1.一種測(cè)量生物樣品中BRAF酪氨酸激酶受體蛋白質(zhì)(BRAF)水平的方法，包括使用質(zhì)譜檢測(cè)和/或定量來(lái)自所述生物樣品的蛋白質(zhì)消化物中一種或多種修飾的或未修飾的BRAF片段肽的含量；和計(jì)算所述樣品中修飾的或未修飾的BRAF蛋白質(zhì)的水平；且
其中所述水平是相對(duì)水平或絕對(duì)水平。
2.權(quán)利要求1所述的方法，其進(jìn)一步包括在檢測(cè)和/或定量一種或多種修飾的或未修飾的BRAF片段肽之前對(duì)所述蛋白質(zhì)消化物進(jìn)行分級(jí)的步驟。
3.權(quán)利要求2所述的方法，其中所述分級(jí)的步驟選自凝膠電泳、液相色譜、毛細(xì)管電泳、納米反相液相色譜、高效液相色譜或反相高效液相色譜。
4.權(quán)利要求1-3中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述生物樣品的所述蛋白質(zhì)消化物通過(guò)Liquid Tissue方案制備。
5.權(quán)利要求1-3中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述蛋白質(zhì)消化物包括蛋白酶消化物。
6.權(quán)利要求5所述的方法，其中所述蛋白質(zhì)消化物包括胰蛋白酶消化物。
7.權(quán)利要求1-6中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述質(zhì)譜包括串聯(lián)質(zhì)譜、離子阱質(zhì)譜、三重四極質(zhì)譜、MALDI-TOF質(zhì)譜、MALDI質(zhì)譜和/或飛行時(shí)間質(zhì)譜。
8.權(quán)利要求7所述的方法，其中使用的質(zhì)譜模式是選擇反應(yīng)監(jiān)測(cè)(SRM)、多反應(yīng)監(jiān)測(cè)(MRM)和/或多選擇反應(yīng)監(jiān)測(cè)(mSRM)。
9.權(quán)利要求1-8中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述BRAF片段肽包括如SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：3、SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：5、SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：7、SEQ ID NO：8、SEQ ID NO：9、SEQ ID NO：10和SEQ ID NO：11所示的氨基酸序列。
10.權(quán)利要求1-9中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述生物樣品是血液樣品、尿樣品、血清樣品、腹水樣品、疲液樣品、淋巴液、唾液樣品、細(xì)胞或?qū)嶓w組織。
11.權(quán)利要求10所述的方法，其中所述組織是福爾馬林固定的組織。
12.權(quán)利要求10或11所述的方法，其中所述組織是石蠟包埋的組織。
13.權(quán)利要求10所述的方法，其中所述組織獲自腫瘤。
14.權(quán)利要求13所述的方法，其中所述腫瘤是原發(fā)性腫瘤。
15.權(quán)利要求13所述的方法，其中所述腫瘤是繼發(fā)性腫瘤。
16.權(quán)利要求1-15中任一項(xiàng)所述的方法，其進(jìn)一步包括定量修飾的或未修飾的BRAF片段肽。
17.權(quán)利要求16所述的方法，其中定量所述BRAF片段肽包括比較一種生物樣品中如SEQ ID NO：1、SEQ ID NO：2、SEQ ID NO：3、SEQ ID NO：4、SEQ ID NO：5、SEQ ID NO：6、SEQ ID NO：7、SEQ ID NO：8、SEQ ID NO：9、SEQ ID NO：10和SEQ ID NO：11所示的包含BRAF的約8至約45個(gè)氨基酸殘基的氨基酸序列的一種或多種BRAF片段肽的含量與不同且單獨(dú)的生物樣品中相同BRAF片段肽的含量。
18.權(quán)利要求17所述的方法，其中定量一種或多種BRAF片段肽包括通過(guò)與已知含量的添加的內(nèi)標(biāo)肽相比較來(lái)確定生物樣品中各BRAF片段肽的含量，其中所述生物樣品中各BRAF片段肽的含量與具有相同氨基酸序列的內(nèi)標(biāo)肽相比較。
19.權(quán)利要求18所述的方法，其中所述內(nèi)標(biāo)肽是同位素標(biāo)記的肽。
20.權(quán)利要求19所述的方法，其中所述同位素標(biāo)記的內(nèi)標(biāo)肽包含選自18O、17O、34S、15N、13C、2H或其組合的一種或多種重穩(wěn)定同位素。
21.權(quán)利要求1-20中任一項(xiàng)所述的方法，其中檢測(cè)和/或定量所述蛋白質(zhì)消化物中一種或多種修飾的或未修飾的BRAF片段肽的含量表示所述受試者中存在修飾的或未修飾的BRAF蛋白質(zhì)且與癌癥相關(guān)聯(lián)。
22.權(quán)利要求21所述的方法，其進(jìn)一步包括關(guān)聯(lián)所述檢測(cè)和/或定量一種或多種修飾和/或未修飾的BRAF片段肽含量的結(jié)果或所述BRAF蛋白質(zhì)的水平與所述癌癥的診斷階段/等級(jí)/狀況。
23.權(quán)利要求22所述的方法，其中關(guān)聯(lián)所述檢測(cè)和/或定量一種或多種修飾的或未修飾的BRAF片段肽含量的結(jié)果或所述BRAF蛋白質(zhì)的水平與所述癌癥的診斷階段/等級(jí)/狀況與檢測(cè)和/或定量其它蛋白質(zhì)或來(lái)自其它蛋白質(zhì)的肽的含量以多路格式組合，從而提供關(guān)于所述癌癥的診斷階段/等級(jí)/狀況的額外信息。
24.權(quán)利要求1-23中任一項(xiàng)所述的方法，其進(jìn)一步包括針對(duì)所述生物樣品來(lái)源的所述受試者基于一種或多種BRAF片段肽是否存在或其含量或BRAF蛋白質(zhì)的水平來(lái)選擇治療。
25.權(quán)利要求1-24中任一項(xiàng)所述的方法，其進(jìn)一步包括向所述生物樣品來(lái)源的所述患者給予治療有效量的治療劑，其中所述治療劑和/或所述治療劑的給藥量基于一種或多種修飾的或未修飾的BRAF片段肽的含量或BRAF蛋白質(zhì)的水平。
26.權(quán)利要求24和25所述的方法，其中所述治療劑結(jié)合所述BRAF蛋白質(zhì)和/或抑制其生物活性。
27.權(quán)利要求26所述的方法，其中所述治療劑選自維羅非尼、索拉非尼，或特異性靶向表達(dá)BRAF的癌細(xì)胞的其他試劑。
28.權(quán)利要求1-27所述的方法，其中所述生物樣品是福爾馬林固定的腫瘤組織，其經(jīng)處理以使用Liquid Tissue方案和試劑定量一種或多種修飾的或未修飾的BRAF片段肽的含量。
29.權(quán)利要求9所述的方法，其中所述BRAF片段肽具有SEQ ID NO：4所示的氨基酸序列。