+TL1A))3組處理8小時。RNA從細(xì)胞中分離，并用 于對24個基因的FluidigmqPCR(22個生物標(biāo)記基因和2個管家ActB和EEF1A1)。對22個基因 的實時PCR驗證了這些基因為被TL1A激活的標(biāo)記物（圖1)。用于驗證的基因如表1中所列。 [0093] 表1:TL1A特異性生物標(biāo)記簽名

[0095] 實施例2
[0096]為了達(dá)到高效和無脫革E的擴(kuò)增，所有引物使用cyber-green qPCR來優(yōu)化。 [0097]表2:引物和探針的序列
[0099]表 2(續(xù)）


[0108] 方法和材料
[0109] A.RNA測序和分析
[0110] 用Illumina TruSeq RNA文庫制備試劑盒制備樣本，并用Illumina GA IIx來測 序。
[0111] RNA測序數(shù)據(jù)的預(yù)篩選:移除所有失敗的探針數(shù)據(jù)，且移除所有少于3個樣本(一共 12個)的基因，且該樣本具有FPKM>5?？偣?695個基因通過了預(yù)篩選(一共24789)。
[0112] 使用由Richard Simon和BRB-ArrayTools開發(fā)小組開發(fā)的BRB陣列工具分析RNA測 序數(shù)據(jù)。其可以在從國家癌癥研究所癌癥治療和診斷部門生物分支結(jié)構(gòu)（Biometric Research Branch,Division of Cancer Treatment and Diagnosis,National Cancer Institute)的網(wǎng)站上獲得。BRB-Ar ray To o 1 s為用于DNA微陣列基因表達(dá)數(shù)據(jù)的可視化和統(tǒng) 計分析的整合包。其由專業(yè)的統(tǒng)計人員進(jìn)行開發(fā)，統(tǒng)計人員具有分析微陣列數(shù)據(jù)的經(jīng)驗并 且參與過基于微陣列實驗的設(shè)計和分析的改進(jìn)方法的開發(fā)。陣列工具包使用Excel前端?？?學(xué)家熟悉Excel并利用Excel作為前端使系統(tǒng)便捷且不依賴任何數(shù)據(jù)庫。輸入數(shù)據(jù)被假設(shè)為 描述表達(dá)值的Exce 1電子表格和向陣列化的樣本提供用戶指定表型的電子表格的形式。該 分析和可視化工具被合并至Excel作為加載項。該分析和可視化工具本身在強大R統(tǒng)計系 統(tǒng)、C和Fortran編程和Java應(yīng)用中開發(fā)。VBA(Visual Basic for Applications)是整合各 組分并自用戶隱藏分析方法的復(fù)雜性的"膠合劑"該系統(tǒng)合并了多款強大的分析和可視化 工具，其專門針對微陣列數(shù)據(jù)分析而開發(fā)。在一個實施例中，選擇最高20%變異的基因，并 消除失去大于50%值的基因。
[0113] B.實時 PCR
[0114]使用了Fluidigm qPCR技術(shù)。在一個實施例中，根據(jù)引物濃度修改的方案（其中該 引物濃度被調(diào)整到如表3所示的最佳濃度），以48x48形式進(jìn)行PCR。
[0115] C.細(xì)胞分離和培養(yǎng)
[0116] 通過Ficoll-Hypaque梯度分離，PBMC(外周血單核細(xì)胞）從健康志愿者中分離出 來。根據(jù)制造商建議，通過磁珠（干細(xì)胞技術(shù)公司，溫哥華，加拿大）（Stemcell Technologies，Vancouver，BC,Canada)排除使用陰性選擇，分離⑶4+T細(xì)胞，并且所述分離 的細(xì)胞為至少95 %的純度。
[0117] ⑶4+T細(xì)胞在具有10%胎牛血清的RPMI 1640中過夜培養(yǎng)(37°C，5%C02下）。對于激 發(fā)組（IL12+IL18)，在 RNA 分離之前，細(xì)胞用 IL-12(0.5ng/ml)和 IL-18(50ng/ml)在 37°C 下處 理8小時。對于TL1A-刺激組（IL12+IL18+TL1A)，在RNA分離之前，細(xì)胞用IL-12(0.5ng/ml)， IL_18(50ng/ml)和重組TL1A( 100ng/ml) (Fitzgerald，North Acton，ΜΑ)在37°C下處理8小 時。RNA使用RNeasy Plus Mini試劑盒（Qiagen，German town，MD)分離。其它實施例如 Papadakis等（TL1A synergizes with IL_12and IL_18to enhance IFN-gamma production in human T cells and NK cells;J Immunol.2004年6月1日；172(11):7002-7)所述，其如同完整闡述一樣以引用方式并入本文。
[0118] 其它實施例在Papadakis等（TL1A synergizes with IL_12and IL_18to enhance IFN-gamma production in human T cells and NK cells；J Immunol·2004年6月1日；172 (11) :7002-7)中描述，其如同完整闡述一樣以引用方式并入本文。
[0119] 實施例4
[0120] 表4:來自IFN- γ分泌細(xì)胞的最高TL1A響應(yīng)基因
[0122] 實施例5
[0123] 在一個實施例中，20個正常對照(NL)、20個⑶和18個UC樣本靜置過夜，用（IL12+ IL18)或（IL12+IL18/TL1A)激活8小時，并分析48個基因的表達(dá)水平。在另一實施例中，21個 NL、15 個 NL-H、20 個 CD 和 18 個 UC 樣本靜置過夜，用（IL12+IL18)或（IL12+IL18+TL1A)激活 8 小 時，并分析20個基因的表達(dá)水平。結(jié)果如圖7-13和表5所示。
[0124] 表5: IBD相對于NL在表達(dá)水平上的不同（p值）


[0131] 以上所述的各種方法和技術(shù)提供了實現(xiàn)本申請的各種方式。當(dāng)然，應(yīng)該理解按照 本文所述的任何特定的實施方案不一定可以實現(xiàn)全部目的或優(yōu)點。因此，例如，本領(lǐng)域技術(shù) 人員會認(rèn)識到可以按照實現(xiàn)或優(yōu)化如本文所教導(dǎo)的一個或一組優(yōu)點的方式實施本方法，而 不必如這里所教導(dǎo)或建議而實現(xiàn)其它目的或優(yōu)點。本文提及多種替代的選擇?？梢岳斫獾?是，一些優(yōu)選實施方案具體包括一個、另一個或幾個特征，而其它優(yōu)選實施方案具體排除一 個、另一個或幾個特征，而另外其它優(yōu)選實施方案通過包括一個、另一個或幾個優(yōu)點特征來 減少一個特定特征。
[0132] 而且，技術(shù)人員將會認(rèn)識到來自不同實施方案的各種特征的適用性。類似地，上面 討論的各種元素、特征和步驟以及每種這些元素、特征或步驟的已知等同物可由本領(lǐng)域普 通技術(shù)人員以各種組合采用以按照本文所描述的原理實施方法。在各種元素、特征和步驟 中，一些可以明確包括在不同的實施方案內(nèi)而另一些則明確排除在外。
[0133] 盡管本申請已在某些實施方案或?qū)嵤├舷挛闹羞M(jìn)行了公開，但是本領(lǐng)域技術(shù)人 員應(yīng)當(dāng)理解的是，本申請的實施方案可以超出具體公開的實施方案而延伸到其它替代的實 施方案和/或其應(yīng)用以及修改和等同物。
[0134] 在一些實施方案中，在描述本申請的特定實施方案的上下文中使用的術(shù)語"一個 (a)"和"一種(an)"和"所述(the)"以及類似的指代詞(特別是在某些權(quán)利要求的上下文中） 可解釋為涵蓋單數(shù)和復(fù)數(shù)兩者。本文提到的數(shù)值范圍僅欲用作為單獨提到落入該范圍的每 個單獨值的速記方法。除非本文另有所指，每一單獨值合并到說明書中，如同本文單獨地引 用。除非本文另外指出或與上下文明顯矛盾，否則本文所述的所有方法可以以任何適當(dāng)?shù)?順序?qū)嵤?。本文關(guān)于某些實施方案提供的任何和所有實施例的應(yīng)用，或示例性語言（例如， "例如"），僅僅為了更好地闡明本申請并不對本申請的范圍構(gòu)成限定，除非另有要求。本說 明書中任何語言均不應(yīng)解釋為將任何未要求權(quán)利保護(hù)的元素作為實施本申請所述發(fā)明的 必要特征。
[0135] 本文描述了本申請的優(yōu)選實施方案，包括發(fā)明人所熟知的實施本申請的最佳模 式。閱讀上述描述后，對這些優(yōu)選實施方案的變型，對于本領(lǐng)域普通技術(shù)人員而言是顯而易 見的。應(yīng)該考慮到本領(lǐng)域技術(shù)人員可酌情使用這些變型，并且本申請可以用本文具體所述 的方式以外的方式實施。因此，本申請的許多實施方案包括所附權(quán)利要求中所述的主題的 所有修改和等效項，正如適用的法律所允許的。而且，本申請涵蓋上述元素的所有可能變型 的任意組合，除非本文另外指出或與上下文明顯矛盾。
[0136] 本文引用的所有專利、專利申請、專利申請的出版物、和其它材料，如文章、書籍、 說明書、出版物、文獻(xiàn)、事物等整體以該引用方式并入本文以用于所有目的，除了任何與本 文件不一致或沖突的相同、部分相同，或與現(xiàn)在或以后對本文件相關(guān)的最大范圍的權(quán)利要 求有限制作用的部分相同的起訴文件歷史。通過實例的方式，如果任何并入材料和本文在 與之相關(guān)的術(shù)語描述、定義和/或使用中有任何不一致或沖突，以本文中術(shù)語的說明、定義 和/或使用為準(zhǔn)。
[0137] 應(yīng)當(dāng)理解的是，本文所公開的申請的實施方案說明了本申請的實施方案的原理。 其它可使用的修改也在本申請的范圍內(nèi)。于是，通過實例的方式，但不是限制，可根據(jù)本文 所述的教導(dǎo)利用本申請的實施方案的替代配置。因此，本申請的實施方案并不限制為精確 地所示和所述的那些。
[0138] 本發(fā)明的各個實施方案如上述【具體實施方式】所描述。盡管這些描述直接描述了上 述實施方案，但是應(yīng)當(dāng)理解，本領(lǐng)域技術(shù)人員可以構(gòu)思出本文所示出和所述的特定實施方 案的各種修改和/或變型。任何落入本描述的范圍內(nèi)的所述修改或變型往往也包括在其中。 除了特別說明，本發(fā)明人的意圖是，說明書和權(quán)利要求中的詞匯或短語被賦予本應(yīng)用領(lǐng)域 普通技術(shù)人員常用的且慣用的含義。
[0139] 已經(jīng)給出了本申請人在提交本申請時所了解的本發(fā)明的各個實施方案的上述描 述，并且這些描述旨在用于示例和描述的目的。本描述并不意味著是窮舉的，也不是將本發(fā) 明限制到所公開的精確形式，并且根據(jù)上述教導(dǎo)，許多修改和變型是可能的。所述的實施方 案用來解釋本發(fā)明的原理及其實際應(yīng)用，并使得本領(lǐng)域其它技術(shù)人員能在各個實施方案中 利用本發(fā)明，并且不同修改可適用于所考慮到的特定應(yīng)用。因此，意圖本發(fā)明并不限于所公 開的實施本發(fā)明的特定實施方案。
[0140]盡管已經(jīng)顯示和描述了本發(fā)明的特定實施方案，但是對于本領(lǐng)域技術(shù)人員顯而易 見的是，基于本文的教導(dǎo)，在不脫離本發(fā)明和其較大方面的情況下可以做出改變和修改，并 因此，所附權(quán)利要求要在其范圍內(nèi)包含所有這種改變和修改，如在本發(fā)明的真正精神和范 圍內(nèi)。本領(lǐng)域技術(shù)人員應(yīng)當(dāng)理解，通常，本文使用的術(shù)語往往作為"開放式"術(shù)語(例如，術(shù)語 "包括（including)"應(yīng)解釋為"包括但不局限于"，術(shù)語"具有"應(yīng)解釋為"具有至少"，術(shù)語 "包括(include)"應(yīng)解釋為"包括但不限于"等）。
【主權(quán)項】
1. 一種為受試者選擇治療的方法，其包括： 從所述受試者獲得樣本； 測定所述樣本中一個或多個與TL1A信號傳導(dǎo)相關(guān)的生物標(biāo)記的表達(dá)水平； 將所述表達(dá)水平與所述一個或多個與TL1A信號傳導(dǎo)相關(guān)的生物標(biāo)記的表達(dá)水平的參 考值進(jìn)行比較;和 如果相對于所述一個或多個與TL1A信號傳導(dǎo)相關(guān)的生物標(biāo)記的參考值，所述受試者具 有高表達(dá)水平，那么給所述受試者開抗TL1A療法的治療方案，或者，如果相對于所述一個或 多個與TL1A信號傳導(dǎo)相關(guān)的生物標(biāo)記的參考值，所述受試者不具有高表達(dá)水平，那么不給 所述受試者開抗TL1A療法的治療方案。2. 如權(quán)利要求1所述的方法，其還包括在測定所