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利用mRNA表達(dá)譜與競爭性內(nèi)源RNA表達(dá)譜聯(lián)合篩選蒽環(huán)類藥物心臟毒性基因的方法與流程

文檔序號:11951438閱讀:來源:國知局

技術(shù)特征:

1.一種利用mRNA表達(dá)譜與競爭性內(nèi)源RNA表達(dá)譜聯(lián)合篩選蒽環(huán)類藥物心臟毒性基因的方法,其特征在于,包括以下步驟:

步驟1、通過mRNA和競爭性內(nèi)源RNA表達(dá)譜芯片檢測到大量基因的表達(dá)值,對所有基因的相關(guān)性進(jìn)行排序,去除在所有樣本中表達(dá)量RPKM均值小于1的低相關(guān)度基因,留下與蒽環(huán)類藥物心臟毒性分類RPKM均值1以上的密切相關(guān)的基因;

步驟2、將獲取的mRNA和競爭性內(nèi)源RNA特征基因進(jìn)行合并,形成基因池;

步驟3、通過遺傳算法,對所述基因池進(jìn)一步選擇基因,消除冗余基因,搜索獲得一個(gè)最優(yōu)特征的最優(yōu)基因集;

步驟4、通過比較乳腺癌患者、乳腺癌AIC患者及正常人mRNA與競爭性內(nèi)源RNA聯(lián)合表達(dá)譜不同,樣本間的數(shù)據(jù)從而選出差異表達(dá)的基因;基于差異表達(dá)基因進(jìn)行分析;

步驟5、對差異表達(dá)基因預(yù)測,挑選score大于140,自由能小于-20的作為可靠的靶基因;再從靶基因中挑選P值小于0.05的,用剩余部分RNA對構(gòu)建的乳腺癌蒽環(huán)類藥物心臟毒性發(fā)病目的靶基因進(jìn)行驗(yàn)證。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的利用mRNA表達(dá)譜與競爭性內(nèi)源RNA表達(dá)譜聯(lián)合篩選蒽環(huán)類藥物心臟毒性基因的方法,其特征在于,步驟1中對所有基因的相關(guān)性進(jìn)行排序的方法具體為采用過濾式特征基因選擇方法:分別去除mRNA和競爭性內(nèi)源RNA表達(dá)譜芯片中1000~2000個(gè)低相關(guān)度基因,留下100~200個(gè)與蒽環(huán)類藥物心臟毒性分類密切相關(guān)的基因,分別在mRNA和競爭性內(nèi)源RNA表達(dá)譜中選取得分最高的10~50個(gè)基因。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的利用mRNA表達(dá)譜與競爭性內(nèi)源RNA表達(dá)譜聯(lián)合篩選蒽環(huán)類藥物心臟毒性基因的方法,其特征在于,步驟3中的所述最優(yōu)基因集具有1~10個(gè)的基因數(shù)量。

4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的利用mRNA表達(dá)譜與競爭性內(nèi)源RNA表達(dá)譜聯(lián)合篩選蒽環(huán)類藥物心臟毒性基因的方法,其特征在于,步驟4中基于差異表達(dá)基因進(jìn)行的分析具體包括:差異基因表達(dá)模式聚類分析,Gene Ontology功能顯著性富集分析,Pathway顯著性富集分析,以及蛋白互作網(wǎng)絡(luò)分析。

5.根據(jù)權(quán)利要求1至4中任意一項(xiàng)所述的利用mRNA表達(dá)譜與競爭性內(nèi)源RNA表達(dá)譜聯(lián)合篩選蒽環(huán)類藥物心臟毒性基因的方法,其特征在于,所述競爭性內(nèi)源RNA為miRNA、lncRNA或者cirRNA。

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