jù)實(shí)際育種需求對(duì)山羊育種材料進(jìn)行早期選 擇，進(jìn)一步能夠有效提1?育種的效率和準(zhǔn)確性，提1?山羊繁殖群體的遺傳水平，從而能夠準(zhǔn) 確、高效地選育出所需山羊品種。此外，根據(jù)本發(fā)明的一些實(shí)施例，利用本發(fā)明的一組SNP 標(biāo)記進(jìn)行山羊分子標(biāo)記輔助育種，具有早期篩選、節(jié)省時(shí)間、成本低廉、準(zhǔn)確性高的優(yōu)點(diǎn)。
[0015] 根據(jù)本發(fā)明的另一方面，本發(fā)明還提供了一種用于檢測(cè)前面所述的本發(fā)明的一組 SNP標(biāo)記的引物對(duì)。根據(jù)本發(fā)明的實(shí)施例，所述一組引物對(duì)包含：第一引物對(duì)，所述第一引 物對(duì)具有SEQIDNO:4-5所示的核苷酸序列，用于檢測(cè)所述第一SNP標(biāo)記；第二引物對(duì)，所 述第二引物對(duì)具有SEQIDNO:6-7所示的核苷酸序列，用于檢測(cè)所述第二SNP標(biāo)記；以及第 三引物對(duì)，所述第三引物對(duì)具有SEQIDNO: