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用于預(yù)測或監(jiān)控c-Met抑制劑效力的生物標(biāo)志物的制作方法_3

文檔序號:8442323閱讀:來源:國知局
離的生物樣品。在步驟i)中,相作用的物質(zhì)可以是選自由以下組成的組的至 少一種:化合物(小分子化學(xué)物質(zhì);包括常用標(biāo)記物比如熒光物、染料等),蛋白(抗體、適 體,等)、核酸(DNA、RNA等),和類似物,都是指與IL-8或IL-8基因相結(jié)合的那些,和例如, 相作用的物質(zhì)可以是化合物(小分子化學(xué)物質(zhì);例如,常用標(biāo)記物比如熒光物、染料等)、抗 體、或適體,其均結(jié)合(例如,特異性結(jié)合)于IL-8,與編碼IL-8的核酸(例如,基因)的部 分或整體結(jié)合的多核苷酸(例如,引物、探針、適體),或其任何組合,和任選地,可與常用標(biāo) 記物諸如熒光物、第二抗體、珠子(例如,磁珠或聚苯乙烯珠)、染料,或其任何組合??蓪⒉?驟i)配置為通過將相作用的物質(zhì)添加到生物樣品而形成復(fù)合物。在步驟ii)中,反應(yīng)混合 物可以是來自選自由IL-8和編碼IL-8的核酸(例如,基因)組成的組的至少一種和相作 用的物質(zhì)之間的相互作用(結(jié)合)的復(fù)合物,其可在步驟i)中獲得。定量分析可包括定量 復(fù)合物、與復(fù)合物綴合的標(biāo)記物、或IL-8或在從生物樣品中分離復(fù)合物之后與復(fù)合物隔離 的編碼IL-8的核酸(例如,基因)。
[0070] 根據(jù)另一實(shí)施方案提供的是用于監(jiān)控(評估或鑒定)c-Met抑制劑的效力或用于 提供關(guān)于c-Met抑制劑的效力的監(jiān)控(評估或鑒定)的信息的方法,包括在生物樣品中測 量選自由IL-8和編碼IL-8的核酸(例如,基因)組成的組的至少一種的水平。在用于監(jiān) 控c-Met抑制劑的效力或用于提供關(guān)于監(jiān)控c-Met抑制劑的效力的信息的方法中,在利用 c-Met抑制劑處理之前和之后可在來自患者的生物樣品中(或在c-Met抑制劑未處理的生 物樣品和c-Met抑制劑處理的生物樣品中)測量選自由IL-8和編碼IL-8的核酸(例如, 基因)組成的組的至少一種的水平,并相互比較所述水平。當(dāng)確定選自由IL-8和編碼IL-8 的核酸(例如,基因)組成的組的至少一種的處理后水平低于預(yù)處理水平時,確定c-Met抑 制劑在生物樣品所來源(獲得)的患者中發(fā)揮其效力,而當(dāng)選自由IL-8和編碼IL-8的核 酸(例如,基因)組成的組的至少一種的處理后水平高于預(yù)處理水平或與之相同時,確定 c-Met抑制劑在該生物樣品的來源(獲得)患者中不發(fā)揮其效力或?qū)-Met抑制劑有抵抗 性。因此,用于監(jiān)控c-Met抑制劑的效力或用于提供關(guān)于監(jiān)控c-Met抑制劑的效力的信息 的方法可進(jìn)一步包括1)將來自c-Met抑制劑處理組的生物樣品中選自由IL-8和編碼IL-8 的核酸(例如,基因)組成的組的至少一種的水平與來自未處理組的生物樣品中的水平相 比較,和/或2)當(dāng)c-Met抑制劑處理組的生物樣品中選自由IL-8和編碼IL-8的核酸(例 如,基因)組成的組的至少一種的水平相較于未處理組降低了,則確定在生物樣品來源的 患者中c-Met抑制劑發(fā)揮其效力(在該情況中,可進(jìn)行確定以維持(持續(xù))對受試者施用 c-Met抑制劑),和/或3)當(dāng)c-Met抑制劑處理組的生物樣品中選自由IL-8和編碼IL-8 的核酸(例如,基因)組成的組的至少一種的水平維持不變或增高,則確定在生物樣品來源 的患者中c-Met抑制劑不發(fā)揮其效力或?qū)-Met抑制劑有抵抗性(在該情況中,可進(jìn)行確 定以停止對受:試者施用c_Met抑制劑)。c_Met抑制劑可以是抗c_Met抗體。
[0071] 如本文所用的,c-Met抑制劑處理組和未處理組分別是指c-Met抑制劑處理之后 和之前的同一份生物樣品,或生物樣品分別經(jīng)c-Met抑制劑處理和未處理(例如,僅用載劑 處理)的同一份等份試樣。除非另外指明,術(shù)語"c-Met抑制劑未處理組(或生物樣品)" 和"利用c-Met抑制劑處理之前的生物樣品"或"預(yù)處理的生物樣品"是彼此相同的,而術(shù)語 "c-Met抑制劑處理組(或生物樣品)"和"利用c-Met抑制劑處理之后的生物樣品"或"處 理后的生物樣品"具有相同的含義。在一個實(shí)施方案中,術(shù)語"c-Met抑制劑處理組(或生 物樣品)"和"利用c-Met抑制劑處理之后的生物樣品"或"處理后的生物樣品"可指在利 用c-Met抑制劑施用于受試者之后從受試者中獲得的生物樣品。
[0072] 通過定量IL-8蛋白和/或編碼IL-8的核酸(例如,基因)(DNA、cDNA或mRNA)可 測量選自由IL-8和編碼IL-8的核酸(例如,基因)組成的組的至少一種的水平。例如,當(dāng) 在c-Met處理的組或利用c-Met抑制劑處理之后的生物樣品中選自由IL-8和編碼IL-8的 核酸(例如,基因)組成的組的至少一種的水平相較于c-Met抑制劑未處理組或預(yù)處理的 生物樣品、c-Met抑制劑處理組或處理后的生物樣品的水平(認(rèn)為是lOOwt% )為約0至 約80wt%、約0至約70wt%、約0至約60wt%、約0至約50wt%、約0至約40wt%、約0至 約30wt%、約0至約20wt%或約0至約10wt%,則確定其相較于c-Met抑制劑未處理的或 預(yù)處理的生物樣品,選自由IL-8和編碼IL-8的核酸(例如,基因)組成的組的至少一種的 水平降低了。當(dāng)c-Met抑制劑處理組或處理后的生物樣品中的IL-8和編碼IL-8的核酸 (例如,基因)的水平為c-Met抑制劑未處理組或預(yù)處理的生物樣品中的水平的約Owt%, 在c-Met處理的組或處理后的生物樣品中未檢測到(不存在)選自由IL-8和編碼IL-8的 核酸(例如,基因)組成的組的至少一種。c-Met抑制劑未處理組(或預(yù)處理)和c-Met抑 制劑處理組(或處理后)中IL-8和/或編碼IL-8的核酸(例如,基因)的水平可通過對 來自相同的患者的相同的樣品進(jìn)行相同的程序來測量。
[0073] 為了監(jiān)控c-Met抑制劑的效力,可在相對短的一段時間內(nèi),例如在施用c-Met抑制 劑之后的一周、5天、3天、2天或1天之時,定量分析IL-8和/或編碼IL-8的核酸(例如, 基因),且比較所述施用之前和之后該標(biāo)志物的水平,就可評估c-Met抑制劑的效力。然后, 可獲得建立更有效治療策略的優(yōu)勢,因為有可能在治療的早期階段評估c-Met抑制劑的效 力。
[0074] 在一個實(shí)施方案中,在生物樣品中對選自由IL-8和編碼IL-8的核酸(例如,基 因)組成的組的至少一種的水平的測量可包括1)在利用c-Met抑制劑處理之前在來自患 者的生物樣品中(或作為來自患者的生物樣品的部分的c-Met抑制劑未處理的生物樣品) 確定選自由IL-8和編碼IL-8的核酸(例如,基因)組成的組的至少一種的水平,和2)在來 自利用c-Met抑制劑處理之后的患者的生物樣品中(或作為來自患者的生物樣品的c-Met 抑制劑處理的生物樣品)確定選自由IL-8和編碼IL-8的核酸(例如,基因)組成的組的 至少一種的水平。步驟1)和2)的每個可包括i)向生物樣品應(yīng)用(添加)與選自由IL-8 和編碼IL-8的核酸(例如,基因)組成的組的至少一種相作用的物質(zhì);和ii)定量分析所 得的反應(yīng)混合物以確定選自由IL-8和編碼IL-8的核酸(例如,基因)組成的組的至少一 種的水平。在一個實(shí)施方案中,在步驟i)之前,還可進(jìn)行制備生物樣品的步驟,其中所述制 備步驟可包括從患者中獲得(分離)生物樣品或獲得已從患者中分離的生物樣品。在步 驟i)中,如以下所進(jìn)一步闡釋的,相作用物質(zhì)可以是選自由以下組成的組的至少一種:化 合物(小分子化學(xué)物質(zhì);例如,常用標(biāo)記物比如熒光物、染料,等)、蛋白(抗體、適體,等)、 核酸(DNA、RNA,等)和類似物,與IL-8或IL-8基因結(jié)合,例如,相作用物質(zhì)可以是選自由 以下組成的組的至少一種:化合物、抗體(例如用于細(xì)胞內(nèi)染色的抗體(人CXCL8/IL-8藻 紅蛋白MAb ;#IC208P ;R&D systems)等)、適體,其均特異性結(jié)合IL-8,和與編碼IL-8的 基因的部分或整體結(jié)合的多核苷酸(例如,引物(例如,用于進(jìn)行IL-8的RT-PCR的引物 套(登錄號:BC013615. 1 ;正向引物:5'-ATG ACT TCC AAG CTG GCC GTG GCT-3',以及反 向引物:5'-TCT CAG CCC TCT TCA AAA ACT TCT-3'),等等)、探針、適體),和任選地,可以 與標(biāo)記物綴合,比如熒光物或染料。步驟i)可配置為通過向生物樣品應(yīng)用(添加)相作 用的物質(zhì)而形成復(fù)合物。在步驟ii)中,反應(yīng)混合物可以是來自選自由IL-8和編碼IL-8 的核酸(例如,基因)組成的組的至少一種和相作用物質(zhì)之間的相互作用(結(jié)合)的復(fù)合 物,所述相作用物質(zhì)可在步驟i)中獲得。定量分析步驟可包括定量復(fù)合物、與復(fù)合物綴合 的標(biāo)志物或在復(fù)合物與生物樣品分離之后與復(fù)合物隔離的IL-8或基因。IL-8的定量分 析可通過任何常規(guī)蛋白定量方式來進(jìn)行,比如免疫層析、免疫組化、免疫組化染色、酶聯(lián)免 疫測定(ELISA;如 Platinum ELISA Human IL-8/NAP-l(#BMS204/3,eBioscience)等)、 放射免疫測定(RIA)、酶免疫測定(EIA)、熒光免疫測定(FIA)、化學(xué)發(fā)光免疫測定(LIA)、 Western印記、微芯片、表面質(zhì)子共振(SPR)、流式突光術(shù)(如細(xì)胞計數(shù)珠陣列(Cytometric Bead Array,CBA)測定(如 IL-8flex set(#558277),人類炎性細(xì)胞因子試劑盒(#551811); BD biosciences)、細(xì)胞內(nèi)染色(比如,用諸如人CXCL8/IL-8藻紅蛋白MAb(#IC208P;R&D systems))等抗體),Luminex測定,等等,且IL-8基因的定量分析可通過任何常規(guī)的基因 (DNA或RNA)定量方法來進(jìn)行,比如PCR (如qPCR,RT-PCT等)、mRNA微陣列,和類似的方法, 但不限于此。
[0075] 監(jiān)控方法可用于確定是否持續(xù)使用c-Met抑制劑,和/或c-Met抑制劑的適宜的 給藥條件(劑量、給藥間隔、給藥次數(shù),等)。例如,當(dāng)c-Met抑制劑處理組中或處理后生物 樣品中選自由IL-8和編碼IL-8的核酸(例如,基因)組成的組的至少一種的水平相較于 c-Met抑制劑未處理組或預(yù)處理的生物樣品降低了,例如,當(dāng)c-Met抑制劑處理組中或處理 后的生物樣品中選自由IL-8和編碼IL-8的核酸(例如,基因)組成的組的至少一種的水平 為c-Met抑制劑未處理組或預(yù)處理生物樣品的水平的約0至約80wt%、約0至約70wt%、 約0至約60wt %、約0至約50wt %、約0至約40wt %、約0至約30wt %、約0至約20wt %或 約〇至約l〇wt%時,可確定持續(xù)使用c-Met抑制劑。此外,當(dāng)c-Met抑制劑處理組中或處理 后生物樣品中選自由IL-8和編碼IL-8的核酸(例如,基因)組成的組的至少一種的水平 相較于c-Met抑制劑未處理組或預(yù)處理的生物樣品降低了,例如,當(dāng)c-Met抑制劑處理組中 或處理后的生物樣品中選自由IL-8和編碼IL-8的核酸(例如,基因)組成的組的至少一 種的水平為c-Met抑制劑未處理組或預(yù)處理生物樣品的水平的約0至約80wt%、約0至約 70wt%、約0至約60wt%、約0至約50wt%、約0至約40wt%、約0至約30wt%、約0至約 20wt%或約0至約10wt%時,可確定c-Met抑制劑的給藥條件是適宜的。給藥條件可以是 選自由劑量、給藥間隔和給藥數(shù)量組成的組的至少一種。
[0076] 另一個實(shí)施方案提供了用于抑制c-Met的方法,包括向受試者施用c-Met抑制劑, 所述受試者在施用c-Met抑制劑之后具有高水平的IL-8和編碼IL-8的核酸(其中所述高 水平如上所限定)和/或顯示了降低的水平的IL-8和/或編碼IL-8的核酸(相較于施用 c-Met抑制劑之前)。該受試者可以是1)通過以上用于選擇適于應(yīng)用c-Met抑制劑的受試 者的方法所選擇或2)通過以上監(jiān)控c-Met抑制劑的效力的方法確定其中c-Met抑制劑對 其表現(xiàn)出效力的受試者。
[0077] 另一實(shí)施方案提供了用于預(yù)防和/或治療癌癥的方法,所述方法包括向受試者施 用c-Met抑制劑,所述受試者在施用c-Met抑制劑之后具有高水平的IL-8或編碼IL-8的核 酸(其中高水平如上所述)和/或顯示了降低的水平的IL-8和/或編碼IL-8的核酸(相 較于施用c-Met抑制劑)。受試者可以是1)通過以上用于選擇適于應(yīng)用c-Met抑制劑的受 試者的方法來選擇或2)通過以上監(jiān)控c-Met抑制劑的效力的方法確定其中c-Met抑制劑 對其發(fā)揮效力的受試者。
[0078] 用于抑制c-Met的方法或用于預(yù)防和/或治療癌癥的方法還可包括在施用步驟之 前選擇可對其應(yīng)用c-Met抑制劑的受試者。選擇的細(xì)節(jié)如上所
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