. 如權(quán)利要求1所述的方法，其進(jìn)一步包含： 確定所述生物樣品中腫瘤DNA的百分比濃度； 基于所述百分比濃度計(jì)算所述第一閾值。
43. 如權(quán)利要求1所述的方法，其進(jìn)一步包含： 確定所述生物樣品中腫瘤DNA的百分比濃度是否超過(guò)最小值；以及 如果所述百分比濃度不超過(guò)所述最小值，那么標(biāo)記所述生物樣品。
44. 如權(quán)利要求43所述的方法，其中所述最小值基于腫瘤甲基化水平相對(duì)于參考甲基 化水平的預(yù)期差異來(lái)確定。
45. 如權(quán)利要求1所述的方法，其進(jìn)一步包含： 測(cè)量所述多個(gè)位點(diǎn)上DNA分子的尺寸；以及 在將所述第一甲基化水平與所述第一閾值比較前，基于所述DNA分子的所述測(cè)量尺寸 將所述第一甲基化水平標(biāo)準(zhǔn)化。
46. 如權(quán)利要求45所述的方法，其中基于所述測(cè)量尺寸將所述第一甲基化水平標(biāo)準(zhǔn)化 包括： 選擇具有第一尺寸的DNA分子； 使用所述選擇的DNA分子計(jì)算所述第一甲基化水平，所述第一閾值對(duì)應(yīng)于所述第一尺 寸。
47. 如權(quán)利要求46所述的方法，其中所述第一尺寸是某一長(zhǎng)度范圍。
48. 如權(quán)利要求46所述的方法，其中基于依賴于尺寸的物理分離來(lái)選擇所述DNA分子。
49. 如權(quán)利要求46所述的方法，其中選擇具有第一尺寸的DNA分子包括： 對(duì)所述多個(gè)DNA分子進(jìn)行雙末端大規(guī)模平行測(cè)序以獲得所述DNA分子每一者的成對(duì)序 列； 通過(guò)將所述成對(duì)序列與參考基因組比較，確定DNA分子的尺寸；以及 選擇具有所述第一尺寸的DNA分子。
50. 如權(quán)利要求45所述的方法，其中基于所述測(cè)量的尺寸將所述第一甲基化水平標(biāo)準(zhǔn) 化包括： 獲得尺寸與甲基化水平之間的函數(shù)關(guān)系；以及 使用所述函數(shù)關(guān)系將所述第一甲基化水平標(biāo)準(zhǔn)化。
51. 如權(quán)利要求50所述的方法，其中所述函數(shù)關(guān)系提供與相應(yīng)尺寸相對(duì)應(yīng)的校正系 數(shù)。
52. 如權(quán)利要求51所述的方法，其進(jìn)一步包含： 計(jì)算與用于計(jì)算所述第一甲基化水平的DNA分子相對(duì)應(yīng)的平均尺寸；以及 將所述第一甲基化水平乘以所述對(duì)應(yīng)校正系數(shù)。
53. 如權(quán)利要求51所述的方法，其進(jìn)一步包含： 對(duì)于所述多個(gè)位點(diǎn)中的每一者： 對(duì)于位于所述位點(diǎn)上的所述DNA分子每一者： 獲得所述位點(diǎn)上所述DNA分子的相應(yīng)尺寸；以及 使用與所述相應(yīng)尺寸相對(duì)應(yīng)的所述校正系數(shù)將所述DNA分子對(duì)在所述位點(diǎn)上甲基化 的DNA分子的所述相應(yīng)數(shù)目的貢獻(xiàn)標(biāo)準(zhǔn)化。
54. 如權(quán)利要求1所述的方法，其中所述多個(gè)位點(diǎn)包括CpG位點(diǎn)，其中所述CpG位點(diǎn)組 織成多個(gè)CpG島，每個(gè)CpG島包括一或多個(gè)CpG位點(diǎn)，其中所述第一甲基化水平對(duì)應(yīng)于第一 CpG島。
55. 如權(quán)利要求54所述的方法，其中參考群體中所述CpG島具有低于第一百分比的平 均甲基化密度，并且其中所述參考群體中所述甲基化密度的變異系數(shù)低于第二百分比。
56. 如權(quán)利要求54所述的方法，其進(jìn)一步包含： 對(duì)于所述CpG島每一者： 通過(guò)將所述CpG島的甲基化水平與相應(yīng)閾值比較，確定所述CpG島是否相對(duì)于其它生 物體的樣品的參考組別具有高甲基化； 對(duì)于所述高甲基化的CpG島每一者： 確定相應(yīng)甲基化密度， 從所述相應(yīng)甲基化密度計(jì)算累積分?jǐn)?shù)；以及 將所述累積分?jǐn)?shù)與累積閾值比較以確定所述第一分類。
57. 如權(quán)利要求56所述的方法，其中從所述相應(yīng)甲基化密度計(jì)算所述累積分?jǐn)?shù)包括： 對(duì)于所述高甲基化的CpG島每一者： 計(jì)算所述相應(yīng)甲基化密度與參考密度之間的相應(yīng)差異；以及 計(jì)算與所述相應(yīng)差異相對(duì)應(yīng)的相應(yīng)概率；以及 使用所述相應(yīng)概率確定所述累積分?jǐn)?shù)。
58. 如權(quán)利要求56所述的方法，其中所述累積分?jǐn)?shù)通過(guò)以下來(lái)確定： 利用所述相應(yīng)概率的對(duì)數(shù)以獲得相應(yīng)對(duì)數(shù)結(jié)果；以及 計(jì)算包括所述相應(yīng)對(duì)數(shù)結(jié)果的總和，所述累積分?jǐn)?shù)是所述總和的負(fù)值。
59. 如權(quán)利要求56所述的方法，其中每個(gè)相應(yīng)差異用與所述參考密度相關(guān)的標(biāo)準(zhǔn)差標(biāo) 準(zhǔn)化。
60. 如權(quán)利要求56所述的方法，其中所述累積閾值對(duì)應(yīng)于來(lái)自所述參考組別的最高累 積分?jǐn)?shù)。
61. 如權(quán)利要求56所述的方法，其中確定所述第一CpG島是否高甲基化包括： 比較所述第一甲基化水平與所述第一閾值和第三閾值， 其中所述第一閾值對(duì)應(yīng)于所述參考群體的甲基化密度的平均值加指定百分比，并且其 中所述第三閾值對(duì)應(yīng)于指定數(shù)目的標(biāo)準(zhǔn)偏差加所述參考群體組別的甲基化密度的平均值。
62. 如權(quán)利要求61所述的方法，其中所述指定百分比是2%。
63. 如權(quán)利要求61所述的方法，其中所述指定數(shù)目的標(biāo)準(zhǔn)偏差是三。
64. 如權(quán)利要求1所述的方法，其進(jìn)一步包含： 對(duì)于所述基因組的第一多個(gè)區(qū)域中的每一者： 確定來(lái)自所述區(qū)域相應(yīng)的DNA分子數(shù)目； 從所述相應(yīng)數(shù)目計(jì)算相應(yīng)標(biāo)準(zhǔn)化值； 將所述相應(yīng)標(biāo)準(zhǔn)化值與參考值比較以確定所述相應(yīng)區(qū)域顯示缺失還是擴(kuò)增； 確定第一組區(qū)域，所述第一組區(qū)域被確定為具有如下所述中的一者：缺失、擴(kuò)增或正常 呈現(xiàn)，其中所述第一甲基化水平對(duì)應(yīng)于所述第一組區(qū)域； 確定第二組區(qū)域，所述第二組區(qū)域被確定為具有如下所述中的另一者：缺失、擴(kuò)增或正 常呈現(xiàn)； 基于所述第二組區(qū)域中位點(diǎn)上甲基化的DNA分子的所述相應(yīng)數(shù)目計(jì)算第二甲基化水 平， 其中將所述第一甲基化水平與所述第一閾值比較包括： 計(jì)算所述第一甲基化水平與所述第二甲基化之間的參數(shù)；以及 將所述參數(shù)與所述第一閾值比較。
65. 如權(quán)利要求64所述的方法，其中所述第一甲基化水平是針對(duì)所述第一組區(qū)域的每 個(gè)區(qū)域計(jì)算的區(qū)域甲基化水平的統(tǒng)計(jì)值，并且其中所述第二甲基化水平是針對(duì)所述第二組 區(qū)域的每個(gè)區(qū)域計(jì)算的區(qū)域甲基化水平的統(tǒng)計(jì)值。
66. 如權(quán)利要求65所述的方法，其中所述統(tǒng)計(jì)值使用Student'st檢驗(yàn)（Student's t-test)、方差分析(ANOVA)檢驗(yàn)或克魯斯卡爾-沃利斯檢驗(yàn)（Kruskal-Wallistest)確定。
67. 如權(quán)利要求64所述的方法，其中所述參數(shù)包括比率或差異。
68. 如權(quán)利要求67所述的方法，其中計(jì)算所述參數(shù)包括將概率分布應(yīng)用于所述比率或 所述差異。
69. -種從生物體的生物樣品確定第一甲基化型態(tài)的方法，所述生物樣品包括包含源 自第一組織和第二組織的游離DNA分子的混合物的游離DNA，所述方法包含： 獲得與所述第二組織的DNA分子相對(duì)應(yīng)的第二甲基化型態(tài)，所述第二甲基化型態(tài)提供 所述生物體的基因組中多個(gè)基因座每一者上的甲基化密度，特定基因座上的所述甲基化密 度與所述第二組織的甲基化的DNA分子的比例相對(duì)應(yīng)； 從所述混合物的所述游離DNA分子確定游離甲基化型態(tài)，所述游離甲基化型態(tài)提供所 述多個(gè)基因座每一者上的甲基化密度； 確定所述混合物中來(lái)自所述第一組織的所述游離DNA分子的百分比；以及 通過(guò)以下來(lái)確定所述第一組織的所述第一甲基化型態(tài)： 對(duì)于所述多個(gè)基因座中的每一者： 計(jì)算差異參數(shù)，所述差異參數(shù)包括所述第二甲基化型態(tài)的所述甲基化密度與所述游離 甲基化型態(tài)的所述甲基化密度之間的差異，所述差異通過(guò)百分比來(lái)衡量。
70. 如權(quán)利要求69所述的方法，其進(jìn)一步包含： 從所述第一甲基化型態(tài)確定第一甲基化水平；以及 將所述第一甲基化水平與第一閾值比較以確定癌癥等級(jí)的分類。
71. 如權(quán)利要求69所述的方法，其進(jìn)一步包含： 變換所述第一甲基化型態(tài)以獲得校正的第一甲基化型態(tài)。
72. 如權(quán)利要求71所述的方法，其中所述變換是線性變換。
73. 如權(quán)利要求69所述的方法，其中基因座的所述差異參數(shù)D被定義為D
其中mbc表示所述基因座上所述第二甲基化型態(tài)的所述甲基化密度，mp 表示所述基因座上所述游離甲基化型態(tài)的所述甲基化密度，f是來(lái)自所述生物樣品中的所 述第一組織的游離DNA分子的百分比濃度，并且CN表示所述基因座上的拷貝數(shù)。
74. 如權(quán)利要求73所述的方法，其中對(duì)于所述基因座上為二倍體的所述第一組織的所 述拷貝數(shù)，CN是一。
75. 如權(quán)利要求73所述的方法，其進(jìn)一步包含： 鑒別D超出閾值的區(qū)域。
76. 如權(quán)利要求69所述的方法，其進(jìn)一步包含： 通過(guò)選擇具有以下標(biāo)準(zhǔn)中的任一或多者的基因座，鑒別所述多個(gè)基因座： 超過(guò)50%的GC含量； 所述第二甲基化型態(tài)的甲基化密度低于第一閾值或超過(guò)第二閾值；以及 由所述基因座界定的區(qū)域中最少五個(gè)CpG位點(diǎn)。
77. 如權(quán)利要求69所述的方法，其中所述生物樣品來(lái)自懷有胎兒的女性個(gè)體，并且其 中所述第一組織來(lái)自所述胎兒或胎盤(pán)并且所述第二組織來(lái)自所述女性個(gè)體。
78. 如權(quán)利要求77所述的方法，其進(jìn)一步包含： 從所述第一甲基化型態(tài)確定第一甲基化水平；以及 將所述第一甲基化水平與第一閾值比較以確定醫(yī)學(xué)病狀的分類。
79. 如權(quán)利要求78所述的方法，其中所述醫(yī)學(xué)病狀是先兆子癇或所述第一組織中的染 色體異常。
80. 如權(quán)利要求69所述的方法，其中所述第一組織來(lái)自所述生物體內(nèi)的腫瘤并且所述 第二組織來(lái)自所述生物體的非惡性組織。
81. 如權(quán)利要求69所述的方法，其中所述生物樣品還包括來(lái)自所述第二組織的DNA分 子，并且其中獲得所述第二甲基化型態(tài)包括： 從所述第二組織分析所述DNA分子以確定所述第二甲基化型態(tài)。
82. 如權(quán)利要求69所述的方法，其中所述獲得的第二甲基化型態(tài)對(duì)應(yīng)于從一組對(duì)照樣 品獲得的平均甲基化型態(tài)。
83. 如權(quán)利要求69所述的方法，其中確定所述多個(gè)基因座的第一基因座的所述游離 DNA的甲基化型態(tài)的甲基化密度包括： 確定來(lái)自所述第一基因座的所述游離DNA分子的第一數(shù)目； 確定所述第一數(shù)目的每個(gè)DNA分子在一或多個(gè)位點(diǎn)上是否甲基化以獲得甲基化DNA分 子的第二數(shù)目；以及 從所述第一數(shù)目和所述第二數(shù)目計(jì)算所述甲基化密度。
84. 如權(quán)利要求83所述的方法，其中所述一或多個(gè)位點(diǎn)是CpG位點(diǎn)。
85. 如權(quán)利要求69所述的方法，其中確定所述游離DNA甲基化型態(tài)包括： 用亞硫酸氫鈉處理所述游離DNA分子；以及 對(duì)所述經(jīng)處理的DNA分子進(jìn)行測(cè)序。
86. 如權(quán)利要求85所述的方法，其中所述游離DNA分子的所述處理是Tet輔助的亞硫 酸氫鹽轉(zhuǎn)化的一部分或包括用高釕酸鉀（KRu04)處理所述游離DNA分子。
87. 如權(quán)利要求69所述的方法，其中確定所述游離甲基化型態(tài)包括： 對(duì)所述DNA進(jìn)行單分子測(cè)序，其中所述單分子測(cè)序包括確定DNA分子的至少一個(gè)位點(diǎn) 是否甲基化。
88. -種計(jì)算機(jī)產(chǎn)品，其包含存儲(chǔ)多個(gè)指令的非暫時(shí)性計(jì)算機(jī)可讀媒體，所述指令在被 執(zhí)行時(shí)控制計(jì)算機(jī)系統(tǒng)以執(zhí)行如權(quán)利要求1所述的方法。