8、6.9、7.0、7.1、7.2、7.33、7.4或7.5、或者其間任意的值。應當理解的是，在運些情 況下的臨界值可W在5.5至7.5之間，運取決于多少年復發(fā)風險被確定出來(年數(shù)越少，允許 的臨界點越高）W及手術者在宣布患者具有低度或高度復發(fā)風險的保守程度（即指數(shù)為低 度復發(fā)風險的復發(fā)百分比）。對于任意特定的年數(shù)和所期望的風險水平，本領域技術人員能 夠確定合適的BCI分數(shù)而無需過度的實驗。
[0109] 類似的，當BCI被標定在1至10的范圍并且多于5年的復發(fā)風險被分類時，中度組可 W加入到高度風險組，使得所述低度風險組和高度(+中度)組之間的臨界值成為中度組遇 到低度風險組的點，即約5,例如4.0、4.1、4.2、4.3、4.4、4.5、4.6、4.7、4.8、4.9、5.1、5.2、 5.3、5.4、5.5、5.6、5.7、5.8、5.9、或 6.0、或者其間的任意值。
[0110] 上文的具體方案顯示，對于乳腺癌診斷和/或手術介入后使用它莫昔芬、祀向療法 或芳香化酶抑制劑進行的先期(初始)治療中的任一種之后具有低度風險的患者，BCI試驗 可W提供沒有進一步系統(tǒng)性治療的選項。例如，初始輔藥療法后具有高度復發(fā)風險的患者 (具有高的冊XBI3/TL17BR的患者)受益于從擴展激素治療轉到芳香化酶抑制劑來曲挫。運 些患者將顯示出高的H:I比或BCI分數(shù)。但是，5年的初始芳香化酶抑制劑、祀向療法或內分 泌療法后具有高復發(fā)風險的患者可能受益于或者可能不受益于擴展輔藥激素治療或實際 上為任意系統(tǒng)性治療。運些患者可能還是用于實驗治療途徑的候選者。但是，本公開內容提 供BCI作為有助于更合適地對那些患者進行分診的方法。
[0111] 在一些實施方式中，所計算的BC巧旨示，在5年或更少的初始療程的過程中，如果使 用芳香化酶抑制劑、祀向療法或內分泌療法如它莫昔芬進行治療，受試者具有低度的遠處 復發(fā)風險，因為所計算的BC巧旨示低度風險或中度風險。所述受試者因此可W使用芳香化酶 抑制劑、祀向療法或內分泌療法進行初始5年療程的治療而具有低度復發(fā)風險。在所述初始 療程之后，并且如果所計算的BCI為中度風險的話，指示是如果不使用芳香化酶抑制劑、祀 向療法或內分泌療法進行另外的5年時間的治療的話，所述受試者具有高度的癌癥復發(fā)風 險。
[0112] 在其他一些實施方式中，所計算的BCI指示，在5年或更短的初始療程過程中，如果 使用芳香化酶抑制劑、祀向療法或內分泌療法如它莫昔芬進行治療，所述受試者具有高度 的遠處復發(fā)風險，因為所計算的BCI具有高度風險或中度風險。所述受試者因此可W使用芳 香化酶抑制劑、祀向療法或內分泌療法進行治療且具有減弱的成功預期。在一些情況中，所 述受試者可W在初始療程期間使用額外的療法例如作為非限定性示例的化學療法或放射 性療法進行進一步的治療。
[0113] 本公開內容包括所述受試者如所預期的那樣受益于在初始的抗芳香化酶、祀向療 法或內分泌療法例如5年W下時間的過程中無復發(fā)存活之后的額外治療的鑒定。
[0114] 因此，所述公開內容包括確定BCI作為初始的抗芳香化酶治療、祀向療法或內分泌 療法如輔藥它莫昔芬治療之后受試者中的癌癥復發(fā)的可能性增加的指示。所述方法因此可 W包括將所述受試者鑒定為可能或者不可能發(fā)生局部或者遠處癌癥復發(fā)。作為非限定性示 例，可W在長達5年或者更長的隨后一段時間的過程中在沒有擴展的初始治療后的治療的 情況下確定復發(fā)的可能性。
[0115] 本發(fā)明還提供用于通過作為計算作為BCI(作為連續(xù)變量)的一部分而進行或者與 計算BCI相關地進行個體風險評價而確定乳腺癌受試者中的癌癥復發(fā)風險。如本文所公開 的那樣，乳腺癌樣品群中的BCI的確定指示BCI是將受乳腺癌困擾的受試者的癌癥復發(fā)風險 相關聯(lián)的連續(xù)變量。因此，復發(fā)風險隨BCI值的增加而呈線性關系地增加。在一些實施方式 中，將作為連續(xù)變量的BCI值的范圍與針對個體乳腺癌樣品確定的BCI值進行比較W將癌癥 復發(fā)風險評價為低度風險、中度風險或高度風險。
[0116] 如本文公開的額外的或者隨后的療程的治療或療法可W在第一線(初始)療法之 后的任意時間進行，例如之后立即進行、在終止第一線療法之后3個月內進行、在終止第一 線療法后6個月內進行、在終止第一線療法后12個月內進行、在終止第一線療法后18個月內 進行、或在終止第一線療法后24個月（或者更長的時間）內進行。
[0117] 鑒定高度或者低度復發(fā)風險的預后能力提供了可能有助于確定治療過程的信息。 例如，當BCI指示，在5年或者更短的初始療程的過程中，如果使用芳香化酶抑制劑、祀向療 法或內分泌療法如它莫昔芬進行治療，受試者(例如患者)具有高度的遠處復發(fā)風險，那么 運種治療將被忌用并且可W開始其他療法例如化學療法。
[0118] 相反，如果BCI指示，在5年或者更短的初始療程的過程中，如果使用芳香化酶抑制 劑、祀向療法或內分泌療法如它莫昔芬進行治療，受試者具有低度的遠處復發(fā)風險，則可W 指示采用芳香化酶抑制劑、祀向療法或內分泌療法進行治療。
[0119] 另外，如果BCI指示，如果在另外的5年時間的過程中不使用芳香化酶抑制劑、祀向 療法或內分泌療法如它莫昔芬進行治療，受試者具有高度的遠處復發(fā)風險，可W指示采用 芳香化酶抑制劑、祀向療法、內分泌療法或另一種輔藥療法進行治療。
[0120] 在其他一些實施方式中，所述受試者被鑒定為經歷過使用芳香化酶抑制劑、祀向 療法或內分泌療法不超過5年療程的治療而沒有癌癥復發(fā)。那么，該受試者根據(jù)所述受試者 的腫瘤的BCI值被分類為在終止治療后具有或者不具有高度的癌癥遠處復發(fā)風險。如果該 受試者具有高度的復發(fā)風險，那么該受試者使用芳香化酶抑制劑、祀向療法或內分泌療法 進行另外的療程。
[0121] 如所知道的那樣，高的冊XB13^L17服指數(shù)不僅具有預后作用，而且還預測輔藥內 分泌療法的益處的作用。參見例如美國專利7,504,214和?巧'專利公報￥0/2012/079059。如 在實施例2中討論的那樣，BCI-C預測反應的能力可能被H0XB13/IL17BR的雙重預后和內分 泌療法預測性能所擊敗。相反，BCI-L只包含MG巧陽0XB13AL17BR的附加功能并且在臨床結 果代表乳腺癌的自然經歷的未治療組的乳腺癌受試者中發(fā)展而來。在實施例2中報道的結 果表明，BCI-L避免了冊XB13/IL17BR的內分泌療法預測性能的任意失敗效果，結果，BCI-L 是冊XB13八L17服和MG I的組合的優(yōu)選的預后版本。
[0122] 在第二方面，所述公開內容提供了鑒定對治療例如在使用芳香化酶抑制劑、祀向 療法或內分泌療法5年W下的初始治療之后采用芳香化酶抑制劑、祀向療法或內分泌療法 進行另外的治療的反應的方法。在一些實施方式中，所述另外的治療在初始療程之后進行5 年或者更長的時間。
[0123] 因此，在又一些實施方式中，本發(fā)明設及確定對受乳腺癌困擾的受試者的擴展治 療的必要性的方法。所述方法包括：
[0124] 確定來自所述受試者的ER+乳腺癌細胞的樣品中的HoxB13、IL17BR、BublB、CENPA、 肥K2、RACGAP1、和RRM2的mRNA表達水平；
[0125] 對所述表達水平進行求和W形成乳腺癌指數(shù)(BCI)值，其中，較低的BCI值與不需 要在使用芳香化酶抑制劑、祀向療法或內分泌療法5年或更短時間之后使用芳香化酶抑制 劑、祀向療法或內分泌療法進行任何進一步的額外治療相關聯(lián)；
[0126] 根據(jù)BCI值將所述樣品分類為指示需要或者不需要額外的治療。
[0127] 可W結合BCI辨別復發(fā)風險和對治療的反應的能力來提供治療選項。
[0128] 因此，本發(fā)明還設及治療受乳腺癌困擾的受試者的方法。所述方法包括：
[0129] 確定來自所述受試者的ER+乳腺癌細胞的樣品中的HoxB13、IL17BR、BublB、CENPA、 肥K2、RACGAP1、和RRM2的mRNA表達水平；W及
[0130] 對所述表達水平進行求和W形成乳腺癌指數(shù)(BCI)值，其中，較低的BCI值與(a)使 用芳香化酶抑制劑、祀向療法或者內分泌療法進行五年W下的初始治療后對使用芳香化 酶、祀向療法或者內分泌療法進行的額外治療的反應和(b)低度的遠處復發(fā)風險相關聯(lián)；W 及
[0131] 根據(jù)針對所述受試者的BCI值測定結果，治療所述受試者。
[0132] 在一些實施方式中，BCI分析指示，在5年或更短的初始療程的過程中，如果使用芳 香化酶抑制劑、祀向療法或內分泌療法進行治療，在受試者中具有高度的遠處復發(fā)風險。運 樣的受試者可W使用化學療法進行治療。
[0133] 在其他一些實施方式中，BCI分析指示，如果使用芳香化酶抑制劑、祀向療法或內 分泌療法進行治療5年或更短的時間，在受試者中具有低度的遠處復發(fā)風險。運樣的受試者 可W使用芳香化酶抑制劑、祀向療法或內分泌療法治療初始的5年療程，然后不必進行擴展 療法。
[0134] 在另外一些實施方式中，BCI分析指示，在另外的5年時間的過程中，如果不使用芳 香化酶抑制劑、祀向療法或內分泌療法進行治療，受試者具有高度的遠處復發(fā)風險。運樣的 受試者可W使用芳香化酶抑制劑、祀向療法或內分泌療法或者另外輔藥療法進行治療。上 述方法中的任意方法都可W用于確定停經前和停經后女性的臨床反應的預后因子或預測 因子。停經后女性可W被限定為大于或者等于50歲的那些女性，而停經前女性可W被限定 為小于50歲的那些女性。在一些方面，那些女性已經經歷過使用抗芳香化酶、祀向療法或內 分泌療法進行的治療并且在那段時間期間還保持沒有癌癥。
[0135] 在又一個實施方式中，所述公開內容通過分析來自單細胞或同源細胞群的全部或 者幾乎全部的基因表達來鑒定基因表達模式，所述單細胞或同源細胞群已經切離自或者分 離自或純化自污染細胞(此外可能采用簡易活檢）。因為大量基因的表達在來自不同患者的 細胞之間W及來自相同患者樣品的細胞之間波動，所W基因表達的水平可能對應于表達在 一個或者多個患者的細胞中相對恒定的一個或者多個"對照"或"歸一化"基因。
[0136] 運種方法的一個有利之處是污染的非癌癥細胞(例如浸潤性淋己細胞或者其他免 疫系統(tǒng)細胞)沒有存在，從而可能影響用于鑒定患者的癌癥復發(fā)和/或存活結果的鑒定基因 或基因表達的隨后分析。存在其中含有很多細胞類型的活檢被用來分析基因表達圖譜的運 種污染。
[0137] 雖然本公開內容主要在人類癌癥例如乳腺癌的背景中進行描述，但是其可W在任 意動物的癌癥的背景中實施。用于應用本公開內容的優(yōu)選動物是哺乳動物，尤其是對農業(yè) 用途具有重要作用的動物(例如但不限于：牛、羊、馬和其他"農畜"）、癌癥的動物模型和用 于人類伴侶的動物(例如但不限于狗和貓）。
[0138] 所述公開內容所提供的方法還可W部分地或者全部進行自動化。
[0。9] 試劑盒
[0140] 本公開內容的方法中使用的材料理想地適合于根據(jù)已知的程序制造試劑盒。因 此，所述公開內容提供了包含用于檢測用于對腫瘤進行分級或者確定腫瘤結果的所公開的 基因的表達的試劑的試劑盒。運些試劑盒可選地包含所述試劑W及鑒定描述或標記或與它 們在本公開內容的方法中使用相關的說明書）。運種試劑盒包含容器，每個容器帶有所述方 法中使用的各種試劑中的一種或者多種(通常為濃縮的形式），包括例如預制微陣列、緩沖 劑、適當?shù)暮饲蒘憐酸(例如dATP、dCTP、dGTP和dTTP;或rATP、rCTP、rGTP和UTP)、逆轉錄酶、 DNA聚合酶、RNA聚合酶、W及本公開內容的一種或者多種引物復合物(例如適當長度的poly (T)或連接至具有與RNA聚合酶反應的活性的啟動子的隨機引物）。一般還包括一套說明書。
[0141] 優(yōu)選的實施方式將在下文實施例中描述。處在本文權利要求書的范圍內的其他實 施方式對于考慮了如本文所公開的本發(fā)明的說明或實施的本領域技術人員而言是清楚的。 說明部分和實施例擬僅僅認為是例示性的，本發(fā)明的范圍和精神由實施例之后的權利要求 書示出。
[0142] 實施例1
[01創(chuàng)研究設計和患者
[0144] 對于前瞻性比較研究，從在2002年啟動的化ansATAC項目獲得組織樣品，從而從來 自ATA村式驗單療法組的患有雌性激素受體陽性乳腺癌的絕經后患者建立福爾馬林固定石 蠟包埋(FFPE)的原發(fā)腫瘤塊(block)的組織庫，W幫助轉錄研究(Pa化等、2004;Dowsett等， 2010)。除了根據(jù)局部測試已知為雌性激素受體和孕酬受體陰性的那些患者和隨機分配到 ATA村式驗的聯(lián)合治療組的那些患者之外，對于已經計算21-基因復發(fā)分數(shù)和I肥4的所有患 者都要求建檔腫瘤塊。該研究得到倫敦東南部研究倫理委員會（South-East London Research Ethics Committee)和馬薩諸塞州綜合醫(yī)院機構復核委員會（Massachusetts General Hospital Insti1:utional Review Board)的批準。患者已經提供了她們的組織將 被用于進一步試驗的書面同意書。
[0145]
[0146] 之前進行的研究中，RNA從來自UK患者(其樣品占總數(shù)量的79 % )的TransATAC組織 庫的FFPE塊中提取，W計算和測試21-基因復發(fā)分數(shù)(Pa化等、2004)。隨后，進行用于雌性激 素受體、孕酬受體、肥R2、ki-67和腫瘤等級評價的免疫組織化學分析，并且使用來自組織被 用于計算所述21-基因復發(fā)分數(shù)的相同患者(可W從她們獲得足夠的額外組織）的組織樣品 計算IHC4和臨床治療分數(shù)(使用腫瘤尺寸和等級、淋己結狀態(tài)、年齡、和治療的經典變量的 預后模型）。
[0147]在運個研究中，使用在之前研究中使用的具有足夠余留RNA的相同匹配的樣品來 進行BCI分析。測試基因，分析引物和探針序列，并且按照之前的報道(美國專利7,930,105 和7,504,214、美國專利公報2011/0136680和2013/0281502、W及PCT專利公報W0/2012/ 079059)執(zhí)行RT-PCR程序W計算H0XB13/IL17BR和MGI。測試了預定的BCI模型。該模型是基 于變量的立體和線性組合的立體(BCT-C)和線性(BCI-L)。
[014引BCI分數(shù)與最終的分數(shù)(0-10)成線性增減。將各組鑒定為低度