流感中的風(fēng)險(xiǎn)分層的制作方法
【專利說(shuō)明】流感中的風(fēng)險(xiǎn)分層 發(fā)明領(lǐng)域
[0001] 本發(fā)明涉及用于鑒定在患有或被懷疑患有流感的患者中的臨床風(fēng)險(xiǎn)的方法。本發(fā) 明還涉及用于區(qū)分患有流感或病毒性肺炎的患者和具有癥狀上類似的狀況的患者的方法。 本發(fā)明的所述方法包括在來(lái)自患有或被懷疑患有流感的患者的生物樣品中確定干擾素α 可誘導(dǎo)蛋白27 (IFI27)的表達(dá)水平。本發(fā)明還提供了包含適合實(shí)施所述方法的組分的試劑 盒。本發(fā)明允許將患者分層為界定臨床風(fēng)險(xiǎn)的組，例如基于所述受試者長(zhǎng)期健康的風(fēng)險(xiǎn)嚴(yán) 重性的組。
[0002] 發(fā)明背景
[0003] 已經(jīng)報(bào)道流感/肺炎在美國(guó)前十位死因中排名第八位。流感病毒感染代表了每年 在全球范圍影響人數(shù)最多的最常見(jiàn)傳染病。流感以季節(jié)性流行的方式在全球范圍內(nèi)快速蔓 延，并造成相當(dāng)大的住院負(fù)擔(dān)。盡管難以進(jìn)行全球性評(píng)估，世界衛(wèi)生組織（WHO)估計(jì)每年的 流行病發(fā)病率在3-5百萬(wàn)危重病例之間，死亡率在每年全球250, 000-500, 000例死亡之間。 在美國(guó)，WHO已經(jīng)估計(jì)流感流行影響5-15%的美國(guó)人口患有上呼吸道感染，住院和死亡主 要是高風(fēng)險(xiǎn)組（如老年人和慢性病患者），并且對(duì)美國(guó)經(jīng)濟(jì)造成每年US$710-1670億的相應(yīng) 成本。在發(fā)達(dá)國(guó)家中，來(lái)自流感的大多數(shù)死亡發(fā)生于超過(guò)65歲的老年人中。感染的流行以 及患者遭受的潛在嚴(yán)重程度，以及相應(yīng)的經(jīng)濟(jì)成本，已經(jīng)使得對(duì)它們的檢測(cè)和治療成為健 康護(hù)理系統(tǒng)的優(yōu)先事項(xiàng)。
[0004] 從臨床角度來(lái)看，不能鑒定患有具有較高風(fēng)險(xiǎn)發(fā)展成嚴(yán)重疾病的流感感染患者， 延遲了適合這類高風(fēng)險(xiǎn)患者的治療的給予，并且對(duì)所述患者的康復(fù)和長(zhǎng)期健康具有深遠(yuǎn)的 影響。在發(fā)展成為嚴(yán)重疾病的患者中，在文獻(xiàn)中已經(jīng)一直報(bào)道5-7天的平均延遲。在具有 發(fā)展成嚴(yán)重疾病風(fēng)險(xiǎn)的患者中避免治療延遲是至關(guān)重要的，因?yàn)榧皶r(shí)給予重癥監(jiān)護(hù)治療與 降低流感死亡的風(fēng)險(xiǎn)有關(guān)。例如，最近有報(bào)道說(shuō)，從癥狀發(fā)作到住院延遲一天增加5. 5%的 (HINl)流感死亡的風(fēng)險(xiǎn)\
[0005] 通常情況下，僅憑臨床背景（例如，流感樣癥狀的歷史）而懷疑流感感染，并且所 述個(gè)體在沒(méi)有任何正式實(shí)驗(yàn)室測(cè)試的情況下用抗病毒藥物進(jìn)行治療。因此，臨床決策并不 是必須與所述個(gè)體是否具有流感病毒有關(guān)，而是所述個(gè)體是否應(yīng)當(dāng)允許住院或安全地返回 家中。在這樣的背景下，針對(duì)流感病毒存在的診斷測(cè)試可能是多余的。相反，臨床醫(yī)生需要 一個(gè)測(cè)試，可以幫助他們量化患者會(huì)如何充分地應(yīng)答流感感染，其最終確定疾病嚴(yán)重程度。 所述疾病嚴(yán)重程度越嚴(yán)重，所感染的受試者越有可能變得惡化，并因此需要住院。
[0006] 目前，也有一些實(shí)驗(yàn)室方法，可以可靠地評(píng)估流感感染的嚴(yán)重程度。評(píng)估流感感染 的嚴(yán)重程度的方法一個(gè)例子涉及測(cè)試氣道樣品中的病毒載量（load)，作為已被認(rèn)為是與疾 病的嚴(yán)重程度有關(guān)的流感病毒復(fù)制的程度。但是，對(duì)于氣道和血清樣品的研宄已經(jīng)顯示，無(wú) 論疾病的嚴(yán)重程度如何，病毒載量是相同的 2'12。這證實(shí)流感感染的嚴(yán)重程度并不必然與表 現(xiàn)為感染結(jié)果的疾病嚴(yán)重程度相關(guān)。
[0007] 因此，由于各種理由，盡管診斷測(cè)試可以確定流感病毒的存在或不存在并因此可 以協(xié)助臨床醫(yī)生，它們可能仍然不足以對(duì)臨床決策產(chǎn)生影響，因?yàn)椴《镜拇嬖诓⒉豢偸堑?同于可能是感染患者中疾病進(jìn)展的真正原因的異常免疫應(yīng)答。
[0008] 為了給患有確認(rèn)的流感感染的個(gè)體或有流感感染癥狀的個(gè)體提供及時(shí)和適當(dāng)?shù)?治療，需要評(píng)估疾病嚴(yán)重程度或由于該感染造成的潛在的疾病嚴(yán)重程度的特異性測(cè)試。這 樣的嚴(yán)重程度分層工具將協(xié)助這樣的患者的管理。它允許臨床醫(yī)生鑒定能夠安全地出院回 家的患者，同時(shí)那些被鑒定患有更加嚴(yán)重的疾病的或者具有發(fā)展成更加嚴(yán)重的疾病的較高 風(fēng)險(xiǎn)的患者被允許住院以進(jìn)一步觀察和治療。它還給醫(yī)生機(jī)會(huì)，采用預(yù)防措施阻止或減緩 在可以僅有輕微的癥狀但有可能發(fā)展成嚴(yán)重疾病的患者中的疾病進(jìn)展。
[0009] 存在對(duì)用于評(píng)估患有或被懷疑患有流感的個(gè)體以協(xié)助提供預(yù)后和診斷信息來(lái)幫 助制定臨床決策的改進(jìn)方法的需要。
[0010] 發(fā)明概述
[0011] 本發(fā)明人已經(jīng)認(rèn)識(shí)到，在患者顯示任何嚴(yán)重疾病的指征之前，能夠區(qū)分可能需要 醫(yī)院或臨床環(huán)境的醫(yī)療介入的流感患者和可能安全地返回家中的流感患者（不管他們已 被確認(rèn)和/或有癥狀）的方法，將大大有助于醫(yī)生制定更好的治療決策。
[0012] 本發(fā)明是基于（至少部分基于）發(fā)明人的所述鑒定，其中受試者中的干擾素α可 誘導(dǎo)蛋白27 (IFI27)基因的表達(dá)水平與該受試者中流感感染所引起的疾病嚴(yán)重程度相關(guān)。 該相關(guān)性可以用于在所述受試者具有流感感染癥狀或具有嚴(yán)重疾病癥狀之前，預(yù)測(cè)受試者 中從感染引起的疾病的嚴(yán)重程度。本發(fā)明涉及用于在流感感染過(guò)程中檢測(cè)所述宿主應(yīng)答的 特定方面的方法，其可以表示患者的不充分的應(yīng)答和發(fā)展成需要醫(yī)院或臨床環(huán)境的醫(yī)療介 入的嚴(yán)重疾病的可能性。在實(shí)施方案中，本發(fā)明的所述方法可以被用于評(píng)估患有流感感染 的患者，以確定哪些個(gè)體具有臨床風(fēng)險(xiǎn)（成為那些很可能發(fā)展成由所述感染引起的嚴(yán)重疾 病的個(gè)體），其特征在于需要醫(yī)療介入（如住院或者甚至生命支持治療）。
[0013] 本發(fā)明應(yīng)用于健康護(hù)理中，如在流感感染的早期管理中，在監(jiān)測(cè)患者對(duì)所述感染 的免疫應(yīng)答中，以及在給處于風(fēng)險(xiǎn)中的個(gè)體（其可能被傳統(tǒng)診斷方法以其它方式錯(cuò)過(guò)）提 供拯救生命的介入中。本發(fā)明人構(gòu)想，在呈現(xiàn)給醫(yī)生手術(shù)或住院的懷疑患有流感感染的患 者中，IFI27基因表達(dá)水平能協(xié)助臨床醫(yī)生預(yù)測(cè)患者是否能夠安全地出院回家或是否需要 住院。在這種情況下，IFI27表達(dá)的正常水平可以表示患者或者沒(méi)有患有流感或者患有流 感但不具有發(fā)展成嚴(yán)重疾病的較高風(fēng)險(xiǎn)，在這種情況下，他們可以出院。但是，IFI27表達(dá) 上調(diào)的水平可以表示患者患有流感感染并且具有發(fā)展成嚴(yán)重疾病的較高風(fēng)險(xiǎn)，在這種情況 下，所述患者可能需要醫(yī)院或臨床環(huán)境的醫(yī)療介入。
[0014] 例如，對(duì)于醫(yī)生的手術(shù)患者可能呈現(xiàn)懷疑患有流感感染，以及相對(duì)輕微的感染癥 狀，其通常導(dǎo)致患者被以最少的藥物治療送回家中。但是，本發(fā)明可以用于確定患者是否具 有臨床風(fēng)險(xiǎn)，在這種情況下，治療醫(yī)師能夠在早期介入，并且在所述感染表現(xiàn)為嚴(yán)重疾病之 前將所述患者收治入院，以進(jìn)行監(jiān)測(cè)和治療。
[0015] 在另一個(gè)例子中，患者可以在醫(yī)院并被確認(rèn)患有流感感染，并可以顯示出與嚴(yán)重 疾病的發(fā)展一致的一些癥狀。通常情況下，這可能會(huì)導(dǎo)致病人被送進(jìn)醫(yī)院治療。然而，本發(fā) 明可用于預(yù)測(cè)患者是否實(shí)際上是可能發(fā)展成作為流感感染結(jié)果的嚴(yán)重疾病，這可以協(xié)助臨 床醫(yī)生適當(dāng)分配工作人員和資源。因此，本發(fā)明可以防止過(guò)度管理所述患者，其中患者被預(yù) 測(cè)為不具有臨床危險(xiǎn)，也不會(huì)發(fā)展成作為所述感染結(jié)果的嚴(yán)重疾病。
[0016] 在又一個(gè)例子中，本發(fā)明人構(gòu)想，在流感流行或大流行時(shí)，當(dāng)難以確定個(gè)體是否感 染流感且臨床資源需要被保留用于臨床風(fēng)險(xiǎn)的患者時(shí)，本發(fā)明可以提供有用的篩選工具。 在這些情況下，本發(fā)明可以被用于篩選可能顯示或可能不顯示任何流感感染跡象的個(gè)體或 個(gè)體的組，以確定他們是否具有發(fā)展成作為流感感染結(jié)果的嚴(yán)重疾病的臨床風(fēng)險(xiǎn)。在篩選 過(guò)程中，IFI27表達(dá)的正常水平可以表示患者或者沒(méi)有患有流感或者確實(shí)患有流感并且不 具有發(fā)展成嚴(yán)重疾病的較高風(fēng)險(xiǎn)，在這種情況下，他們的監(jiān)測(cè)或治療可以降低優(yōu)先級(jí)。但 是，IFI27表達(dá)上調(diào)的水平可以表示患者患有流感感染并且具有發(fā)展成嚴(yán)重疾病的較高風(fēng) 險(xiǎn)，因而具有臨床風(fēng)險(xiǎn)的患者，在這種情況下，所述患者可能被進(jìn)一步監(jiān)測(cè)和治療。
[0017] 類似地，本發(fā)明人構(gòu)想，在由于流感感染住院的患者中，IFI27基因表達(dá)可以協(xié)助 臨床醫(yī)生預(yù)測(cè)患者的免疫應(yīng)答的充分性，以及患者是否會(huì)進(jìn)一步惡化或康復(fù)。在預(yù)測(cè)所述 患者會(huì)進(jìn)一步惡化的情況下，可以給所述患者實(shí)施合適的治療方案（protocol)，如進(jìn)入重 癥監(jiān)護(hù)病房?？蛇x地，所述患者有可能康復(fù)的判定會(huì)允許患者留在標(biāo)準(zhǔn)醫(yī)院病房，而不是可 能占用重癥監(jiān)護(hù)病房中的有用資源。本發(fā)明人構(gòu)想，IFI27基因表達(dá)水平還可以被用于協(xié) 助臨床醫(yī)生不斷監(jiān)測(cè)患者，例如在抗病毒治療或與所述患者狀況的治療相關(guān)的其它護(hù)理之 后。
[0018] 在實(shí)施方案中，本發(fā)明提供基因表達(dá)測(cè)定以測(cè)量被懷疑具有流感感染的個(gè)體中 IFI27的mRNA表達(dá)水平。高水平的IFI27基因表達(dá)表明免疫去補(bǔ)償（decompensating)的 風(fēng)險(xiǎn)顯著增加，因而警告醫(yī)生患者的臨床狀況即將惡化。IFI27基因表達(dá)的測(cè)量通過(guò)精確地 區(qū)分能夠安全地出院回家的個(gè)體和呈現(xiàn)發(fā)展成嚴(yán)重疾病的臨床風(fēng)險(xiǎn)并需要住院的個(gè)體，從 而協(xié)助醫(yī)生制定他們的臨床決策（即，風(fēng)險(xiǎn)分層）。因此，在流感流行和大流行過(guò)程中，本發(fā) 明在患者的初始分診中也具有實(shí)際用途。
[0019] 在一個(gè)方面，本發(fā)明提供用于鑒定在患有或被懷疑患有流感的患者中臨床風(fēng)險(xiǎn)的 方法，所述方法包括確定在來(lái)自所述患者的生物樣品中干擾素α可誘導(dǎo)蛋白27 (IFI27)基 因的表達(dá)水平，以及將所確定的IFI27基因產(chǎn)物的水平與標(biāo)準(zhǔn)水平進(jìn)行比較。
[0020] 在一個(gè)實(shí)施方案中，所述患者患有或被懷疑患有甲型流感或乙型流感感染或其亞 型感染。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述亞型是甲型流感的季節(jié)性毒株。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述 亞型是乙型流感的季節(jié)性毒株。
[0021] 在一個(gè)實(shí)施方案中，IFI27基因產(chǎn)物的標(biāo)準(zhǔn)水平表示沒(méi)有臨床風(fēng)險(xiǎn)，并且在所述患 者樣品中與所述標(biāo)準(zhǔn)水平相比升高的IFI27基因產(chǎn)物的水平表示在所述患者中有臨床風(fēng) 險(xiǎn)。
[0022] 在一個(gè)實(shí)施方案中，所述表示沒(méi)有臨床風(fēng)險(xiǎn)的標(biāo)準(zhǔn)水平是基于健康受試者中的 IFI27的水平。
[0023] 在一個(gè)實(shí)施方案中，所述標(biāo)準(zhǔn)水平是基于感染流感病毒但無(wú)癥狀的受試者中 IFI27的水平，并且在所述患者樣品中與所述標(biāo)準(zhǔn)水平相比升高的IFI27基因產(chǎn)物的水平 表示在所述患者中的臨床風(fēng)險(xiǎn)。
[0024] 在一個(gè)實(shí)施方案中，所述IFI27基因產(chǎn)物的標(biāo)準(zhǔn)水平表示有臨床風(fēng)險(xiǎn)，并且在所 述患者樣品中與所述標(biāo)準(zhǔn)水平相比相等或升高的IFI27基因產(chǎn)物的水平表示在所述患者 中的臨床風(fēng)險(xiǎn)。
[0025] 在一個(gè)實(shí)施方案中，所述標(biāo)準(zhǔn)水平是在確定在來(lái)自所述患者的生物樣品中IFI27 基因的表達(dá)水平的同時(shí)進(jìn)行制備的。
[0026] 在一個(gè)實(shí)施方案中，相比基于健康受試者或感染流感病毒但無(wú)癥狀的受試者的標(biāo) 準(zhǔn)水平，IFI27基因產(chǎn)物水平為至少40-60倍表示有臨床風(fēng)險(xiǎn)。
[0027] 在一個(gè)實(shí)施方案中，相比基于健康受試者或感染流感病毒但無(wú)癥狀的受試者的標(biāo) 準(zhǔn)水平，IFI27基因產(chǎn)物水平為至少60倍表示有臨床風(fēng)險(xiǎn)。
[0028] 在一個(gè)實(shí)施方案中，所述標(biāo)準(zhǔn)水平是通過(guò)將IFI27基因產(chǎn)物的一個(gè)或更多個(gè)已知 樣品經(jīng)受與用于確定在來(lái)自所述患者的生物樣品中的IFI27基因表達(dá)水平的相同方法進(jìn) 行制備的，其中所述IFI27基因產(chǎn)物的一個(gè)或更多個(gè)已知樣品具有表示臨床風(fēng)險(xiǎn)的預(yù)先確 定的量，并且在所述患者樣品中與所述標(biāo)準(zhǔn)水平相比具有相等或升高的IFI27基因產(chǎn)物的 水平表示在所述患者中有臨床風(fēng)險(xiǎn)。
[0029] 在一個(gè)實(shí)施方案中，所述標(biāo)準(zhǔn)水平是通過(guò)將IFI27基因產(chǎn)物的一個(gè)或更多個(gè)已知 樣品經(jīng)受與用于確定在來(lái)自所述患者的生物樣品中的IFI27基因表達(dá)水平的相同方法進(jìn) 行制備的，其中所述IFI27基因產(chǎn)物的一個(gè)或更多個(gè)已知樣品具有表示沒(méi)有臨床風(fēng)險(xiǎn)的預(yù) 先確定的量，并且在所述患者樣品中與所述標(biāo)準(zhǔn)水平相比具有升高的IFI27基因產(chǎn)物的水 平表示在所述患者中有臨床風(fēng)險(xiǎn)。
[0030] 在一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明提供監(jiān)測(cè)患有流感的患者的進(jìn)展的方法，所述方法包 括確定來(lái)自所述患者的第一生物樣品中IFI27基因的表達(dá)水平，以及確定來(lái)自所述患者的 第二生物樣品中IFI27基因的表達(dá)水平，其中所述第一和第二樣品是在不同的時(shí)間從所述 患者獲得的，并且基于在所述第一和第二樣品中IFI27的相對(duì)表達(dá)水平評(píng)估患者的狀態(tài)。 在一個(gè)實(shí)施方案中，與所述第一生物樣品相比在所述第二生物樣品中IFI27基因的表達(dá)水 平升高表示在所述患者中具有增加的臨床風(fēng)險(xiǎn)。在一個(gè)實(shí)施方案中，與所述第一生物樣品 相比在所述第二生物樣品中IFI27基因的表達(dá)水平下降表示在所述患者中具有降低的臨 床風(fēng)險(xiǎn)。
[0031] 在另一個(gè)方面，本發(fā)明提供用于在患者中鑒定流感或病毒性肺炎的方法，所述方 法包括確定在來(lái)自所述患者的生物樣品中干擾素α可誘導(dǎo)蛋白27(IFI27)基因的表達(dá)水 平，以及將所確定的IFI27基因產(chǎn)物的水平與IFI27基因產(chǎn)物標(biāo)準(zhǔn)水平進(jìn)行比較。
[0032] 在一個(gè)實(shí)施方案中，所述IFI27基因產(chǎn)物的標(biāo)準(zhǔn)水平是基于健康受試者中IFI27 的水平，并且在所述患者樣品中與所述標(biāo)準(zhǔn)水平相比升高的IFI27表達(dá)水平表示在所述患 者中患有流感或病毒性肺炎。
[0033] 在一個(gè)實(shí)施方案中，所述患者被懷疑患有病毒性肺炎或細(xì)菌性肺炎。
[0034] 在一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明提供用于鑒定流感或病毒性肺炎的方法，其中所述標(biāo) 準(zhǔn)水平是基于患有細(xì)菌性肺炎的受試者中的IFI27基因產(chǎn)物的水平，并且在所述患者樣品 中與所述標(biāo)準(zhǔn)水平相比升高的IFI27基因產(chǎn)物的水平表示在所述患者中患有流感或病毒 性肺炎。
[0035] 在一個(gè)實(shí)施方案中，相比基于健康受試者或患有細(xì)菌性肺炎的受試者的標(biāo)準(zhǔn)水 平，IFI27基因產(chǎn)物水平為至少10倍表示患有流感或病毒性肺炎。
[0036] 在一個(gè)實(shí)施方案中，相比基于健康受試者或患有細(xì)菌性肺炎的受試者的標(biāo)準(zhǔn)水 平，IFI27基因產(chǎn)物水平為至少40-60倍表示具有流感或病毒性肺炎和臨床風(fēng)險(xiǎn)的患者。
[0037] 在一個(gè)實(shí)施方案中，相比基于健康受試者或患有細(xì)菌性肺炎的受試者的標(biāo)準(zhǔn)水 平，IFI27基因產(chǎn)物的水平為至少60倍表示具有流感或病毒性肺炎和臨床風(fēng)險(xiǎn)的患者。
[0038] 以下實(shí)施方案適用于本文所述的本發(fā)明的所有方面。
[0039] 在一個(gè)實(shí)施方案中，所述方法進(jìn)一步包括確定在所述生物樣品中至少一個(gè)另外的 基因的表達(dá)水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述至少一個(gè)另外的基因是其表達(dá)為組成型的基因。 在一個(gè)實(shí)施方案中，所述至少一個(gè)另外的基因是其表達(dá)不被流感感染影響的基因。在一個(gè) 實(shí)施方案中，所述至少一個(gè)另外的基因是GAPDH基因。
[0040] 在一個(gè)實(shí)施方案中，所述生物樣品是血液或其組分如血細(xì)胞亞群。在一個(gè)實(shí)施方 案中，所述生物樣品包含白細(xì)胞的亞群。
[0041] 在一個(gè)實(shí)施方案中，所述方法包括處理來(lái)自所述患者的血液樣品，以富集漿細(xì)胞 樣樹(shù)突細(xì)胞（PDCs)的存在。
[0042] 在一個(gè)實(shí)施方案中，所述方法包括將所述生物樣品和能夠與IFI27基因產(chǎn)物結(jié)合 的藥劑（agent)接觸，并且檢測(cè)所述藥劑和所述IFI27基因產(chǎn)物之間的結(jié)合。
[0043] 在一個(gè)實(shí)施方案中，所述生物樣品是RNA、mRNA或蛋白質(zhì)。
[0044] 在一個(gè)實(shí)施方案中，所述IFI27基因產(chǎn)物是IFI27 mRNA或其片段。在一個(gè)實(shí)施方 案中，所述IFI27基因產(chǎn)物包含SEQ ID NO :1的核酸序列或其片段或變體。在一個(gè)實(shí)施方 案中，所述IFI27基因產(chǎn)物包含SEQ ID NO :2的核酸序列或其片段或變體。在一個(gè)實(shí)施方 案中，所述IFI27基因產(chǎn)物是同種型（isoform) 1轉(zhuǎn)錄變體。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述IFI27 基因產(chǎn)物是同種型2轉(zhuǎn)錄變體。
[0045] 在一個(gè)實(shí)施方案中，所述IFI27基因產(chǎn)物是IFI27多肽或其片段或變體。在一個(gè) 實(shí)施方案中，所述IFI27基因產(chǎn)物包含SEQ ID NO :3的氨基酸序列或其片段或變體。在一 個(gè)實(shí)施方案中，所述IFI27基因產(chǎn)物包含SEQ ID NO :4的氨基酸序列或其片段或變體。
[0046] 在一個(gè)實(shí)施方案中，所述方法包括mRNA反轉(zhuǎn)錄為cDNA。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述 IFI27 cDNA序列包含SEQ ID N0:5的序列或其片段或變體。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述IFI27 cDNA序列包含SEQ ID NO :6的序列或其片段或變體。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述方法包括擴(kuò) 增所述樣品的IFI27核酸序列（如cDNA序列）和檢測(cè)所擴(kuò)增的序列。在一個(gè)實(shí)施方案中， 所述擴(kuò)增包括聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)（PCR)。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)包括定量聚 合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)（qPCR)。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)利用能夠擴(kuò)增選自以下的 核酸序列的一個(gè)或更多個(gè)引物：（i)SEQ ID N0:1，（ii)SEQ ID N0:2，（iii)SEQ ID N0:5， (iv) SEQ ID NO :6,和（V)或 SEQ ID NO: 1、SEQ ID NO :2、SEQ ID NO :5、SEQ ID NO :6 中任 意一個(gè)的片段或變體。
[0047] 在一個(gè)實(shí)施方案中，所述聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)利用SEQ ID NO : 7 (acctcatcagcagtgaccagt)和 SEQ ID NO :8 (acatcatcttggctgctatgg)的引物序列中的一 個(gè)或兩個(gè)，或其能夠擴(kuò)增相同靶序列的序列變體。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng) 可以利用 SEQ ID N0:9(TGCCTCGGGCAGCCT)和 SEQ ID N0:10(TTGGTCAATCCGGAGAGTCC)的引 物序列中的一個(gè)或兩個(gè)，或其能夠擴(kuò)增相同靶序列的序列變體。
[0048] 在一個(gè)實(shí)施方案中，所述方法包括將所述樣品與能夠特異性結(jié)合IFI27基因產(chǎn)物 或其片段或變體的一個(gè)或更多個(gè)探針接觸。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述一個(gè)或更多個(gè)探針是 包含以下序列的核酸：（i)與SEQ ID NO :1所示的序列互補(bǔ)的序列，或（ii)與SEQ ID NO : 2所示的序列互補(bǔ)的序列，或者（i)或（ii)的片段或變體。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述一個(gè)或 更多個(gè)探針是包含以下序列的核酸：（i)與SEQ ID NO :5所示的序列互補(bǔ)的序列，或（ii) 與SEQ ID NO :6所示的序列互補(bǔ)的序列，或者⑴或（ii)的片段或變體。在一個(gè)實(shí)施方案 中，所述核酸探針包含10-50個(gè)堿基。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述核酸探針包含30-600個(gè)堿 基。
[0049] 在一個(gè)實(shí)施方案中，所述方法包括以下步驟：（i)從患有或被懷疑患有流感感染 的患者獲取血液樣品；（ii)從所述血液樣品制備總RNA分離物；（iii)通過(guò)所述總RNA分 離物的反轉(zhuǎn)錄制備cDNA ; (iv)通過(guò)聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)擴(kuò)增IFI27核酸序列；(V)將所述擴(kuò)增 的IFI27核酸序列的水平與標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行比較；(vi)基于所述比較確定所述患者是否具有臨床 風(fēng)險(xiǎn)。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)是定量聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)。在一個(gè)實(shí)施方案 中，所述標(biāo)準(zhǔn)可以是基于表示有臨床風(fēng)險(xiǎn)的或者表示沒(méi)有臨床風(fēng)險(xiǎn)的IFI基因產(chǎn)物的標(biāo)準(zhǔn) 水平。
[0050] 在一個(gè)實(shí)施方案中，所述方法包括確定IFI27多肽或其片段的水平。在一個(gè)實(shí)施 方案中，所述方法包括確定IFI27多肽的水平，所述IFI27多肽包含：（i)SEQ ID N0:3的氨 基酸序列，或（ii) SEQ ID NO :4的氨基酸序列，或者（i)或（ii)的抗原片段或變體。在一 個(gè)實(shí)施方案中，所述方法包括將所述樣品和能夠與包含SEQ ID NO :3或SEQ ID NO :4所示 的氨基酸序列或其抗原片段或變體的IFI27多肽選擇性地結(jié)合的抗體接觸。
[0051] 在一個(gè)實(shí)施方案中，所述方法包括凝膠電泳、核酸測(cè)序和氨基酸測(cè)序中的一個(gè)或 更多個(gè)。
[0052] 在一個(gè)實(shí)施方案中，所述方法完全在離體（ex vivo)進(jìn)行。在一個(gè)實(shí)施方案中，將 在生物樣品中確定的IFI27基于產(chǎn)物的水平與標(biāo)準(zhǔn)水平進(jìn)行比較是在計(jì)算機(jī)程序的協(xié)助 下完成的。在一個(gè)實(shí)施方案中，基于所述比較給患者分配臨床風(fēng)險(xiǎn)是在計(jì)算機(jī)程序的協(xié)助 下完成的。
[0053] 在第二個(gè)方面，提供用于確定在生物樣品中干擾素 α可誘導(dǎo)蛋白27 (IFI27)基因 產(chǎn)物的水平的試劑盒，所述試劑盒包含用于檢測(cè)IFI27基因產(chǎn)物的存在的至少一種藥劑。
[0054] 在一個(gè)實(shí)施方案中，所述至少一種藥劑是引物、抗體或探針。在一個(gè)實(shí)施方案中， 所述引物或探針對(duì)選自以下的核酸序列具有特異性：SEQ ID NO :1、SEQ ID NO :2、SEQ ID NO :5、SEQ ID NO :6所示的序列，或者其變體或片段。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述試劑盒包含 能夠選擇性擴(kuò)增選自以下的核酸序列的正向和反向引物：SEQ ID NO :1、SEQ ID NO :2、SEQ ID NO :5、SEQ ID NO :6所示的序列，或者其變體或片段。
[0055] 在一個(gè)實(shí)施方案中，所述試劑盒包含選自以下的一種或更多種核酸序列：SEQ ID NO :7(acctcatcagcagtgaccagt)、SEQ ID NO :8(acatcatcttggctgctatgg)、SEQ ID NO : 9 (TGCCTCGGGCAGCCT)和 SEQ ID NO : 10 (TTGGTCAATCCGGAGAGTCC)，或者其能夠特異性結(jié)合相 同靶序列的序列變體。
[0056] 在一個(gè)實(shí)施方案中，所述試劑盒包含能夠檢測(cè)生物樣品中干擾素 α可誘導(dǎo)蛋白 27 (IFI27)基因產(chǎn)物的存在的多種藥劑。
[0057] 在一個(gè)實(shí)施方案中，所述試劑盒包含能夠特異性結(jié)合由IFI27基因序列編碼的多 肽或其片段或變體的抗體。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述抗體對(duì)IFI27具有特異性的綴合抗體。 在一個(gè)實(shí)施方案中，所述抗體是多克隆抗體。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述多克隆抗體是兔多克 隆抗體。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述抗體是單克隆抗體。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述抗體結(jié)合至 該表位序列：MEASALTSSAVTSVAKVVRVASGSAVVLPLARIATVVIGGVVAVPMVLSAMGFTAAGIASSSIAAK MMSAAAIANGGGVASGSLVATLQSLGATGLSGLTKFILGSIGSAIAAVIARFY。
[0058] 在一個(gè)實(shí)施方案中，所述抗體能夠選擇性地結(jié)合至：（i)包含SEQ ID NO :3所示的 氨基酸序列的IFI27多肽，或（ii)包含SEQ ID NO :4所示的氨基酸序列的IFI27多肽，或 者（iii) (i)或（ii)的抗原片段或變體。
[0059] 在一個(gè)實(shí)施方案中，所述試劑盒包含用于所述方法的標(biāo)準(zhǔn)化的一種或更多種藥 劑。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述用于標(biāo)準(zhǔn)化的藥劑選自用于組成型表達(dá)的基因產(chǎn)物的檢測(cè)的 一種或多種藥劑。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述組成型表達(dá)的基因產(chǎn)物是GAPDH。
[0060] 在一個(gè)實(shí)施方案中，所述試劑盒包含一種或更多種校準(zhǔn)標(biāo)準(zhǔn)，其中所述標(biāo)準(zhǔn)包含 已知濃度的IFI27基因產(chǎn)物。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述已知濃度的IFI27基因產(chǎn)物是表示 具有可以忽略不計(jì)的來(lái)自流感感染的嚴(yán)重疾病的臨床風(fēng)險(xiǎn)的個(gè)體的量，或表示處于來(lái)自