數(shù)）。例如，當與c-Met未處理組或預(yù)處理生物樣品相比較，c-Met 抑制劑處理組或處理后生物樣品中的選自由bIG-H3、MIF和基因組成的組的至少一種的水 平降低了，例如，當c-Met抑制劑處理組或處理后生物樣品中的選自由bIG-H3、MIF和基因 組成的組的至少一種的水平為c-Met抑制劑未處理組或預(yù)處理生物樣品的水平的約0至約 80wt%、約0至約70wt%、約0至約60wt%、約0至約50wt%、約0至約40wt%、約0至約 30wt%、約0至約20wt%、or about 0至約10wt%時，確定繼續(xù)使用c-Met抑制劑。此外， 與c-Met抑制劑未處理組或預(yù)處理生物樣品相比較，c-Met抑制劑處理組或處理后生物樣 品中的選自由bIG-H3、MIF和基因組成的組的至少一種的水平降低了，例如，當c-Met抑制 劑處理組或處理后的生物樣品中的選自由bIG-H3、MIF和基因組成的組的至少一種的水平 為c-Met抑制劑未處理組或預(yù)處理生物樣品的水平的約0至約80wt%、約0至約70wt%、 約0至約60wt%、約0至約50wt%、約0至約40wt%、約0至約30wt%、約0至約20wt%、 or about 0至約10wt%時，可確定c-Met抑制劑的給藥條件為適宜的。給藥條件可以是選 自下組的至少一種：劑量、給藥間隔和給藥次數(shù)。給藥條件可利用以上描述的技術(shù)來確定。 [0101] 另一實施方案提供了用于抑制c-Met的方法，包括向需要其的受試者施用c-Met 抑制劑。另一實施方案提供了用于預(yù)防和/或治療癌癥的方法，包括向需要其的受試者施 用c-Met抑制劑。在用于抑制c-Met或用于預(yù)防和/或治療癌癥的方法中，受試者可以是在 施用c-Met抑制劑之后顯示降低的水平的bIG-H3、MIF和/或編碼其的核酸的受試者（相 較于施用之前）。例如，受試者可以是1)通過以上的用于選擇適于應(yīng)用c-Met抑制劑的受 試者的方法選擇的，或2)通過監(jiān)控c-Met抑制劑的效力確定其中c-Met抑制劑發(fā)揮其效力 的受試者。
[0102] 在用于抑制c-Met或用于預(yù)防和/或治療癌癥的方法中，c-Met抑制劑的施用可 根據(jù)通過評估方法確定的適宜的給藥條件來進行，比如劑量、給藥間隔和/或給藥次數(shù)。
[0103] IL-8、bIG-H3、MIF和編碼其的核酸（例如，基因）可通過利用與蛋白或基因相互 作用的物質(zhì)進行的任何常用的蛋白或基因測定方法來測量。與任何蛋白或基因相互作用 的物質(zhì)可以是化合物、抗體或適體，其君特異性結(jié)合IL-8、bIG-H3或MIF 8蛋白，或與編 碼IL-8、bIG-H3或MIF 8蛋白的基因的部分或整體結(jié)合的多核苷酸（例如，引物、探針、適 體）。例如，IL-8、bIG-H3或MIF蛋白的水平可通過利用結(jié)合（例如，特異性結(jié)合）IL-8、 bIG-H3或MIF8蛋白的化合物（小分子化學(xué)物質(zhì)；例如，常用標記物諸如熒光物、染料，等）、 抗體和/或適體檢測酶反應(yīng)、熒光、發(fā)光和/或放射活性來測量。具體地，蛋白的水平可 利用選自但不限于以下的分析技術(shù)來確定：免疫層析法、免疫組化（IHC)、免疫組織化學(xué)染 色、酶聯(lián)免疫吸附測定（ELISA)、放射免疫測定（RIA)、酶免疫測定（LIA)、Western印跡、顯 微陣列、表面質(zhì)子共振（SPR)、流式細胞術(shù)測定（例如，Cytometric Bead Array(CBA)測定 (BD biosciences)，細胞內(nèi)染色，等），Luminex測定和類似的分析技術(shù)。此外，編碼IL-8、 bIG-H3或MIF的基因的水平可通過利用可與基因雜交的引物、探針或適體進行典型基因測 定方法來測量，例如，通過聚合酶鏈式反應(yīng)（PCR ;例如，qPCR或RT-PCR)，F(xiàn)ISH (熒光原位雜 交）或微陣列測定。在一個實施方案中，設(shè)計引物以檢測編碼IL-8、bIG-H3或MIF5的基因 (全長DNA、cDNA或mRNA)的連續(xù)的堿基對的片段，例如，約5至2000bp或5至1000bp的片 段，例如，約10至1500bp、約10至1000bp、約10至約500bp、約20至約200bp或約50至約 200bp，且可以是具有核苷酸序列的一對引物，其分別可與大小范圍在從約5至2000bp，約5 至1500bp，約5至500bp，約5至約100bp，例如，約5至約50bp，約5至約30bp或約10至 約25bp的3'端和5'端區(qū)域雜交。可與基因雜交的探針或適體可具有大小為從約5至約 lOObp、從約5至約50bp、從約5至約30bp或從約5至約25bp的核苷酸序列，其可與IL-8、 bIG-H3或MIF編碼基因（全長的DNA、cDNA或mRNA)的片段雜交（或互補）。如本文所用 的，術(shù)語"可雜交"意為以引物、探針或適體和基因區(qū)域之間80%或更高，例如，90%或更高、 95 %或更高、98 %或更高、99 %或更高或100 %的序列互補性與基因的特異性區(qū)域互補性結(jié) 合。
[0104] RAS-RAF途徑是代表性的細胞增殖信號通路，癌細胞利用該途徑進行生長。為此原 因，RAS-RAF途徑是抗癌藥物的主要靶標。因此，RAS-RAF途徑的突變可以是可影響靶向該 途徑的藥物的效力的重要因素。迄今無關(guān)于c-Met和RAS-RAF之間關(guān)系的報道。
[0105] 在本發(fā)明的一個示例性的實施方案中，對c-Met抑制劑的應(yīng)答可根據(jù)RAS和/或 RAF的突變而不同（參見實施例4)。更具體地，當觀察到生物樣品具有RAS和/或RAF突 變時，c-Met抑制劑，例如，抗c-Met抗體不在生物樣品中或生物樣品的來源患者中起作用。
[0106] 換言之，RAS和/或RAF的突變的檢測可有效地用于預(yù)測c-Met抑制劑的效力或 用于選擇可應(yīng)用c-Met抑制劑的受試者?；谠摪l(fā)現(xiàn)，首次表明RAS-RAF為c-Met抑制劑 的預(yù)測性標志物。
[0107] RAS，是GTP酶超家族的成員，可選自下組：KRAS、NRAS和HRAS，其均源自脊椎動 物，包括哺乳動物，比如嚙齒動物，例如，小鼠、大鼠等，和靈長類動物，例如，人，猴等，鳥、爬 行動物、兩棲動物和魚。例如KRAS可選自但不限于下組：人KRAS(NP_004976. 2, NP_2035 24.1，6^.)，小鼠1(狀5(即_067259.4,6化.），斑馬魚1(狀5(即_001003744.1，6比.），青蛙 KRAS(NP_001095209.1)，牛 KRAS(NP_001103471.1)，雞KRAS(NP_001243091.1)，猴KRAS(N P_001248441. 1)，NP_001028153. 1，NP_113703. 1，和 NP_001008034. 1〇KRAS編碼基因（cDNA 或 mRNA)可以選自，但不限于，NM_004985. 4, NM_033360. 3, NM_021284. 6, NM_001003744. 1 ,NM_001101739. 1, NM_001110001. 1, NM_001256162. 1, NM_001261512. 2, NM_001032981. 2, NM_031515. 3,和 NM_001008033. 1。
[0108] 與c-Met抑制劑的預(yù)測相關(guān)聯(lián)的KRAS的突變可以是野生型KRAS(登錄號： NM_004985)的密碼子12GGT (對應(yīng)于氨基酸序列NP_004976的第12位的Gly)和/或密碼 子13GGC(對應(yīng)于氨基酸序列NP_004976的第13位的Gly)上的置換，如以下表1所示。
[0109]表1
[0110] NP_004976的氨基酸修飾的例子
【主權(quán)項】
1. 與選自由IL-8和編碼IL-8的核酸組成的組的至少一種相互作用的物質(zhì)在制備用于 預(yù)測和/或監(jiān)控c-Met抑制劑在受試者中的效力或選擇適于應(yīng)用c-Met抑制劑的受試者的 組合物中的用途。
2. 如權(quán)利要求1所述的用途，特征在于，當獲自受試者的生物樣品中的選自由IL-8和 編碼IL-8的核酸組成的組的至少一種的水平高于其中c-Met抑制劑無效的參照生物樣品 中的水平時，確定c-Met抑制劑在受試者中是有效的或維持其效力，或確定受試者適宜于 應(yīng)用c-Met抑制劑。
3. 與選自由bIG-H3、MIF和編碼這些蛋白的核酸組成的組的至少一種相互作用的物質(zhì) 生物標志物在施用c-Met抑制劑的受試者中監(jiān)控c-Met抑制劑的效力的組合物中的用途。
4. 如權(quán)利要求3所述的用途，特征在于，當獲自施用c-Met抑制劑的受試者的生物樣品 中的選自由bIG-H3、MIF和編碼這些蛋白的核酸組成的組的至少一種的水平低于未進行該 施用的生物樣品中的水平時，確定c-Met抑制劑在受試者中維持其效力。
5. 如權(quán)利要求1-4中任一項所述的用途，其中所述c-Met抑制劑為選自下組的至少一 種：抗c-Met抗體或其抗原結(jié)合片段、克唑替尼（crizotinib)、卡博替尼（cabozantinib)、 弗瑞替尼（foretinib)、PHA-665752、SU11274、SGX-523、PF-04217903、EMD1214063、鉤伐替 尼&〇1￥&衍11讓）、1從^28060、]\?-2461、提萬替尼（^ ￥&11衍11讓）、爪^-8￥冊72、六16458、815 794833、BMS777607、MGCD-265、AMG-208、BMS-754807、JNJ-38877605,其藥學(xué)上可接受的 鹽，及其組合， 其中所述抗c-Met抗體選自由以下組成的組：（1)對包括SEQIDNO: 71中5至19個 連續(xù)氨基酸殘基且包括至少SEQIDN0:73的多肽進行識別或結(jié)合的抗體，（2)奧納圖珠單 抗（onartuzumab)、（3)LY2875358 和（4)瑞羅圖木單抗（rilotumumab)。
6. 權(quán)利要求5所述的用途，其中所述c-Met抑制劑包括含以下的抗c-Met抗體或其抗 原結(jié)合片段： (i) 選自由以下組成的組的至少一種重鏈互補決定區(qū)（⑶R) :(a)⑶R-H1，含SEQID NO:4; (b)CDR-H2,含SEQIDNO:5、SEQIDNO:2、或含SEQIDNO:2 中 8-19 個連續(xù)氨基酸 且包括SEQIDNO: 2的第3位至第10位的氨基酸序列；和（c)CDR-H3,含SEQIDNO:6、SEQ IDNO:85、或含SEQIDNO:85中第6-13個連續(xù)氨基酸且包括SEQIDNO:85的第1位至第 6位的氨基酸序列； (ii) 至少一種選自下組的輕鏈CDR:(a)CDR-Ll，含SEQIDN0:7，（b)CDR-L2,含SEQID NO: 8,和（c)CDR-L3,含SEQIDNO: 9、SEQIDNO: 15、SEQIDNO: 86,或含SEQIDNO: 89 中 9-17個連續(xù)氨基酸且包括SEQIDNO:89的第1位至第9位；或 (iii) 所述至少一種重鏈⑶R和所述至少一種輕鏈⑶R的組合。
7. 如權(quán)利要求1所述的用途，其中與選自由IL-8和編碼IL-8的核酸組成的組的至少 一種相互作用的物質(zhì)包括，與IL-8結(jié)合的化合物、抗體或適體；與編碼IL-8的核酸結(jié)合的 多核苷酸、引物、探針或適體；或其組合。
8. 如權(quán)利要求3所述的用途，其中與選自由bIG-H3、MIF和編碼這些蛋白的核酸組成 的組的至少一種相互作用的物質(zhì)包括，與bIG-H3或MIF結(jié)合的化合物、抗體或適體；與編碼 bIG-H3或MIF的核酸結(jié)合的多核苷酸、引物、探針或適體；或其組合。
【專利摘要】本發(fā)明提供了預(yù)測和/或監(jiān)控c-Met抑制劑效力的生物標志物；預(yù)測和/或監(jiān)控c-Met抑制劑效力的組合物，包括檢測該生物標志物的物質(zhì)；選擇適于應(yīng)用c-Met抑制劑的受試者的組合物，包括檢測該生物標志物的物質(zhì)；用所述生物標志物預(yù)測和/或監(jiān)控c-Met抑制劑效力的方法；用所述生物標志物選擇適于應(yīng)用c-Met抑制劑的受試者的方法；和預(yù)防和/或治療癌癥的方法，包括向所選的受試者施用c-Met抑制劑。KCLRF-BP-0022020091006
【IPC分類】C12Q1-68, G01N33-68
【公開號】CN104762371
【申請?zhí)枴緾N201510008065
【發(fā)明人】鄭收硯, 沈宣希, 宋允姃, 柳賢碩
【申請人】三星電子株式會社
【公開日】2015年7月8日
【申請日】2015年1月7日
【公告號】EP2891884A2, US20150192588