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安全的移動(dòng)基因組瀏覽設(shè)備及用于其的方法與流程

文檔序號(hào):12142159閱讀:來(lái)源:國(guó)知局

技術(shù)特征:

1.一種安全的移動(dòng)基因組瀏覽設(shè)備,包括:

處理器;

顯示器;

存儲(chǔ)器,其存儲(chǔ)基因組瀏覽約束條件且包括被配置成存儲(chǔ)私人基因組數(shù)據(jù)的第一安全工作區(qū);

通信接口,其被配置成根據(jù)基因組瀏覽約束條件通過(guò)網(wǎng)絡(luò)與基因組web服務(wù)器確立至少一個(gè)安全通道,所述第一安全工作區(qū)表示所述至少一個(gè)安全通道的端點(diǎn);以及

基因組瀏覽器模塊,其在所述處理器上是能夠執(zhí)行的,與所述第一安全工作區(qū)偶聯(lián)且被配置成:

針對(duì)與至少一個(gè)基因組序列有關(guān)的基因組數(shù)據(jù),經(jīng)由安全通道向所述基因組web服務(wù)器提交查詢(xún);

響應(yīng)于所述查詢(xún),經(jīng)由所述安全通道接收所述基因組數(shù)據(jù),所述基因組數(shù)據(jù)包括與所述至少一個(gè)基因組序列有關(guān)的藥物相互作用信息,其中所述基因組數(shù)據(jù)以所述基因組web服務(wù)器的期望的瀏覽器界面格式被接收;

將所述基因組數(shù)據(jù)存儲(chǔ)在所述第一安全工作區(qū)內(nèi);

構(gòu)建從所述期望的瀏覽器界面格式縮放的且根據(jù)所述基因組瀏覽約束條件的基因組瀏覽器界面定義;

根據(jù)至少一個(gè)基因組序列和所述藥物相互作用信息從所述基因組數(shù)據(jù)識(shí)別出相關(guān)基因組數(shù)據(jù);以及

根據(jù)基因組瀏覽器界面定義將所述相關(guān)基因組數(shù)據(jù)和相關(guān)的藥物相互作用信息再現(xiàn)在所述顯示器上的基因組瀏覽器界面中。

2.如權(quán)利要求1所述的設(shè)備,其中所述至少一個(gè)安全工作區(qū)包括加密的存儲(chǔ)器。

3.如權(quán)利要求1所述的設(shè)備,其中所述至少一個(gè)安全工作區(qū)是虛擬機(jī)存儲(chǔ)器。

4.如權(quán)利要求1所述的設(shè)備,其中所述至少一個(gè)安全工作區(qū)被配置成遵守FIPS 140。

5.如權(quán)利要求1所述的設(shè)備,其中所述存儲(chǔ)器包括第二安全工作區(qū)。

6.如權(quán)利要求5所述的設(shè)備,其中第一工作區(qū)與所述第二工作區(qū)隔離。

7.如權(quán)利要求1所述的設(shè)備,其中所述安全通道包括匿名協(xié)議。

8.如權(quán)利要求1所述的設(shè)備,其中所述安全通道包括VPN。

9.如權(quán)利要求1所述的設(shè)備,其中所述安全通道包括安全協(xié)議。

10.如權(quán)利要求1所述的設(shè)備,其中所述安全通道與由所述基因組web服務(wù)器提供的web服務(wù)偶聯(lián)。

11.如權(quán)利要求1所述的設(shè)備,其中所述基因組數(shù)據(jù)遵守由所述基因組web服務(wù)器提供的演示格式。

12.如權(quán)利要求11所述的設(shè)備,其中所述演示格式根據(jù)下述項(xiàng)中的至少一種定義:HMTL5、Javascript、QML、AJAX、Flash、Silverlight以及腳本語(yǔ)言。

13.如權(quán)利要求1所述的設(shè)備,其中所再現(xiàn)的相關(guān)基因組數(shù)據(jù)包括下述項(xiàng)中的至少一種:突變分析和細(xì)胞遺傳學(xué)分析。

14.如權(quán)利要求1所述的設(shè)備,其中所再現(xiàn)的相關(guān)基因組數(shù)據(jù)包括基因組的至少一部分的基因組分析的圖示。

15.如權(quán)利要求1所述的設(shè)備,其中所述相關(guān)基因組數(shù)據(jù)包括下述項(xiàng)中的至少一種:替換、缺失、插入、基因、癌癥基因、錯(cuò)義、變異、突變、偏離、序列位置、等位基因分?jǐn)?shù)、SNP數(shù)據(jù)、STR數(shù)據(jù)、全基因組、染色體以及基因組的至少一部分的視覺(jué)表示。

16.如權(quán)利要求1所述的設(shè)備,其中所述相關(guān)基因組數(shù)據(jù)包括與下述項(xiàng)中的至少一種有關(guān)的組織數(shù)據(jù):正常組織樣品、腫瘤組織樣品以及參考組織。

17.如權(quán)利要求1所述的設(shè)備,其中所述相關(guān)基因組數(shù)據(jù)包括與所述藥物相互作用信息有關(guān)的體細(xì)胞突變。

18.如權(quán)利要求1所述的設(shè)備,其中所述相關(guān)基因組數(shù)據(jù)包括與所述藥物相互作用信息有關(guān)的拷貝數(shù)的偏離。

19.如權(quán)利要求1所述的設(shè)備,其中所述相關(guān)基因組數(shù)據(jù)包括與所述藥物相互作用信息有關(guān)的成藥基因。

20.如權(quán)利要求19所述的設(shè)備,其中所述相關(guān)基因組數(shù)據(jù)包括所述成藥基因的變異。

21.如權(quán)利要求1所述的設(shè)備,其中所述藥物相互作用信息表示與所述相關(guān)基因組數(shù)據(jù)內(nèi)的序列具有已知的藥物相互作用的多種藥物。

22.如權(quán)利要求1所述的設(shè)備,其中所述藥物相互作用信息包括下述信息項(xiàng)中的至少一種:相互作用類(lèi)型、名稱(chēng)、成本、來(lái)源以及經(jīng)銷(xiāo)商。

23.如權(quán)利要求1所述的設(shè)備,其中所述相關(guān)基因組數(shù)據(jù)包括推薦的基因組數(shù)據(jù)合作者。

24.如權(quán)利要求23所述的設(shè)備,其中所述相關(guān)基因組數(shù)據(jù)包括呈現(xiàn)在至少一個(gè)所述數(shù)據(jù)合作者的第二個(gè)不同的基因組瀏覽設(shè)備上的、同步的基因組數(shù)據(jù)。

25.如權(quán)利要求24所述的設(shè)備,其中再現(xiàn)在所述基因組瀏覽器界面上的、同步的基因組數(shù)據(jù)根據(jù)以下格式再現(xiàn),所述格式不同于基于所述基因組瀏覽器約束條件中的用戶(hù)約束條件被再現(xiàn)在第二個(gè)不同的基因組瀏覽設(shè)備上的格式。

26.如權(quán)利要求25所述的設(shè)備,其中所述用戶(hù)約束條件反映下述類(lèi)型的數(shù)據(jù)合作者中的至少一種:患者、看管者、藥劑師、研究人員、保險(xiǎn)提供商、技術(shù)人員、醫(yī)生以及護(hù)士。

27.如權(quán)利要求1所述的設(shè)備,其中所述通信接口包括無(wú)線(xiàn)接口。

28.如權(quán)利要求27所述的設(shè)備,其中所述無(wú)線(xiàn)接口包括下述項(xiàng)中的至少一種:藍(lán)牙接口、802.11接口、蜂窩網(wǎng)接口、無(wú)線(xiàn)USB接口、WiGIG接口以及WiMAX接口。

29.如權(quán)利要求1所述的設(shè)備,其中所述基因組瀏覽器界面定義包括接口腳本文件。

30.如權(quán)利要求29所述的設(shè)備,其中所述接口腳本文件根據(jù)下述項(xiàng)中的至少一種定義:Javascript和QML。

31.如權(quán)利要求1所述的設(shè)備,其中所述基因組web服務(wù)器包括下述項(xiàng)中的至少一種:BAMBAM服務(wù)器和PARADIGM服務(wù)器。

32.如權(quán)利要求1所述的設(shè)備,其中所述基因組瀏覽器約束條件包括瀏覽設(shè)備約束條件。

33.如權(quán)利要求32所述的設(shè)備,其中所述瀏覽設(shè)備約束條件包括下述項(xiàng)中的至少一種:存儲(chǔ)器約束條件、計(jì)算約束條件、網(wǎng)絡(luò)約束條件以及顯示約束條件。

34.如權(quán)利要求1所述的設(shè)備,其中所述基因組瀏覽器約束條件包括安全約束條件。

35.如權(quán)利要求34所述的設(shè)備,其中所述安全約束條件包括下述項(xiàng)中的至少一種:訪(fǎng)問(wèn)級(jí)別約束條件、私密約束條件、安全強(qiáng)度約束條件以及匿名約束條件。

36.如權(quán)利要求1所述的設(shè)備,還包括組學(xué)分析引擎,所述組學(xué)分析引擎與存儲(chǔ)器偶聯(lián)的且被配置成:根據(jù)安全協(xié)議獲得基因組數(shù)據(jù),通過(guò)將組學(xué)分析規(guī)則集合應(yīng)用于所述基因組數(shù)據(jù)來(lái)產(chǎn)生推薦以及根據(jù)所述推薦經(jīng)由所述基因組瀏覽器界面發(fā)起動(dòng)作。

37.如權(quán)利要求36所述的設(shè)備,其中所述基因組數(shù)據(jù)包括全基因組序列信息、外顯子組序列信息、轉(zhuǎn)錄組序列信息以及蛋白組信息。

38.如權(quán)利要求36所述的設(shè)備,其中所述基因組數(shù)據(jù)為下述格式中的至少一種:BAM、SAM、VCF以及MAF。

39.如權(quán)利要求36所述的設(shè)備,其中所述組學(xué)分析規(guī)則集合包括用藥指導(dǎo)規(guī)則。

40.如權(quán)利要求36所述的設(shè)備,其中所述組學(xué)分析規(guī)則集合包括模擬規(guī)則集合。

41.一種移動(dòng)設(shè)備,包括:

安全的計(jì)算機(jī)可讀存儲(chǔ)器,其被配置成作為組學(xué)數(shù)據(jù)存儲(chǔ)裝置,所述組學(xué)數(shù)據(jù)存儲(chǔ)裝置用于存儲(chǔ)表示組學(xué)數(shù)據(jù)集合的至少一部分的組學(xué)對(duì)象;以及

組學(xué)分析引擎,其偶聯(lián)所述安全的計(jì)算機(jī)可讀存儲(chǔ)器且被配置成:

根據(jù)安全協(xié)議獲得至少一個(gè)組學(xué)對(duì)象;

通過(guò)將組學(xué)分析規(guī)則集合應(yīng)用于所述至少一個(gè)組學(xué)對(duì)象來(lái)產(chǎn)生推薦;以及

根據(jù)所述推薦經(jīng)由界面發(fā)起動(dòng)作。

42.如權(quán)利要求41所述的設(shè)備,其中所述組學(xué)對(duì)象包括下述類(lèi)型的組學(xué)數(shù)據(jù)中的至少一種:基因組學(xué)、蛋白組學(xué)、脂類(lèi)組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、表觀基因組學(xué)以及激酶組學(xué)。

43.如權(quán)利要求41所述的設(shè)備,還包括網(wǎng)絡(luò)接口。

44.如權(quán)利要求43所述的設(shè)備,其中所述網(wǎng)絡(luò)接口被配置成偶聯(lián)下述類(lèi)型的網(wǎng)絡(luò)中的至少一種:內(nèi)部網(wǎng)、互聯(lián)網(wǎng)、私人網(wǎng)絡(luò)、LAN、WAN、VPN、內(nèi)部計(jì)算總線(xiàn)、分布式網(wǎng)絡(luò)、P2P網(wǎng)絡(luò)、無(wú)線(xiàn)網(wǎng)格網(wǎng)絡(luò),ad-hoc網(wǎng)絡(luò)、個(gè)人區(qū)域網(wǎng)絡(luò)、有線(xiàn)網(wǎng)絡(luò)以及無(wú)線(xiàn)網(wǎng)絡(luò)。

45.如權(quán)利要求41所述的設(shè)備,其中所述組學(xué)對(duì)象被加密。

46.如權(quán)利要求41所述的設(shè)備,其中所述計(jì)算機(jī)可讀存儲(chǔ)器遵守安全存儲(chǔ)器標(biāo)準(zhǔn)。

47.如權(quán)利要求41所述的設(shè)備,其中所述組學(xué)對(duì)象根據(jù)下述格式中的至少一種被存儲(chǔ):BAM、SAM、VCF以及MAF。

48.如權(quán)利要求41所述的設(shè)備,其中所述組學(xué)對(duì)象根據(jù)lossy格式被存儲(chǔ)。

49.如權(quán)利要求41所述的設(shè)備,其中所述組學(xué)對(duì)象表示所述組學(xué)數(shù)據(jù)集合的分形表示。

50.如權(quán)利要求41所述的設(shè)備,其中所述組學(xué)分析規(guī)則集合包括用藥指導(dǎo)規(guī)則。

51.如權(quán)利要求41所述的設(shè)備,其中所述組學(xué)分析規(guī)則集合包括樣品血統(tǒng)檢查規(guī)則。

52.如權(quán)利要求41所述的設(shè)備,其中所述組學(xué)分析規(guī)則集合包括疾病測(cè)試規(guī)則。

53.如權(quán)利要求41所述的設(shè)備,其中所述組學(xué)分析規(guī)則集合包括下述規(guī)則中的至少一種:實(shí)時(shí)分析規(guī)則、治療規(guī)則、預(yù)后規(guī)則、疫苗開(kāi)發(fā)規(guī)則、序列檢測(cè)規(guī)則、序列跟蹤規(guī)則、感染跟蹤規(guī)則、循環(huán)腫瘤細(xì)胞檢測(cè)規(guī)則以及通知規(guī)則。

54.如權(quán)利要求41所述的設(shè)備,其中所述組學(xué)分析規(guī)則集合包括模擬規(guī)則集合。

55.如權(quán)利要求41所述的設(shè)備,其中所述組學(xué)分析引擎包括移動(dòng)組學(xué)數(shù)據(jù)瀏覽器。

56.如權(quán)利要求55所述的設(shè)備,其中所述移動(dòng)組學(xué)數(shù)據(jù)瀏覽器包括腫瘤瀏覽器。

57.如權(quán)利要求41所述的設(shè)備,還包括組學(xué)數(shù)據(jù)接口。

58.如權(quán)利要求57所述的設(shè)備,其中所述組學(xué)數(shù)據(jù)接口包括被配置成將下述類(lèi)型的序列數(shù)據(jù)獲取為至少一個(gè)組學(xué)對(duì)象的至少一種接口:納米孔測(cè)序接口、質(zhì)子測(cè)序接口以及電子測(cè)序接口。

59.如權(quán)利要求41所述的設(shè)備,其中所述動(dòng)作包括顯示報(bào)告。

60.如權(quán)利要求41所述的設(shè)備,其中所述動(dòng)作包括產(chǎn)生警報(bào)。

61.如權(quán)利要求41所述的設(shè)備,其中所述動(dòng)作包括發(fā)送通知。

62.如權(quán)利要求41所述的設(shè)備,其中所述動(dòng)作包括發(fā)起事務(wù)。

63.如權(quán)利要求41所述的設(shè)備,其中所述動(dòng)作包括將數(shù)據(jù)提交給電子醫(yī)療記錄。

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